快到云南之时，建宁威胁韦小宝杀掉吴应熊，韦小宝敷衍答应，却心事重重。
吴三桂隆重迎候公主，宴请韦小宝，韦小宝见到吴三桂却明知故问戏弄一番，并乘机敲诈一笔，让吴三桂摸不着头脑。
吴三桂带韦小宝见识了他书房中的三宝，让韦小宝大开眼界，韦小宝出言相讥，对府内各陈设加以批评，暗示三桂谋反之心，三桂再动杀机，让吴三桂很不乐意。吴三桂仍装做笑脸地一对火枪相赠于韦小宝。
韦小命暗中安排徐天川、玄贞道人去查探杨溢之下落，发现杨溢之已被吴三桂割去四肢、双眼及舌头，以免他泄露谋反一事，小宝大怒。
决定要查个水落石出为杨溢之报仇，徐天川等人掳来蒙古使者罕帖摩审个明白。
韦小宝从罕帖摩口中探出吴三桂要联合蒙古、西藏，罗刹国及神龙教，四路夹击谋反。
罕帖摩的失踪让吴三桂着了急，吴三桂安排吴应熊借救火之名闯入安阜院公主寝宫搜罕帖摩，却中了建宁公主的阴谋，小宝将计就计，说吴应熊冒犯建宁公主为由，公主自卫才将吴应熊阉割。吴三桂誓要报仇。
韦小宝得知阿珂行刺被吴三桂所擒，向九难求救，九难当面拒绝，而后悄悄去三圣庵找陈圆圆告知，陈圆圆来找吴三桂，去牢房中看自己失踪多年的女儿阿珂，母女相认，阿珂告诉陈圆圆只有韦小宝才可救她。
韦小宝藉词探望吴三桂，后又见到刺客。赫然发现被囚禁的竟是沐剑屏。
韦小宝吓唬夏国相，遂使计谋将剑屏带走。沐剑屏将忆述离开神龙岛后，再遇剑声、大洪等人，正商量对付吴三桂之计时，却被三桂手下擒获。至此，小宝知已中了吴三桂的圈套。
这时，小宝又接到一道姑送来救阿珂的字条，韦小宝跟道姑前往，韦小宝在三圣庵的书架上意外发现四十二章经，乘机偷走。原来接见韦小宝的正是陈圆圆。陈圆圆道出自己的过去及阿珂的身世，韦小宝庆幸阿珂乃吴三桂女儿，应可保命，陈圆圆要阿珂认吴三桂为父亲，却遭到阿珂亲生父亲李自成的拒绝，这时的吴三桂已经布下重兵围捕三圣庵中的韦小宝等人，李自成和吴三桂展开一场生死决斗，九难出现解围。
韦小宝要九难师太将此事交他处理，韦小宝趁机要挟吴三桂交换阿珂等天地会的人质，再“请”吴应熊陪同返京，以防吴三桂出耳反耳。
阿珂一时感怀身世便要自寻短见，被赶来的亲生父亲相劝，阿珂痛责李自成没有权力管她，李自成为救阿珂二人一同掉入悬崖之下，幸好被郑克塽、冯锡范救下，并安慰她不要轻生，阿珂为之感动，也认了李自成为父亲。
双儿几经周折又回到韦小宝的身边，钱老本带天地会吴六奇、马超兴来见韦小宝，并告知李自成和阿珂的行踪。韦小宝赶到柳江却发现李西华和李自成打成一团，李西华为父报仇要李自成给个交待，李自成溺水而死让李西华也感到一丝悲伤，一直跟随陪伴陈圆圆的胡逸之赶来和冯锡范一比高低，击败冯锡范和韦小宝讲起了自已跟随陈圆圆的初衷，让韦小宝非常敬佩，吴六奇敬佩双儿要和她结为兄妹。
