哪吒告诉石敢当，洛河老龙斩首后，魂魄一直在地府中并未投胎。
石敢当赶到地府找秦广王。此时秦广王正在和武德星君的手下密谋害死石敢当的事情。秦广王看似对石敢当热情招待，其实给石敢当喝下了 “万虫丹”。石敢当被放逐到阴山背后。在阴山，石敢当遇到了敖申姑父洛河龙王，立志要给老龙王洗清冤屈。
玉帝早就传授给了石敢当“天罡地煞五雷法”，三界之中没有任何地方能够困住石敢当。石敢当先是变成判官模样，得知秦广王去了毂河龙宫。之后石敢当又变成了武德星君的模样，从武德星君夫人那里取得了毂河老龙给武德星君的书信。之后石敢当又取得了盘古开天钺。
石敢当来到秦广王所在处，要求秦广王交出洛河龙王的魂魄。这时，十殿阎罗中剩下的九人率领阴兵赶到，杨戬、朱半斤、敖申率等人也赶过来，阴兵登时大乱。石敢当逼秦广王服下万虫丹。之后石敢当又赶到毂河龙宫，抓住武德星君走向凌霄宝殿。
玉帝碍于颜面，不愿审理此案。对于石敢当这种不听指挥的行为十分气愤，命二十八宿拿下石敢当。但是这次众神都站在了石敢当这边，玉帝只好应允，发落了武德星君和水德星君。并擢封石敢当玄天高阙武圣天尊，位列天神第一品。
三百年后，奎刚已经完全幻化为人形。奎刚带领众妖杀入三界。
而天庭出现了蟠桃都在一夜之间枯烂坏死等异象。玉帝感叹，浩劫将至，此乃定数。太上老君交代自己的弟子云居真人，自己西去后精元合一，会成为一颗上清金丹，要将此交到石敢当手中。
天界、冥界、重华宫全都大乱。
奎刚带领众多妖怪杀进了凌霄殿。玉帝感慨这是劫数，无论动与不动结果都是一样的。他道：“众皆一心，唯吾二心;黑衣穹高，领辖三界;真性灵投，入释凡家;他日重生，回归三界;石中武圣，方解此厄;乾坤清朗，善心归一”之后便化为金像，从此天界便无玉帝。众神含泪。
实际上玉帝并未死亡，而是在投生在凡间的刚出生的男婴身上。
在阿修罗界，奎刚制作了巨大的作房，妖怪只要通过这个作坊的机器就可以变换模样并去除一身妖气，就算是法力高强的人也看不出来。黑莲圣使变为哪吒模样。
在太上老君丹房内，由于金丹帮助云居真人隐藏了身形和气味，使得云居真人躲开了搜查，成功躲过。
武德星君和水德星君叛投奎刚，而其他神的元神则都被吸入黑链之内。
三百年后。
在杨戬梦中，玉帝给他托话，正是玉帝临去前所说的“众皆一心，唯吾二心;黑衣穹高，领辖三界;真性灵投，入释凡家;他日重生，回归三界;石中武圣，方解此厄;乾坤清朗，善心归一。”
黑袍护法等众妖怪来到二郎庙，和杨戬打了起来。奎刚告诉杨戬，只要他说出玉帝的下落，他就放了杨戬。然而杨戬拒不合作，和奎刚打了起来。奎刚毕竟力有不及，被奎刚吸入了黑莲。
石敢当正在修炼之时，二郎神告诉石敢当天界有大难，急招石敢当回天界。然而这个杨戬种种和以前不同的地方，让石敢当心中藏有疑虑。在石敢当的逼问下，这个杨戬承认自己的伪装的，自己实则是奎刚收下的黑莲圣使。在两人的激战中，石敢当的盘古开天钺被黑莲吸了进去，自己也逃脱不了黑莲的重压。
正在这时，朱半斤突然出现了，石敢当才发现是妖精入梦困住了他。石敢当骗朱半斤进入黑莲，趁朱半斤进入黑莲的一刹那，石敢当翻了出去。
在阿修罗的克隆作坊中，奎刚将妖魔都变成了假天神。就连玉帝都是假的。奎刚得到消息，云居真人逃离天界，并带走了太上老君幻化的金丹。他推断必定是要带给石敢当。
