1912年5月下旬，孙中山回到家乡看望乡亲父老，并到陆皓东坟前祭拜，孙中山回首往事，感慨万千；并向兄长孙眉赔礼。兄弟二人冰释前嫌、和好如初。孙中山去澳门看望陈粹芬，陈粹芳已人去楼空，只留下一封信给孙中山。在回家的渡口，见到了陈粹芬收养的女儿。
由于袁世凯只要从共和所得到的实权，而不要共和所主张的民主，孙中山非常气愤，于1912年7月回到上海同盟会本部，因陈其美、蔡元培、宋教仁等纷纷从袁世凯内阁辞职，内阁里已没有牵制袁世凯的力量了，孙中山决定去北京与袁世凯共商国策。
1912年8月下旬孙中山与袁世凯在总统府会晤，共商国家大计。
1913年2月，孙中山夫妇和宋嘉树夫妇起程前往日本考察铁路。
袁世凯把坚决维护临时约法的宋教仁看成心腹大患，1913年3月20日，袁世凯派刺客暗杀了宋教仁，公开破坏临时约法，反对共和，孙中山听到宋教仁被害的消息，急忙赶回上海，召集黄兴等共商讨伐袁事宜；由于内部出现反对意见，袁世凯得以可乘之机，国民党坐失良机，二次革命虽在全国发动，却仅仅坚持了四十八天，就以惨败告终。
孙中山、黄兴等一批革命党人再次流亡海外，回首苦难深重的祖国，孙中山不得不开始了他更加深刻的人生思索。
