华佗被关进死囚牢，狱卒妻焚烧青囊经
因为曹操的头痛此次发作非常厉害，华佗和明心被接到京城。华佗将明心安置在客栈，一个人到丞相府给曹操看病。经华佗仔细检查，他告诉曹操他的头风已侵入骨髓，现在的医治方法是开颅切除病灶。众太医皆惊呼，觉得他大言不惭，存心要害死曹操。华佗平静地告诉曹操，自己已经把麻沸散研制成功，且已经为明心做了手术。曹操命下人试服麻沸散，下人服下后迅速昏迷，无论华佗用发簪怎么刺激他都没有醒来也不会觉得疼。曹丕甚至拔剑斩断下人的手腕他也没有醒来。吴成上前为下人号脉惊呼下人死亡。华佗说那是服药后的正常反应。曹操疑心顿起，他觉得华佗是想借此机会害死自己为关羽报仇。曹丕就盼着曹操早死后自己接位，他早就视华佗为眼中钉。于是他借曹操发怒疑心之机，命人将华佗关进死牢。
吴成到客栈找明心把华佗入监次日要处斩的消息告诉她，他就是要看到明心痛苦着急的样子，那样他才有报复的快感。明心闻言果然心急如焚，她杵着拐杖一路慢慢向大牢寻去，她想去看看华佗。此时华佗正向狱卒说情，他怕自己此次难逃此劫，他请求狱卒将他的手术刀和《青囊经》交给客栈里的明心，他怕自己如果真的死了那本能造福苍生的医书失传。狱卒敬佩华佗为天下苍生的大义，答应了下来。哪知等他去找明心时，明心已外出去寻大牢了。狱卒只得把书带回家。结果他的妻子见他带回来死囚的物品怕招来祸事，一把就将《青囊经》塞到灶里，等狱卒去抢夺时书已烧毁了半部。
曹操此时疼的在床上翻滚，曹丕和吴成在一旁看的干着急。曹操让下人给自己拿酒，想借酒暂时麻醉自己的痛感。曹操在醉酒后一时气愤脱口而出要杀了华佗。曹丕乘机下达命令次日处死华佗。
明心寻了一天好不容易寻到死牢，门口的看守却无论如何也不让她进去探望，说是曹丕专门交待不得探视。明心正无助地哀求时，为华佗传讯的狱卒也找到这里，他把明心拉到一旁，把她带到了华佗牢房的外墙处，让他们能够隔着墙说上话。明心在墙外听到华佗的声音心如刀割，华佗温和地劝她安慰她。两人说了一会儿话后，吴成突然到牢房探视华佗。他告诉华佗，华父是他杀的，连惠娘肚子里的孩子也是他杀的，华佗害死沸儿他却害死了华父和华佗与惠娘的孩子，自己还赚了一条人命。吴成丧心病狂地陈述这些年他做的坏事，害的人命，他就想引起华佗的仇恨，想让他跟自己一样生活在仇恨之中。明心在墙外听到吴成的话，没想到吴成会恶毒至此。吴成说完没有看到华佗气急败坏痛不欲生的样子，华佗反而很超然地告诉他自己不会恨他，只会可怜他同情他，因为他已经众叛亲离，他心中只有仇恨没有爱。反而华佗自己充满对天下苍生的爱，对明心的爱，对自己的亲人朋友兄弟的爱。吴成气的要发疯。华佗最后告诉他，如果明天自己要被处决，希望吴成能放下仇恨重新做人。吴成崩溃了。
吴成赴刑场被唾弃，华佗为苍生扬美名
曹操又开始头疼时，下人给他送来茶水，他突然认出端盆的下人正是那天试麻沸散的人，他被曹丕砍断的手腕绑着绷带还在渗血。曹操见他安然无恙才知道错怪了华佗。这时有下人来报说曹冲病危。曹操连忙赶去，曹冲已奄奄一息。曹操命人赶紧传华佗，一旁的吴成告诉曹操华佗已死。曹操大怒，痛斥曹丕乘自己酒后乱言假传命令，下令要将曹丕处决。
小甄作为太医一直站在一旁，此时他突然站出来为曹丕说情，说他都是受了吴成的蒙蔽。他痛斥吴成是个卑鄙的小人。他说吴成把天来暗插在父亲身边，以致害死父亲同时置曹操当时处于危险境地。吴成巧言令色百般狡辩，小甄顿时哑口无言。哪知曹操之前从天来那里已经得知了详情，知道小甄所言非虚，他怒斥吴成要杀了他。吴成走到穷途末路向曹丕求救，曹丕如今自身难保赶忙与吴成撇清关系。吴成被侍卫拖了出去。
此时华佗已被拖至刑场，在路上他遇到了双目失明行乞的甄依柳。华佗为了给她生的希望，谎称自己要陪魏王出征，等他回来帮她治好眼睛。甄依柳顿时燃起新的希望。吴成在被拖到刑场的路上，众太医向路人陈述吴成的罪行，太医们和路人纷纷向吴成投菜叶和杂物，吴成如过街老鼠一般。
刑场上，华佗和吴成这一对冤家相遇，真是事事难料，他们最后竟然还结伴而行。众乡亲自发地到刑场集体跪地向行刑官求情，让他帮华佗说情。狱卒带着明心赶到，在众人的哀求下，监斩官允许华佗为明心拆下眼上的纱布。明心重见光明，但华佗却即将被处斩。两人好不容易盼到的幸福转瞬即逝。这时狱卒跪地向华佗认错，他没有保管好《青囊经》以致只剩半部。华佗坦言，只要心存一颗治病救人之心，这尚存的半部经书足矣。接着华佗曾帮助过的铁匠以及在曹操营中救过的大宝，他们和狱卒一起三人齐刷刷地跪地向华佗表示愿意拜他为师学习他的仁心仁术。华佗甚感欣慰。
而跪在华佗旁边的吴成没有一个人为他送行。这时甄依柳从人群中挤出来，她抱着一坛酒来为吴成送行。她恨吴成，可同时她在名义上还是吴成的妻子。她的仁义之举终于让吴成流下了悔恨的泪水。明心扶持着甄依柳，让她和自己一起好好地活下去。
吴成直到最后一刻才认识到自己的错误，才感慨自己机关算尽坏事做尽得到的一切都成了过眼云烟，到现在自己回到起点一无所有。他希望华佗死后见到惠娘能帮自己说一声对不起。华佗含笑看着吴成，虽然他们都将走到生命终点，但最后一刻吴成能悔过他也觉得善莫大焉。此时，时辰已到行刑官宣布行刑。
曹操在此后的太医甄选时告诫新晋的太医们，医术很重要，医德却更重要，只有心怀天下苍生，将患者看作自己的父母兄弟姐妹或儿女，才会在医治患者时有众生平等之心。众太医受益匪浅。
华佗临刑前收下的几个徒弟果然如他们所言，潜心学医，悬壶济世，造福四方苍生。一日，一医者背着行囊在路上行走，看背影似是过去四处游历行医的华佗。等他回过头来竟然真的是须发皆白的“平生只有两行泪，半为苍生半美人”的华佗!
(全剧终)
