佳佳病情突然加重，而白灵进宫之后日日思念家里。而由于除僧格林沁之外屡获战功的胜保将军突然被抓，引起恭亲王和慈禧的矛盾，恭亲王惟有自己吞下苦果，在刑场上洒泪送别。蔡寿祺借此机会弹劾恭亲王，而佳佳就在此时去世，恭亲王赶回来却早已经天人永隔。而慈禧在探视恭亲王的时候将茗儿送给了他，让茗儿伺候王爷。就在此时，南京城破，清朝迎来了喘息的机会。
慈禧终于借蔡寿祺弹劾之机罢黜了恭亲王议政王头衔，而文祥、宝均等人苦苦相劝，恭亲王终于重出江湖，平定捻军之乱。而蔡寿祺则被七爷暴打，恭亲王巧妙化解矛盾。以国为重，始终是恭亲王一贯秉持的坚定信念。曾国藩等人的地位也为恭亲王苦苦周旋，努力保全。
恭亲王和美国人蒲安臣几经谈判，终于达成历史上第一个《中美条约》，恭亲王请旨派蒲安臣权充办理中外交涉事务大臣，为在列强之间协调平衡，朝廷又请英国驻华使馆官员柏卓安和担任过大清海关官员的法国人德善为左右“协理”，充当蒲安臣的副手。而荣禄的突然出现令慈禧寂寞的生活增添了一丝亮色。恭亲王献计挖壕建寨，四面围困，逼捻军就范。集合大军，一举全歼。
恭亲王力主按照西方各国海上行船的惯例，各舰都要悬挂国旗，由恭亲王和几位军机处大臣共同设计国旗图案，从此大清有了自己的国旗。恭亲王为了建立大清自己的新式海军，特别委托李泰国到英国购买新式军舰，但李泰国却在和约中暗伏陷阱，令大清非但购买了老旧的舰只，而且丧失了舰队的控制权，恭亲王与李泰国几经谈判，终于达成了《五条章程》，朝廷内部关于此次舰队风波展开激烈辩论。而七爷终于得到了第一个儿子，取名载湉，却不知道为异日埋下了大清巨大变化之根。恭亲王启程去上海巡视，慈禧送给他护身符，流露出别样情怀。恭亲王应如何自处?
恭亲王巡视上海，第一件事罢免了李泰国，重新任命赫德为总税务司，逼迫李泰国终于收回了最早的图谋。恭亲王秘访上海机器局，查清内部隐藏的贪污分子，将之处决。恭亲王顺利的结束了上海之行，也用行动堵住了那些顽固派的悠悠之口。慈禧面临即将归政的日子内心感觉恐惧，而小安子为了和小李子争宠，炫耀自己的忠心，执意下江南采购，而慈禧也有意利用小安子出宫试探朝廷对自己的态度，于是太监公然出宫这一行动就如箭在弦上，即将发出。
恭亲王和顽固派斗争进入新一轮，同文馆始终处于四面楚歌之中。恭亲王师傅贾桢临死之前叮嘱恭亲王不要坚持自己的立场，要妥善处理自己和顽固派的关系。浙江巡抚左宗棠来拜访恭亲王要辞去自己的职务，被恭亲王苦苦劝住。恭亲王以退为进，保荐倭仁作总理各国事务大臣，令倭仁进退两难。经过文祥暗中与小李子的斡旋帮忙，左宗棠终于顺利见到两宫太后，被委以主管水师的全权。慈禧宠信的太监小安子偷偷出京的事件爆发，成为东太后、恭亲王，山东巡抚丁宝桢与慈禧斗争的舞台。丁宝桢就地处决小安子，慈禧无处发作。
