兵荒马乱，袁承志心急如焚，他委托何铁手照顾阿九，自己一路追踪青青。青青在途中被温家四老劫持。青青利用四老的贪心，故意掉落一只玉蝴蝶，假意以金蛇郎君的宝藏相诱惑，暂时保得安全。袁承志一路追赶，打探青青的形迹，路上看到民生多艰，心情一直郁郁难平。 何红药也对青青刻骨不忘，一直监视在侧，此时一路追踪，何红药暗中安排，施展毒计，将温家四老先后毒死。青青最终落入何红药手中。
青青骗何红药说要带她去见夏雪宜，何红药这才暂时放过青青，两人携手同行。 青青带何红药到了夏雪宜埋骨处，何红药十分紧张，但当她得知夏雪宜已经亡故十余年的时候，支撑她活下去的支柱一下子垮塌了。她终于撑持不住，痛哭失声，这时，一老一少在恩仇之际，仇恨泯灭，留下的只是温情。 何红药向青青回忆了自己和夏雪宜的一段情史往事，以及夏雪宜是怎样变成金蛇郎君的这一段孽缘故事。少女何红药初识夏雪宜，夏雪宜偷蛇，被咬伤;何红药不忍，偷偷将夏雪宜带回住处养伤，两人之间情愫渐生。夏雪宜要走，要去峨嵋派盗一柄利剑，何红药不忍。
送蛇毒，两人依依惜别。何红药不舍夏雪宜，助他盗取金蛇剑。金蛇郎君取三宝。以及自己所受的五毒教处罚。何红药从温家五老手中救出夏雪宜。发现他与温仪的私情，妒忌欲狂，要杀温宜，折磨夏雪宜。 青青听到这个故事，对何红药十分同情，但是当何红药发现青青在为夏雪宜和温仪合葬的时候，狂性大发，青青万分危急，幸亏袁承志及时赶到，青青才绝处逢生。而何红药、温仪的骨灰、与金蛇郎君则一同埋骨在那山洞中了。
袁承志带着青青与华山派众人汇合，何铁手匆匆赶来。何铁手及时为青青解毒。青青虽然性命保全，但是对阿九仍是猜忌横生，担心她和袁承志旧情复燃。何铁手同时带来大消息，原来清兵已经入关，闯王已经退出京城。而且闯王疑忌李岩，已经到了水火不容的地步，所以急忙赶来报信…
袁承志闻讯大惊，急忙赶下山去救李岩。路上，袁承志所见所闻仍是民间疾苦，百姓的凄惨遭遇，一个老妪痛哭斥责李岩，他编的歌谣都是骗人的。百姓更唱出了“老天爷，你年纪大，耳又聋来眼又瞎，——你不会做天你塌了吧”的愤怒吼声。眼前的乱世景象让袁承志心灰意冷。 途中，袁承志又巧遇到当年在山宗大会上救下的张朝唐主仆，原来两人当日千辛万苦来到广州，遭抢带花，已经盘缠用尽，主仆二人无奈，只好打工赚取船票钱。
后来听说闯王得了天下，太平盛世重临，两人又想进京博取一番功名，可惜——袁承志安顿主仆二人由手下兄弟照顾，自己继续飞奔。 追捕李岩的正是李岩好友刘芳亮。两军对峙，闯王的部队眼看就要自相残杀。袁承志及时赶到，但是此时的李岩却泰然自若，劝他反闯王的有之，劝他拥兵自立的有之，李岩笑而不答，他问袁承志的意见，袁承志愤而说出“不降朝廷，不跟闯王”的十六字方针，李岩称袁承志终于成熟了。 袁承志孤身去见刘芳亮，劝说刘放过李岩共同去劝说闯王收回成命。刘芳亮无奈，因为他与李岩多年的兄弟，情义并不比袁承志差，但是闯王对自己也已经有了相疑之意，所以才命自己来追剿李岩。
袁承志十分悲愤，唱出了那首“老天爷，你年纪大”的歌谣，一时间三军之内，纵情高歌，这些铁血男儿，个个潸然泪下! 袁承志回报李岩，劝说李岩归隐田园，独善其身。李岩却笑着答，若是早可以走这条路就好了。为了不导致更多的死伤，李岩以袁崇焕为榜样，愤而自尽，其妻红娘子殉夫亦死。 金蛇营的弟兄们都知道李岩是袁承志的好友，也知道李岩是李自成的大功臣，现在李岩无辜而死，众人不服，甚至要为李岩报仇!——眼前的这一幕场景，在当年就曾经出现过。当年的袁崇焕无辜获罪，在狱中写信给祖大寿，眼前的情景似乎就是历史的重演。
说到底，这些人中原本就有山宗旧部，和明朝官兵，本来就看不起李自成，现在李自成作出了这样的事情，岂能不群情激奋? 袁承志当然不能让自己的部属去攻打李自成，自己更没有争天下的野心，此时更兴出了归隐之念，于是下令，将金蛇营解散，为兄弟们安排好了退路。袁承志询问张朝唐主仆可知道那个葡萄牙军官送给自己的那份海岛地图的送在，张朝唐很清楚，可做向导，袁承志于是提出，愿意随自己出海的人都可以出海，不愿意出海的人则去寻找自己的道路。 处理完金蛇营的事务，此时的袁承志万念俱灰，国仇家恨，儿女私情都涌上心头，袁承志再次来到父亲的坟墓之前，讲述自己的心声，希望得到父亲的指引，向父亲辞行。而为父亲守墓的畲仆却为袁承志道出了历史的真相。“兴，百姓苦;亡，百姓苦。”
不想袁承志在这里竟然遇到了木桑道长与阿九。而更让袁承志揪心的是，遭此国破家亡惨变，阿九已经看破红尘，为了斩断与袁承志的孽缘，已经出家落发!为了抚慰怒气勃发的青青，阿九含泪脱帽。看到此情此景，袁承志如受重击。 原来阿九在清兵入关的危难之际，被木桑道长所救，木桑知道阿九的身世与袁承志的情感，又感念当日的舍命相救，加上阿九此时已经落发，决心为尼，所以木桑道长就决定收徒。
木桑知道袁承志一定会来给父亲扫墓，所以在畲仆那里等待袁承志的到来，最后果然等到了。木桑想随袁承志出走海外，但看到青青的样子，恐怕阿九会遭受委屈，所以只好与袁承志分道扬镳，而袁承志与阿九也就不得不黯然离别…只是畲仆决计为袁崇焕守墓到底。袁承志十分感动。袁承志远走海外，做一个化外之民，另开一片新天地。(全剧终)
