百姓得知唐景崧逃走后，人心惶惶，亲兵抢进总统府，并为了抢夺银子，意外将素琴烧死，文杰走在街头时突发现武龙，一路尾随至辜家门口，更意外找到秋莲，文杰问秋莲为何不告而别，秋莲不语，还将文杰赶走，欺骗文杰说，自己已和武龙在一起。辜显荣引日军进入台北城，日本也顺利占领台北。
武龙得知素琴已死的消息，无助地在云英面前放声大哭，云英心疼，答应武龙让他留宿。义民军奋力抵抗日军，日军在台湾展开屠杀，刘永福要黑旗军坚守八卦山。文杰在山间遇到武龙，劝武龙放下私怨，共同为台湾打拚，别再当日本人的走狗，武龙告诉文杰素琴已死消息，文杰震惊不已……。八卦山失陷，吴彭年与吴汤兴皆战死，刘永福痛失爱将，也预知此战不可能打赢。王夫人病重，后悔自己将素琴嫁给董继昌，并交代王老爷，要好好照顾文杰与汉庭。
能久亲王被义民军杀死，日军怕影响军心，全面封锁消息，并倾全力围攻嘉义，刘永福知此役必败，改装逃回唐山，并对日军求降，日军却要刘永福亲至吉野号请罪，刘永福未至，日军继续南下进攻打狗、凤山。台南众士绅到英国牧师巴克礼家里，写下请愿书并签名画押，委请巴克礼担任信差，送信给日本人，让日本人进城。武龙对秋莲表白，希望能娶秋莲为妻，秋莲以不知文杰生死为由，断然拒绝。东云阁老鸨劝云英看破红尘，远嫁日本。
