曹贵人因告发华妃罪行有功，被晋封为襄嫔。
端妃告知甄嬛后宫如政局，不可凭一己之力改变;另外还需特别防范襄嫔，也就是从前的曹贵人。
秀女大选的年份已到，未免宫中纷扰，皇帝提议推迟选秀;皇后建议不必大肆选秀，只在功臣家眷中选取四名适龄女子入宫即可，皇帝欣然接受。
新进宫的祺贵人之父与甄嬛父亲同在都察院为官，祺贵人便要求与甄嬛同住，借以博得了皇帝的关注。祺贵人在宫中与华妃狭路相逢并受了气，三番五次地向皇帝挑唆。
甄嬛发现自己宫外屡屡受到华妃宫中内监肃喜的窥探，于是设计一举捣毁华妃势力;眉庄在旁相助，推倒火烛，不惜烧伤自己，告诉皇帝是华妃指使他人纵火，欲烧死居于碎玉轩的祺贵人并加害于甄嬛。
皇帝最终下旨赐死华妃，华妃却不愿就死。甄嬛来到冷宫，替华妃送行。她亲口告诉华妃，皇帝和太后当年为了防备年氏一族势力过强，便在华妃专用的欢宜香中添加了大量麝香，致使其终身不孕，并导致甄嬛昔日流产的事实。华妃听闻真相后，绝望中撞墙而死。皇帝为示自己对华妃的厚爱，许她以贵妃名位入葬。
曹贵人得风寒无人照看，太医院奉太后密旨在其药物中下了失神之药，致其噩梦连连，不断梦见华妃来冤魂索命，最终惊惧而死，端妃获圣旨抚养温宜公主。
皇帝决定册封甄嬛为妃，陵容在一旁假装贺喜，被皇帝一同册封为嫔。
除掉华妃之后，陵容向皇后说起皇帝称甄嬛为“莞莞”一事，皇后感到甄嬛带来的威胁，心生妒意。
皇后唆使祺贵人让其父瓜尔佳鄂敏在前朝挑拨皇帝与甄父甄远道之间的关系。皇帝本性多疑，在皇后的唆使下，察觉到甄嬛爱读政要史书，内心不悦，有意疏远。
册封礼前，甄嬛发现礼服不妥，便草率地穿着内务府送来的替代礼服前往受礼现场。皇后当场指认甄嬛身上的衣服系已故纯元皇后的旧衣，皇帝更是错认甄嬛为纯元;皇帝被揭破秘密，尴尬恼怒，指责甄嬛冒犯纯元皇后，将其囚禁于碎玉轩，非召不得出。甄嬛始知自己原来一直都是纯元皇后的替身，彻底心碎。眉庄冒死奔走于皇后与太后宫中为其求情，但两宫都不愿意出面干预此事。
禁足于碎玉轩的甄嬛伤心欲绝，而此时的碎玉轩犹如冷宫一般。众人备受欺凌，甄嬛因病重晕倒。流朱为替甄嬛求医，强闯碎玉轩大门，却遭到侍卫阻拦;流朱救主心切，绝望之下扑向侍卫手中的刀刃，血流不止，侍卫不得已向皇帝报告实情。
皇帝闻讯震怒，斥责侍卫失职，命温实初速救甄嬛和流朱;流朱终因伤势过重死去。
甄嬛醒来后意外发现自己怀孕，为保腹中胎儿平安，请求皇后照顾自己身孕，承担一切后果。皇后不愿答应，太后告诫她不可一错再错，更不许她拿乌拉那拉氏家族的荣华富贵开玩笑。甄嬛得知流朱为救自己而死，悲痛万分。
温实初告诉甄嬛，她所使用的舒痕胶中含有大量不易察觉的麝香，这才是导致她当年小产的根本缘由。甄嬛始知陵容恶毒。
眉庄获知甄嬛怀孕却仍被禁足，欲以探望，却因宫规森严而不能前往;她嘱咐温实初要替自己照顾好甄嬛。
大臣瓜尔佳鄂敏继续在皇帝面前谗言、诋毁甄嬛父亲甄远道，皇帝心生戒备，最终下旨将甄远道革职收监，其家眷圈禁府中，甄氏败落。太后为甄嬛腹中的龙子考虑，担心她得知家族之事身体不妥，命孙姑姑传信安抚甄嬛。陵容受皇后旨意，派新来的太监小贵子故意将甄父被大臣鄂敏告发革职入狱的消息告诉甄嬛，甄嬛一惊之下动了胎气。事成之后，陵容暗地里派人把小贵子毒死已绝后患。甄父在狱中被人投毒，生命垂危。
甄嬛带孕求见皇帝，皇帝态度冷淡;甄嬛此刻真正知道原来皇帝此前对自己的万般宠爱只因自己的容貌与纯元相似，一时之间痛心无比，受到刺激早产。
