铁匠常虎睡了酒坊掌柜肖岳的老婆沈月红，奸夫淫妇被捉奸在床;年轻迂腐，却因会说日语而当上镇长的李从文决定主持公判。公判结果最终在居民们的哄笑中执行;而就在此时，一支日军小分队前来巡查!日军小分队无意间的发现为自己招来了杀生之祸。
凌晨时分，全镇居民竟都变成了杀人利器。日军小分队9人，在一刻时辰内彻底蒸发——一个惊人秘密浮出水面：小镇所有的成年人，都是军统特工。
小分队的意外失踪引起日军重视，山田中队长亲自接手案件。经过与霸下镇居民的接触，山田意识到霸下镇绝非善地，于是使计暂留在小镇继续暗中调查。日军支队倾巢而出、用最快速度赶到并包围了小镇。绝境下，霸下镇特工领导者李从文及肖岳密谋：事情闹大了，除了尽数干掉这支日军，已别无他法。
山田支队覆灭，事件被伪装成遭遇共产党敌后武工队袭击。但李从文和肖岳都意识到祸端已起、再难收场。要想秘密最终不被掀开，唯一的办法，就是改变当前的战势格局、让小镇所处地区成为国军的势力范围。于是，李从文与何莜真领赴了这个难似登天的使命。
小镇特工是不允许主动联系组织的，如此情势下只有一赌：惊动上峰，逼其决策!结局，或成功、或被剿杀于无形。李从文与何莜真以自陷囹圄的方式成功地惊动了上峰，然而，是改变战略格局来掩藏秘密，还是用灭杀的方式封藏秘密，高层中的两种意见相持不下，李、何二人因之命悬一线;与此同时，军长祖成武因爱将被二人所杀，红了眼要将他们大卸八块。
上峰做出决定，小镇接到密令：肖岳、常虎、沈月红等人协同李从文、何莜真，设法打入日军内部，为国民党的战略反攻里应外合;这个决定意味着战略格局即将改变。不久，众人在敌占区汇合，并随即炮制了一起倒戈事件，以血腥之代价让常虎变成军统组织的叛徒，常虎因此受到了日方机构的重用。自此，特工们开始向敌营的各个环节渗透。
电视剧异镇剧照
国民党正面战场上的战略反攻开始，渗透于敌营各个环节中的特工们迅速摧毁了通讯、并展开一系列暗杀和破坏行动。日军本部一片大乱，刻意据守而失去了驰援的机会，于是，霸下镇及其周边区域被祖成武亲率一支部队迅速攻克。
秘密成功掩藏、小镇恢复平静，然而，此后的特工们却多了一份前路茫然的放纵。
小镇突发传染病，小镇的氛围开始变得诡异。肖岳的旧情人师兰奉上级命令前来支援。李从文思索起心中的疑团来：师兰曾与肖岳同期受训，可她不单纯是疾控局的工作人员。
事实上，师兰的另一个身份是组织处特派员，传染病的扩散正是她的杰作。而师兰的所作所为来自于上峰密令：灭绝小镇特工，并对小镇人员全部换血。
大家面对绝境，情感再次战胜了“任务定生死”的誓言。产生了分别以肖岳、李从文为代表的两种方案：1、殊死反抗、生还者从此各自隐匿;2、逼迫上峰取消灭绝令。相持不下之际，李从文、何莜真被迫强制执行第二方案。在小伍以牺牲为代价的浴血掩护之下，二人冲出封锁，逃离了小镇。
祖成武所带的部队是一支精锐，在李从文、何莜真冲出封锁之后，迅速做出反应，层层设围，顿将二人逼入了被追杀的绝境。
国统区，军统高层也因各自利益分成了维持现状的保守派和转移藏宝的灭杀派，而藏宝的地图，掌握在保守派手中。当师兰获知到藏宝的秘密之后，她主动请缨：夺取地图，让灭杀派成为主持处理藏宝事务的主导者。
忠诚受到亵渎的特工们决定挖出并瓜分这批藏宝，从此散逃、各自隐居。他们擒获李从文及肖岳，并不惜用各种手段撬开两人的嘴，以获知藏宝的掩埋地点。他们的刑讯手段极为专业、也极为残酷，而事实上，肖岳是唯一知道藏宝地点的人，因此李从文的坚挺，只是尽最大努力给对方以信念。
然而，知情者的嘴没撬开，特工们却通过精密的分析自己找到了宝藏。
藏宝必须追回;反叛者必须灭口。可现在，只有李从文和肖岳能够找到已经散逃的反叛者，无奈之下，上峰只能做出让师兰与他们联手追杀的决定。随即，李从文、何莜真和肖岳、师兰形成两组，分头追杀。分开后何莜真警告李从文，若有半件藏宝落入共党手里，她必将痛下杀手;而师兰却颇有欣慰地告诉肖岳，如今在一个阵营，她再不用克制自己的情感，立功之后，他们将共享荣华。
任务是严峻的，因为反叛者为求安全和隐匿，都藏身于敌占区，任务也是残酷的，反叛者注定无法过上想要的生活：梅寡妇“借尸还魂”成了豆腐西施，后又与爱人伪军吴司令走到一起，本以为安全了的她却很快被何莜真找到，为了内心的宁静她选择了自杀;何大爷准备辗转出国，将假外孙抚养长大相依为命，却在遇见何莜真后，为掩护她而死去。何莜真将幼子寄养在老乡家后，绝然而出却泪如雨下。
肖岳和师兰在奔走追杀的过程中，慢慢地开始变得嗜血。杀人，已经不再是任务，而成了品尝快感的途径。他们变着法地虐杀反叛者，人性中的邪恶，像被打开了的潘多拉魔盒，无可遏制。师兰欣喜地看到，肖岳正在自己的影响下成长为一个冷血之人，这是日后进入高层的重要素质。
而另一边，何莜真在连续数名反叛者的意外死亡后，在强烈的罪恶感之下崩溃了。这些反叛者曾怀抱理想踏入军统的门，在从此拥有特权的同时却也从此命如草芥。何莜真发现：素来冷血的自己，已因与被追杀者多年相处的情感，而变得脆弱。她已无法再抵触李从文“化杀戮为改造”的意愿!在此之后，反叛者在被追回手中藏宝之后，都在掩人耳目的假死之后，被人秘密带走。
常虎逃跑了，但藏宝总算是如数追回。按计划，这批藏宝将就势秘密运送至武汉。而直到这时，何莜真才冷静地疑问起李从文的目的来。李从文如实相告：他的确已汇报过这个问题。组织的答复是：莫以归属之争使国宝遭受损伤。面对共产党的高风亮节，何莜真终于坚定了立场。
师兰与肖岳查明了李从文的身份，对李从文和假死的特工进行追杀。共产党人奋力营救，以几名同志的牺牲为代价，帮助李从文等逃跑。
不久，藏宝被掩藏在几车货物之中，在肖岳、师兰的押送下准备辗转运往武汉。不料却在途中，已彻底变节的常虎却带着日军围来，欲施劫夺。李从文和何莜真赶到想要帮助师兰肖岳保护国宝，却被两人关押。火力悬殊之下，师兰扔下受伤的肖岳引爆了船上的炸弹;在她看来，肖岳在面对月红死去的那一瞬间，就已经废了;而爆炸之中，何莜真却将李从文推下了船，把生还的机会让给了他。
解放前夕，在爆炸中伤残的肖岳成为了霸下镇国民党驻军营长。幸存的李从文来到霸下镇想要感化肖岳，却在无意中发现惊天秘密。
原来，之前战友的牺牲全是白白送命，宝藏被炸事件是国民党上峰为了掩人耳目、私吞宝藏而精心策划的一出戏
国民党上峰已与美军观察所的高层达成交易：以这批藏宝换取自己在美国的任居和庇护。
师兰得知交易内容，出于私心，她以手中的藏宝图为筹码，暗度陈仓;与美军观察所私下协商，将上峰踢出局，自己顶替上峰获得在美军处所能获得的一切利益。事后，师兰雇凶杀害上峰，独揽宝藏的所有权。
美军士兵在霸下镇的出现使肖岳平生头一次对自己的使命产生了怀疑。李从文请求肖岳帮助，肖岳同意。在李从文及当年的假死特工全力出动时，却发现大家都被肖岳出卖了。特工无一人生还。李从文亲眼目睹何莜真在自己面前被师兰虐杀。肖岳被何莜真的遗言及死状震撼，良心终于被唤起，携李从文逃跑。
李从文与肖岳组织了最后的行动，两人孤身闯入敌营。用炸毁国宝威胁美军撤出。师兰识破李从文心系国宝，绝不会拉响炸弹，李从文被生擒。对肖岳失望透顶的师兰挖出了肖岳视如亲子的小北的尸体，并进行侮辱。师兰丧心病狂的行为令肖岳终于认清了她的真面目。
两人命悬一下之时，共产党高层也在努力，与国民党内部的有识之士合作。銮山武工队的江红樱，劝服祖成武出兵。
祖成武及时赶到，肖岳和李从文被救下。师兰功败垂成，抢过李从文身上的炸弹，要与众人及国宝同归于尽。然而引线拉开，炸弹未响。李从文为了国宝的安全早将火药倒出。
师兰死到临头，仍不悔改，被愤怒的肖岳打死。
解放之际，肖岳并未前往台湾，而在大陆潜伏下来。肖岳亲眼见到中国人民真正得到了自由民主，于是在李从文面前现身，将国民党特务的名单主动交出，自觉接受改造。
