舒立凡怒斥吴明泰没有资格将学生推向抗日战场，然而，吴明泰的驳斥却令他哑口无言。校园内锣鼓喧天，吴明泰含泪送走儿子吴纪鸣，回到家中却猛然见到父亲手捧腊梅的遗像咆哮痛哭。原来，医疗队在抗日前线遭日军伏击，腊梅为了掩护父亲，不幸中弹滚落山崖。吴明泰流淌着泪水凝望着腊梅的遗像，心中充满悲伤。而远在另一战场的黄森从报纸上看到腊梅捐躯的消息，老泪纵横、悲痛万分，竟拍着桌子把这笔帐又记在了吴明泰身上。
重庆，舒立娟费尽周折，终于查出张琴居然还活着，更加惊喜的是这位知名化学家并没有变节，舒立娟断然决定，亲自前往“516基地”营救张琴，并获取吴明泰急需的日军化学秘密资料，苏从恩指派的助手正是周明生。日军化学武器的实验已进行到关键环节，然而，一旦日军掌控了分子式数据，合成的化学武器给人类将带来毁灭性灾难，焦急万分的张琴恨不得飞出魔窟，但在戒备森严的日军面前却一筹莫展。
周明生与军统接头，万万没想到来人竟是“已死去”的黄腊梅。终于，他俩潜入基地获取了张琴的情报。
吴明泰震惊的看着化学分子式，毅然动员美军出动轰炸机，摧毁“516基地”。“魔窟”的上空炸弹倾盆而下，中川洋子藏身于火海中，日军精心策划的A计划彻底失败。
北平，日军的末日已经来临，铃木割腹自尽，街头日军四处逃窜，吴明安把山美惠子送上最后一辆撤离的军车，不料，“妻子”却再次向他奔来。
京华云大的师生们擦干泪水，怀着抗战胜利的喜悦回师北平。然而，当吴明泰与父亲回到所熟悉的院落时，吴文举却愤恨地冲进家门。
屋内，吴明安跪在地上向哥哥和父亲哭诉，却被吴明泰怒斥，猛然，门被撞开，死里逃生的张琴扑向丈夫的怀抱，然而，当她看到丈夫另一个“妻子”时，却惊呆了。张琴绝望的哭声震憾着吴明泰的心灵，这位在日军面前受尽凌侮而不屈不挠的女人，却狠狠地打了吴明安一记耳光后向结束自己生命的路途奔去，吴明泰的心碎了。街上，山美惠子突然与舒立凡相遇，她哪里会想到，当他再次看到唯一的希望，竟然是自己孩子的父亲张开罪恶的双手，将她置于死地。
沧桑的京华大学伤痕累累，伪校的教授向吴明泰奔来，不被承认学籍的学生向他奔来，吴明泰开启了重新建校的征程。
舒立凡摇身一变，竟然成为“北平清查文化汉奸”的头号人物，谁料，未逃离的日本特务金学恭却出现在他面前，狡猾的金学恭急需金钱逃往香港，而恶毒的舒立凡却把清查目标指向吴明泰。恰在此时，刚刚把弟弟吴明安送去自首的吴明泰为取回隐藏的书籍而奔向慕田峪，谁料，当他们赶到山洞时，竟发现许多日军尸体。原来，这里是日军的军火库，庆幸的是所藏的书籍未被发现。
吴明泰埋葬了这些官兵，然而，这一举动却在舒立凡的煽动下震撼了北平、南京。担任北平警备司令的黄森火速赶回北平，舒立凡借机发挥，谎称山美惠子是被吴明泰杀害，又将一张吴明泰与山美惠子的照片摆在了桌前，“证据确凿，立即抓捕，”黄森下达了命令。
慕田峪，被军统除名而被黄森提任侦缉处长的丁青山率兵收缴了日军留下的武器装备，谁料，枪支弹药被强行拉走之后，他却下令连同京华大学的藏书一并运回，尚文井怒喊着上前阻拦却被丁青山推倒一旁，危急时刻，一队宪兵飞驰赶来，一支支枪口对准了山洞。吉普车上，胡思良将军大步走来，站在丁青山面前。
