山田上司宫本要求他们移交实验数据，山田不满自己辛苦劳动的果实交给他人，决定叛变，要用贺英雄为自己铺垫一条退路。
贺天和小强在侦探社被毒雾熏晕，被绑架到山田玄洋社的实验基地。山田亲手为贺天注射细菌，用他的生命来威胁贺英雄。
贺英雄知道将会面临一场生死抉择，将妻女送上游轮令她们离去。
马昆和贺天被关押在同一所日本人的医院，两人用密码互相交流明白身份，决定一起越狱。马昆用摩斯密码在药布上写下自己的身份，被停留在医院外的同事发现。杜康找到重阳，两人决定救马昆出狱，但就凭两人力量未必能行，重阳决定说服贺英雄，与他们一起行动。
贺英雄派人与重阳营救贺天和马昆。另一方面，山田闯入锦荣董事会，以自己多数的股票妄想入主锦荣成为董事长。岂料阴谋被贺英雄派来的于子谦揭发，山田所造授权书被证明作假。
贺英雄知道自己违抗山田，生命不多，正准备自尽时，妻子月容回来与他共同面对。这对间隙一生的夫妻在山田枪口下赴死。
马昆为救贺天选择留下，贺天被于子谦带到父母尸体前，恸哭不止。
贺家因此家破人散，贺美馨投奔延安要为父母报仇。病重的贺天被重阳接回小屋，与莲心等人生活在一起。然而，贺天身上的新型病菌令小蝶和莲心束手无策。
重阳安慰贺天，所有人一定会坚强的活下去。贺天却知自己所活时日不多。
山田变本加厉进行人体试验，将药水弄的百姓悉数抓走做细菌试验。马昆面对众多尸体，绝不肯开口说半个字，山田恼羞成怒，为马昆注射变异细菌。
贺天告诉所有人，只要跟着废水走一定能找到实验基地。杜康等人将废水样本交给莲心，莲心化验，得知细菌实验基地所在。重阳和贺天决定前往细菌实验基地，将其摧毁。
山田得知上司要认命自己的属下接替自己，陷入疯狂。亲手将所有人杀掉，带着最新的细菌准备离开。贺天和重阳闯入，山田为保命用达子做挡箭牌，达子中弹倒在血泊之中，临死向马昆忏悔自己的罪行，希望来生能做个堂堂正正的中国人。
重阳和杜康救出马昆，马昆知道走出去将传染所有人，与贺天一起为救上海将自己反锁在基地里，拉响了摧毁装置。
一阵轰炸声过后，罪恶的人体试验基地被摧毁。
然而莲心走出家门，面对的只有重阳一人。
山田为钱找到林友闻，找国际大买家出售细菌。
重阳莲心于子谦祭奠贺天之后，重阳前往百乐门，决定找山田为所有人报仇，山田被重阳困住无处可逃，两人决斗，重阳用自己所学的日本功夫杀死山田。
此刻，百乐门内大火已经汹汹燃起，重阳双腿被掉落的火柱砸断，无法逃出。为了救上海的百姓不被细菌传染，重阳只能将山田的细菌吞入口中。
莲心赶来，亲眼目睹此刻一幕，痛彻心扉与重阳诀别，重阳被火烧死，莲心跪倒在地。
于子谦与白淑琴告别，决定要为督察长和贺天做最后一件事。于子谦用威胁，逼死A公司最大幕后老板孔少爷后，与共产党员杜康投奔抗日前线。
莲心和小蝶守住锦荣，在轰炸中，莲心不肯撤退。她只要还能开动药厂里的机器，就要为前方浴血奋战的战士生产药品，为了铸造抗战的医药盾牌而奋斗，甚至付出自己的生命。锦荣所有员工被莲心鼓励，与她一同留下来，与锦荣共存亡。
而后锦荣历经八年颠沛流离，在大后方坚持生产，期间遭受日军多次轰炸，职工伤亡过半，厂房焚烧有三，但没有一天停止过防疫药品的生产。
1945年，8月15日，日本天皇宣布无条件投降，锦荣公司迁回上海。莲心也等来了参加革命归来的贺天……
