吴成得知明心有子，华佗下山巧救天来
老人把华佗带到他的藏书室，里面有很多医书孤本，华佗如获至宝，如饥似渴地阅读。如此数月过后，华佗惦记明心，估计她的孩子已出生。华佗写信给明心时正碰到她的孩子出生，明心生了一个男孩，起名沸儿。
华佗和灵儿在郊外采药时，灵儿告诉华佗自己是老人捡回来的孤儿，家人抛弃时除了留给她一个晶莹剔透的手镯什么信息也没有。正说话间附近有猎户射中一只老虎，灵儿看老虎是一只刚生产的母虎，于是求猎户放了老虎。猎户却因为母亲风湿需要虎骨必须杀了老虎，华佗于是主动提出帮猎户母亲治病，让他放了老虎。通过给猎户母亲治病，华佗告诉猎户他母亲的病一些是因为病痛，更多的是因为孤独，希望他多陪陪母亲。老人很赞成华佗治病又治心的做法。
华佗通过观察，注意到动物常常活动精力充沛，想到如果人经常运动一定也会强身健体。于是华佗根据动物的形态研究创造出了模仿动物形态的体操，起名为五禽戏，用来模仿锻炼强身健体。几番寒暑过后，华佗的医术、心态和心境都有了很大的提高。老人甚是满意。
一日明心和喜莲带着沸儿上街，结果喜莲看到了吴成，几个人赶紧往回走。吴成是回来祭拜惠娘的。结果牛二为了留下讨好吴成，主动告诉他明心有个儿子，但 明心并没有成亲，所以不知道孩子到底是不是华佗的。吴成心中生疑，想到明心家里去看她和孩子。尽管胡半仙和喜莲百般阻挠，但吴成还是冲进院子，看到了失明的明心。吴成很吃惊明心的样子，还想再看看孩子时，突然下人来催他回去给曹操看病。曹操头疾越来越严重，太医院里的太医根本束手无策。
华佗此时在山中已准备下山给周瑜看病，想借看病之机劝周瑜不要杀戮，多拯救苍生。灵儿舍不得离开，但老人劝她跟华佗一起下山历练。为了让灵儿放心，老人故意称自己如果不是因为要照顾灵儿早就云游四海了，但背着灵儿他偷偷告诉华佗皆因自己已算到不久要离开人世，所以才将灵儿托付给他。临走他告诉华佗只有心系苍生才为大医。华佗将此教诲铭记于心。
华佗与灵儿刚下山，路途就遇到夏候勇正在追杀一个人。华佗心生怜悯，救下此人并为他包扎好伤口。此人激动地看着华佗泪如雨下，喊出了华叔。原来他竟然是四处颠沛流离的天来。华佗心疼不已，让他从此跟着自己不 要流浪。
吴成谏曹操抛病尸，华佗入疫村治瘟疫
华佗为周瑜医治失眠彼有奇效，周瑜非常满意，因为他广招名医都没有医治好，华佗手到病除让他免除了多日来失眠的痛苦。这时有属下来报，称曹操军营中出现瘟疫，曹操十分的头痛。周瑜却觉得这是难得的出兵灭曹的时机。华佗乘机让周瑜放弃杀戮，称只有这样才会心平气和，也才不会再失眠。但周瑜否定了他的建议。
曹操营帐之内是人心惶惶，眼看大敌当前军营却生瘟疫，如此必将不战而败。曹操质问吴成，吴成诚惶诚恐地回答若要治愈最少要半个月之久，曹操大怒。于是吴成建议将患病的将士尸体丢入江中，让他们随江而下流入东吴，将瘟疫带进东吴。曹操对吴成生为医者却生出如会危害更多人性命的念头侧目。但为了战事曹操还是接受了吴成的建议。
华佗为周瑜治疗失眠后提出要前往曹营救治受瘟疫感染的将士，因为在他眼里只有病患，没有敌我。周瑜非常生气，此时有属下来报，临江边的村民受瘟疫感染。华佗自愿到村子里去治疗瘟疫，周瑜却不想村民将瘟疫带入军营，想封闭村子，情况不对时就焚烧了整个村子。既便如此，华佗还是准备前往村落，灵儿也不顾华佗的阻止坚持跟他去了村子。周瑜手下大将奉周瑜命令，给华佗三天时间，三天之后会屠村。华佗义无反顾地进到村子。
有些村民十分的恐慌，开始往村外逃窜，结果被守在村外的官兵用箭射死。其他村民绝望之时得知华佗是专门来医治瘟疫的大夫重又燃起生的希望。这时有村民发现江边漂流过来的尸体。经辨认是曹军士兵的尸体，灵儿建议大家将曹军的尸体全部烧掉，防止尸体往下流污染下游的村落。结果在处理尸体时，村里的刘奶奶发现了孙子大宝的尸体，哭的死去活来。灵儿去刘奶奶家照顾她时，刘奶奶认出她手上独特的手镯。原来灵儿的母亲是个大家闺秀，当年与一个军官私奔有了灵儿后因未婚先孕后遭到家族的排挤，最后因为身体羸弱生病去世，那个军官刘奶奶也不知姓名，只知道他擅长丹青。灵儿没有问到父母的下落，很失望。
天来听说华佗在瘟疫村有可能被烧村，着急的赶紧过去帮忙。守村将军托天来带话给华佗，可以在晚上偷偷放他出村，但村民们却要被烧死。天来知道华佗的秉性，一口回绝了将军。哪知华佗却提出自己愿意出村，他要利用将军的士兵搬运草药，表面用来烧村，实际是将草药点燃烟醺去除瘟疫。此举既除了瘟疫又保全了全村村民的性命。周瑜非常高兴要给华佗赏赐，华佗什么也不要，只提出准许他过江。但周瑜却不允许，因为他知道华佗会去曹营救那些得瘟疫的曹兵。于是他便将华佗软禁起来。
曹操得知华佗三日内便帮江东除了瘟疫，对吴成一干人等非常生气。吴成得知华佗又一次抢了他的风头，吃惊又不甘。此时华佗因为被软禁，便在住处教下人们一些五禽戏。周瑜过来看到后十分不解，但听华佗说可以强身分体，便吩咐下人们好好学习。
