为了挽回败势，尤里金命令姚仲亭协助普里诺夫抓住姜达明做试验，在疫苗研究上压过伍连德，争夺防疫的主动权。姜达明在回养病院的路上被日本武士围堵，流落城中的过江龙、冯海晗好路过，出手相助。
过度劳累使伍连德咳嗽起来，大家劝他检查并休息，他不以为然，仍然坚持工作。助手林家伟强行为他检查，发现伍连德被传染上鼠疫。伍连德被传染鼠疫的消息传遍哈尔滨，民众对控制鼠疫的传播产生了怀疑，姚仲亭派手下混入百姓中到防疫总站闹事，制造事瑞。
姚仲亭为讨好尤里金，将丽达绑架交给普里诺夫，普里诺夫劝她离开伍连德，被丽达痛斥一番。姜达明闯人普里诺夫医院办公室，用枪逼迫普里诺夫立即放了丽达。
沙俄公使抗议朝廷，告伍连德派人闯入俄国医院，打死俄国士兵。事有蹊跷，施肇基主动请求到哈尔滨调查此事。施肇基看望染上鼠疫的丽达和受枪伤的姜达明。丽达召开记者会，揭穿了俄国人的阴谋。
伍连德终于发现疫情居高不下的传染源是因俄国教学没进行处理的尸体引起，于是下令对俄国医院、教堂等地进行搜查，清理尸体，割断传染源，引起俄国人的抵制。
