英明用酷刑要玄真交出南少林藏宝图，云明不忍看师傅受苦亲手杀了玄真。
赵大宏给师傅三德抓药被温庭玉抓到，得知南少林已被云明等日本人强占，温庭玉虽爱财却发誓不让日本人占去宝藏。
白泰官不满日本人所作所为欲退出，和卓灵一起被云明禁在南少林。
曹太虚和吕四娘来到南少林被擒，发现南少林被日本人占据，温荣玉也与日本人为伍。藏宝图被搜出，云明、英明和温荣玉研究藏宝图，怀疑三十六房内的藏书和四娘的木鞘剑可能与宝藏有关。
深夜，温荣玉来到石雕处想找玄机，被英明与云明当场活捉。云明要娶四娘为妻被拒绝大怒，他强迫与四娘成亲之际，逃出的白泰官、曹太虚和卓灵杀入，曹太虚以取自忍者身上的雷火弹作掩护救 走四娘。
英明、云明等人一路追杀，四娘与白泰官帮助卓灵与曹太虚逃脱，白泰官惨死四娘被抓。卓灵与曹太虚与方世玉等人相聚，方世玉得知吕四娘被囚禁在南少林孤身前往。
曹太虚、卓灵、赵大宏也赶去，方世玉打败英明救下四娘。英明、云明假装退走，想等方世玉等人找到宝藏后坐享其成。
方世玉等人苦苦研究藏宝图，只差一念即可破解宝藏之迷，乾隆派人监视南少林，了解到日本人正往南少林增援后，命索额图调兵南少林以备不测。
大宏与卓灵打闹无意中发现玄机，宝藏机关终于打开，云明、英明率忍者出现双方大战，乾隆也率士兵杀到。
英明、云明发现根本无宝，方世玉追入三人再战，英明、云明不敌，加上多年心机白费，气愤之下剖腹自杀。
乾隆随后进入，发现雍正遗下石碑，碑文讲述宝藏己在早年由雍正发掘搬入国库，此举是为了引蛇出洞，好一举奸灭倭寇。
乾隆要将方世玉和吕四娘杀死，方世玉以闪灵剑挟持，经过方世玉、吕四娘劝说与暗示，乾隆答应放两人一马，两人决定到大西北隐居。
