韦小宝和胡逸之结为兄弟。胡逸之向韦小宝要阿珂，只因为了陈圆圆一病不起，要把阿珂带回云南。韦小宝对郑克塽一顿毒打出了气才放他走，和吴六奇在大江风浪之中唱起来了沉江。
韦小宝回京将云南吴三桂所作所为向康熙一一汇报，又把从云南押来的蒙古特使汗帖摩交给皇上，这一切也早在康熙掌握之中了。
双儿成功帮韦小宝把八部四十二章经中的羊皮藏宝地图砌成，藏宝地点就在关外的鹿鼎山。双儿将满文分别印出，找笔帖式把满文译成汉字，韦小宝将这些秘密藏在心中，烧掉这些羊皮，以绝后患，害了康熙。
康熙借助外国人的科技，成功制造出大炮，并下令小宝歼灭神龙教。小宝知人善用，向康熙征用索额图向他推荐的施琅一起去攻打神龙岛。这一切都被跟随他的胖头陀和陆高轩发现，二人赶赴神龙岛汇报。
韦小宝从水中救起瘦头陀，知道神龙教发生内讧，于是小宝以通吃岛为军事基地作指挥，把神龙教打得落花流水。
苏荃以方怡做鱼饵，活捉韦小宝，幸好被双儿救出脱险，二人逃到关外，在雪地之中碰到了罗刹国的公主苏菲亚，二人玩起了赛雪橇，苏菲亚被摔下马车，韦小宝救下苏菲亚，以口甜舌滑，骗得罗刹公主信任。韦小宝带着被软禁的苏菲亚公主回国。
韦小宝误入罗刹人的城堡，偷听到神龙教教主与罗刹人密谋作乱，要从天津攻打大清，令韦小宝非常担心康熙的安危。
韦小宝略施小计，令苏菲亚做上了摄政女王，韦小宝也成了罗刹国与大清建立的邦交，从此两国互不侵犯。
韦小宝再此立下大功，被册封为一等忠勇伯。韦小宝和康熙讲起在牡丹江以北有罗刹人杀人的事情让康熙非常气愤。
三藩再次上书要求削藩，吴三桂目的是藉着削藩而起兵作乱，康熙知道便与小宝串谋，令朝中大臣因吴三桂密谋作反而赞成削藩。
康熙为了令老百姓心悦臣服，于是派小宝去扬州建忠烈祠;另外，为了削弱吴三桂旧部属重投怀抱，要小宝派兵围剿王屋派，韦小宝找来攻打神龙岛的赵良栋献策，欲七擒七纵王屋派。
吴应熊想骑云南飞马逃离京城，于是与韦小宝打赌赛马，韦小宝为了取胜给飞马吃了巴豆，令飞马肚泻不能奔驰，错有错着地把吴应熊活捉了回来，令吴三桂不敢轻举妄动，又结识了一个好哥哥王进宝。
韦小宝到王屋山，派天地会众兄弟上山劝服司徒伯雷答应假降满清。韦小宝再一次地遇到了曾柔，曾柔和韦小宝产生爱意，让韦小宝乐不思蜀。这时，神龙教洪教主等人也悄悄来到扬州，要活抓韦小宝。
韦小宝来到扬州就匆匆换了装束赶往丽春院看望多年不见的母亲，正巧阿珂也陪着郑克塽来和葛尔丹王子密约，商量造反之事。
