慈禧和恭亲王的冲突在暗流中汹涌，所有的矛盾冲突焦点集中在同治皇后的大肚子之上。而同治皇后将遗诏藏在鸟笼之中，皇后认定这份遗诏非得等肚里的孩子出来了才有用，只有熬到他出来后，才能真正地扬眉吐气。但遗诏却被慈禧所毁。希望瞬间破灭。而恭亲王却束手无策。
同治皇后狡兔三窟，藏有第二份遗诏，但又被慈禧所毁，皇后就这样惨死在慈禧的威逼之下。而恭亲王最后为了大清的前途，只得同意了慈禧的决定。四岁的光绪被抱入宫，历史进入了光绪时期。
马嘉理事件爆发，马嘉理上校带来荷枪实弹的武装人员，一路横行，还无故打死大清百姓，但被英国人讹诈，恭亲王追踪到天津，巧遇肃顺的女儿肃尹，因而驱使争斗进入白热化。
恭亲王终于摆平了马嘉理事件，成功化解了与肃尹之间的心结。而没有料到的是两宫之间爆发了更大的冲突。而慈安将恭亲王请入宫里，给他讲汉武帝的故事，暗示两人联手，除掉慈禧。恭亲王如何自处?
恭亲王终于下了决心，决定在他上海之行结束之后解决所有问题。而慈禧加紧了自己的计划，利用六福晋和光绪皇上之手，暗中给慈安下毒，慈安已经危在旦夕，而恭亲王却被上海招商局开张之事所困，不能回京。
慈安突然死亡，所有的怀疑焦点都指向慈禧，恭亲王经过缜密的调查，从太医院的医案和太监的口供之中发现蛛丝马迹，心中已经确认事慈禧所为，为此恭亲王大闹长春宫，但最后又不得不屈服于利益困扰之下。
