北洋水师大败，慈禧忧心如焚。群臣纷纷上本，请求朝廷从此闭关锁国。慈禧深知此举不妥，便叫来恭亲王奕欣商议，将李鸿章拔去三眼花翎，褫去黄马褂，七贝勒去看守东陵。此时慈禧深感身边无人，回想起十三格格是个好帮手。于是立即微服出宫，只带了李莲英和小五子等人上青莲庵亲自去请十三格格出山。谁知路遇匪徒，遭到绑架。慈禧沉着应对，使得小五子得以下山报信。消息传到宫中，光绪心情极为复杂。皇后隆裕说破他心事，被他打了一耳光。十三格格在山上得知慈禧遭到绑架，赶忙来救。正看见匪徒打算灭口，刀向慈禧头上砍去。
十三格格在紧急关头救下慈禧，奕领大军杀退匪徒。慈禧苦劝十三回宫，十三只是看李莲英不顺眼，但终于架不住众人苦劝，同意回宫帮忙。朝里大臣们听说慈禧寻访十三回来，个个惊惶，齐来游说光绪。光绪正因昨天打了皇后，两人还在拌嘴，哪里有心情处理政务。十三回宫，第一件事便是献上林一中生前设计的大清国铁路设计图，并建议慈禧“大借洋款，以举庶政”，用洋人的钱来修铁路。朝臣们听说，更是大呼此举是将大清国权交与洋人。另一方面，李莲英送七贝勒远行，七贝勒将他与十三的结婚照片交给李莲英，转交十三。十三接到照片，命丫鬟烧掉。珍妃听说皇帝皇后拌嘴，趁机进言要皇帝收回皇权，并赶着十三拜师学英文。
李莲英来请十三格格，被珍妃刺了几句，心里郁闷。回到家对着夫人遗像大诉衷肠，差点哭晕过去。有媒婆跑来为李莲英提亲娶妾，说了很多“为官哪能不包二奶”的话，李莲英只得给了银子打发她走。珍妃侍寝，埋怨光绪怕了慈禧，光绪十分无奈。奕举荐了会修铁路的张海生。张海生提出三横三纵的铁路线路规划。十三更提出先在慈禧常来常往的路线上修样板路。百姓得知修铁路要拆迁，纷纷抱怨补的银子少，不肯搬家。其中由以玄亲王为首抗议修路。张海生十分感慨，在中国修路真难!李莲英对慈禧上报开粥厂遇神仙的事，顺便请辞回家祭祖。慈禧准了。张海生急中生智，提出了一个能让玄亲王搬家的主意。
十三格格表面上答应玄亲王铁路改道，实际上却在玄亲王左邻右舍展开工程，吵得玄亲王一家不得安宁。但玄亲王闭门锁户，死都不搬。十三感觉十分棘手。工人拆房子时不小心碰坏了玄亲王家的院墙，又砸了鱼缸。张海生看见，赶忙阻止工人，约束他们不得侵犯玄亲王的宅子。十三要工人半夜施工，大力敲打，希望能逼走玄亲王。玄亲王的孙子奕达跳出来大嚷大叫，被十三关进牢房。慈禧得知此事，派奕去做说客。玄亲王听说慈禧太后出面，忙不迭的答应搬家。奕达因为行为不检被杖责五十，回家大哭。另一边，李莲英摆香案从净身师傅那里取回了“身上物”，带着家小回到家乡。
李莲英回到家乡，从县官到乡绅纷纷来迎接款待，送上厚礼。其中一个叫做胡万才的是李莲英的旧交，目前保外就医。他来求李莲英办事，送上4万银子的贿赂。同时，李莲英的三弟家也在拆迁范围内，李母要李莲英保住三弟的房子，不能拆迁。李莲英想起小时候，为了家里有口饭吃，主动出头做太监。十三格格和张海生在京城突然发现一夜之间拆迁地上长出许多房子。原来是拆迁户为了多分几两银子纷纷占地盖房。几经周转，他们终于发现带头的正是李莲英的三弟李宝泰。
十三格格以私搭乱改的罪名抓了李宝泰，承诺其他居民只要拆了违章建筑就可按数给银子。居民纷纷认同，不再当钉子户了。珍妃对着光绪大发娇嗔，要光绪培养自己的势力，并举荐了一个土木专家宫泽先生，让他跟着十三格格去修铁路。李莲英那里，有乡绅以“赎罪”为名，献上自己的女儿。李莲英收下送给胡万才，这时李宝泰被抓的消息传来，李莲英听了火速回京，先到牢里把兄弟骂了一顿，又到慈禧这里请罪，再去给十三格格请罪。十三不咸不淡的打发了李莲英，回头要张海生放了李宝泰，但要他与李莲英游街示众。慈禧发现了宫泽出入珍妃寝宫还送巨额银子，正在生气。李莲英跑来求慈禧不要让自己游街。只是十三态度坚决，慈禧也不好违拗。
