吴成害死华佗之父，天来毒杀曹操失败
胡半仙的惨叫声惊动了华佗，等他出来看时就见胡半仙被毒蛇咬伤。华佗用嘴帮他吸出了蛇毒。胡半仙获救后，拿着蛇偷偷去找吴成。胡父觉得毒蛇出现的太诡异，于是借口要出去采药，偷偷地跟在胡半仙身后，最后看到胡半仙气愤地从吴成房里出来。正疑惑间忽见吴成随后出门，于是华父又跟在了吴成的身后。
因为第二天是验药日，胡半仙为了躲避故意砸伤自己的脚在家休息。华佗于是代替胡半仙帮着验药。他请县令帮忙去找华父，因为他昨晚出去采药后到现在也没回来，实在是放心不下。吴成听到这些神色十分异常。这时大帮的药商来到县衙，吵闹着要吴成退回他们行贿给吴成的钱，因为吴成并没有帮他们办成事。华佗念及师兄弟一场，不愿看到吴成如此窘迫，于是自己出面帮他说情，让他把受贿的钱退出后了事。最后华佗验收完药签字后，吴成就带药回去了。
这时，有衙役来报华父采药坠亡。华佗非常震惊，想到华父晚上采药离开时行色匆匆，他对华父的死非常怀疑，委托县令帮他调查。华父的去世对华佗打击沉重，几天来他一蹶不振，不吃不喝，医馆徒弟和下人也纷纷离开。明心劝华佗如果真要孝顺华父就要振兴医馆，以此方式让华父省心。明心的话深深触动华佗，他开始打起精神。
吴成将药物运回存放仓库时，因为药品里有好药和次药两种，吴成交代属下将药品按先左后右的顺序放置。哪知属下一眨眼的功夫就忘了，记错了顺序，按照先右后左的顺序放置到仓库里，将本应放在里面的次药放在了靠外面的位置。吴成回到家里，为华父立下灵位拜祭。他内心尚存的一点良知让他感到还是丝丝的愧疚。原来当晚他和小甄上山分贡药和次药时，跟踪而来的华父发现并质问他。他和华父争执时华父失足掉落悬崖，吴成一把抓住华父，但因华父刚正不阿致死都不愿放弃告发他，于是他松开了抓住华父的手致使华父坠崖而亡。
贾太医为曹操治疗头疾，让潜伏在曹府多日的天来为曹操端药。曹操端起药碗喝药时，天来因为年幼胆小，手抖的厉害，最后被曹操看出异样。正危急时曹操突然吐血倒地。贾太医以为得手，就让天来离开，自己将此消息去告诉众反曹的人。哪知曹操根本无事，贾太医他们突然遭曹军屠杀，连天来也被曹军四处追杀。
华佗查出库房假药，县令承担造假之过
曹操因为自己差一点再次被毒药所害心有余悸，他觉得自己没有信赖之人，因为贾太医是太医院的人，曹操连太医院也不再相信。于是曹操将华佗从谯郡请来，让他调查此次中毒事件。华佗来后很不愿意插手官场争斗，但曹操告诉他这碗药是天来端给自己的，也许华佗调查此案时可以找到天来。华佗很震惊，为了天来答应下来。
华佗在查案时发现贾太医的药多了一味中药附子，附子本没有毒，可与贾太医开的药方里的麻黄这味药在一起就会产生剧毒。华佗百思不得其解，不知道这味药是什么时候怎么加进去的。结果曹操却通过分析知道问题出在送药环节，于是他注意到药壶里有机关。只是他喝了毒药为什么没有死，却让他们不能理解。不但他们不解，甄太医和吴成也非常不解。于是他们同时怀疑到药库的药品。
华佗到药房查看药品，吴成急忙赶来制止。华佗最终查出问题出在药品上，因为贾太医用了次药，药性不强，所以曹操才捡回性命。但曹操却要彻查此事，将与采办贡药的相关人等全部抓起来。华佗想独自揽下此事，但曹操却将吴成和小甄、县令和华胜都抓了起来。
甄太医深懂曹操心事，他不怕贪官，却痛恨反贼。于是他故意将所有过错都揽到自己身上，将自己贪污的过错夸大表达自己的忠心。曹操之子曹丕揣摩到曹操的心思，没有追究甄太医贪污的过错，答应放了吴成和小甄。胡半仙拿着吴成与牛二的账本让吴成救出县令，不然就把他和牛二勾结的账本交出去。哪知吴成根本不予理睬，似乎不怕账本。
胡半仙将账本交给华佗，华佗到牢里问过华胜才知道原来贡药之事竟然是华胜在里面做了手脚，他因为欠赌债被吴成买通。如果华佗拿出账本就害了华胜，如果不拿出来又救不出县令。华佗非常纠结。谁知曹操在审案时，县令拿出账本承担下一切过错。县令被判次日处决。
明心走投无路决定找吴成说情。吴成对明心言语一番羞辱，明心为了父亲忍辱负重，暂时忍下吴成的奚落。哪知吴成最后无耻地提出让明心陪他一晚。明心震惊了。
