王志东向于浩明报告说在老顶山发现一座神秘的兵营，里面的鬼子全是八路军打扮，引起于浩明警觉，他认为这是一支特战部队，和C计划有莫大的关系，并可能会对八路军总部发现袭击，他将这个情报告诉给了老顾，希望他那通知八路军总部那边要加强防备。
“对伯计划”失败后，川岛正雄怀疑内部有奸细，命令岩松四郎暗中追查，岩松四郎对于浩明有成见，说他前后性格变化太大，表示对他有所怀疑。此时河野报告说毒蝎送来情报，共军边区政府要召开反特锄奸表彰大会，边区政府及八路军总部首长都有可能参加，川岛正雄下令采取行动秘密破坏会议，暗杀八路军首长，但不能留下任何后患，河野问是否要动用山上那支秘密部队，川岛正雄说还不是时候。
在战俘营，李汉雄训练日军挺进队士兵，而张铁成则当活靶陪日本士兵练习回到狱中，国民党战俘和共产党战俘因为对于日本兵的态度起了冲突，而张铁成化解了这场危机，他告诫战俘在此生死关头，要捐弃前嫌，团结一心。
在某小镇，边区反特工作会议就要开始。总部特务连长崔宝成和赵尚武一同布置保卫工作，但一番盘查下来却出奇的平静，两人都觉得不正常。而在镇里的一个杂货铺里，掌柜特务吴世贵接到毒蝎密令，暗中布置在会议上刺杀八路军领导人的行动，他找来枪法很准的黑虎和山本太郎，制订了万无一失的三套方案。在实施过程中黑虎和山本太郎的偷袭计划都被八路军识破，两人被打死。逼不得已吴世贵启动第三套方案，利用隐藏在八路军队伍中的秘密特务老田，老田在会议当天将放有炸弹的暖瓶放在主席台下面，另一方面崔宝成和赵尚武发现不对劲率领战友赶到剃刀铺，却晚了一步，吴世贵已被杀死灭口，在密室里他们找到了暖瓶壳和少许弹药，武云龙忽然记起当天买暖瓶的事，几个人赶紧向会议现场跑去。武云龙找到装有炸药的暖瓶，急忙取走，在外面引爆，敌人的阴谋再次被挫败。
赵尚武的出色表现得到首长的肯定并打算委以重任。而另一方面川岛正雄得知毒蝎取得了更多的信任，并对他寄予厚望。
川岛正雄为了扰乱根据地，密谋实施细菌战，他布置好了一切，将日本特种医院作为研制鼠疫细菌的根据地，并找来日本科学家原田太郎进行鼠疫细菌的生产，并利用特务组织进行细菌投放，同时他还命令岩松四郎保护好特种医院的安全，严防共产党地下组织的破坏。
根据地发现许多战士和村民生病，症状相似。八路军总部医院的外国专家爱德华大夫认为发生了瘟疫，他向左东升报告，左东升让他们积极展开治疗，并且为了村民着想，决定对感染鼠疫的村庄进行封闭。军民协力展开了对抗鼠疫的大战。
但根据地药品缺乏，爱德华医生希望尽快筹备药品，左东升同时命令各地敌工站和地下组织积极购买药品，并查找病源，但无奈药品紧缺，再加上抗战形势恶劣，很多病人得不到充足的药品，岌岌可危。
于浩明得知了根据地的疫情，告诉老顾这可能并非是一场天灾，而是日本进行的细菌战，并且这和川岛正雄以及C计划都密切相关，自己会积极找出培植细菌的地方。
而在根据地，村民因为鼠疫产生恐慌，对共产党的封村产生质疑，特务郭奎因趁机煽风点火，村民去找共产党理论，郭奎因利用村民与军队的冲突之机，在赵尚武举枪之时，暗中开枪打死百姓，从而挑起双方冲突加剧，矛盾激化。赵尚武向首长说明并非自己开的枪，首长对他们表示信任，但让他们找出真正开枪的人，洗脱嫌疑。
于浩明找到王志东让他调查研制鼠疫细菌的事，王志东向于浩明报告有一所日军特种医院十分可疑，于浩明决定前往侦查，怀疑它就是敌人的细菌工厂，他看到在门口与土桥争吵的日本人原田太郎，觉得很可疑。原田太郎是位细菌专家，他的两个哥哥战死沙场，而他很傲慢也很有个性，因为土桥不允许他擅自出去而感到愤怒。
特种医院的守卫重重，很难进去，于浩明决定从那里面的人身上上找到突破口，原田太郎的爱人芳子遭到日本军官玷污，原田太郎赶到和他发生激烈冲突，王志东帮他杀死军官，于浩明对他进行劝导，说他没有回头路，并答应保证原田太郎和芳子的安全，原田太郎答应和于浩明合作，帮助他们摧毁细菌仓库。
赵尚武和钱邵英决心抓住那个偷偷开枪杀害百姓的人，他们从那天煽动群众的人开始查起，发现郭奎因有重大嫌疑。他在自己书房的密室里养老鼠，并且将鼠疫细菌注射到这些老鼠身上来传播细菌。赵尚武和吴敏之秘密去郭奎因家中搜查却不料中了郭奎因的圈套，被绑在了密室中。
崔宝成发现赵尚武很长时间未回来，心中担心，便借灭鼠为由去郭奎因家里搜查，却发现了受伤的赵尚武和吴敏之二人。不过郭奎因却早已秘密逃走，线索又断了。
于浩明和老顾合计要一举摧毁制造细菌的基地，而原田太郎也提供了一个有利消息，那就是日军的防化部队第二天要派车送药品过来，于浩明找王志东等人定下行动方案。
王志东半路设伏抢了日本人往特战医院运送物资的卡车，并伪装成日本人混进了医院。在原田太郎的配合下，行动队员很快找到了细菌仓库和药品库，但却碰到土桥等人，王志东和机智的制伏了土桥，打死打伤许多日军。虽然行动最终被日军发现，但王志东早已大功告成，他将炸弹绑到土桥身上炸毁了细菌库并抢走了治疗鼠疫的药品。而行动队队员也英勇的打掉了层层路障，最终安全撤出。
得知医院被毁的川岛正雄雷霆大怒，立刻率队赶赴医院。此次劫药品行动中，日军惨败，死伤不少人，川岛正雄怒气难消，责怪岩松四郎，岩松四郎恳求老师再给自己一次机会，并认为这件事和共产党的潜伏人员“尖刀“有密切的关系。
