甄嬛痛苦中早产下一女，取名胧月，皇帝获知兴奋不已。甄嬛内心对皇帝绝望，自请离宫到甘露寺修行以保胧月平安。甄嬛拜托敬妃收养女儿胧月，替自己抚养女儿长大成人。甄嬛毅然离宫，眉庄、温实初为其送行。
甄嬛迁居甘露寺，法号莫愁，入寺后备受欺凌;皇后趁机安插陵容、祺嫔(原来的祺贵人)等人好生伺候皇帝，在宫中大肆扩张势力。眉庄为甄嬛的离去伤心不已。温实初因其御医的特殊身份，获准往来宫中及甘露寺两地之间，暗中保护甄嬛。
果郡王获知甄嬛出宫修行，赶来甘露寺探访，为甄嬛带来女儿胧月的画像，安慰甄嬛思女之情。甄嬛感激。
皇后携敬妃等一干嫔妃赴甘露寺进香，甄嬛躲在立柱后不愿相见。甄嬛看到眉庄时过于激动被祺嫔发现。祺嫔故意踩在甄嬛手上，迫使其因疼痛出声而暴露;甄嬛被迫以狼狈落魄之相出来见皇后等人，皇后得意之下，嘱咐祺嫔告诉寺中主持不必善待甄嬛。
眉庄回宫后求太后庇护甄嬛，并自请入住甄嬛的碎玉轩为其守宫，甘受冷落。敬妃抚养胧月尽心，却因无意间在皇帝面前为甄嬛说情遭到斥责;太后眼见皇帝此举，由女及母，担心甄嬛安危，暗中派遣芳若每月定期探望甄嬛。
甄嬛偶遇果郡王生母舒太妃，二人十分投缘。甄嬛欲撮合浣碧与王爷的侍从阿晋相好，浣碧心中早已爱上果郡王，断然拒绝了甄嬛的好意。
眉庄在宫中备受冷落，唯有温实初悉心照顾;眉庄越发爱慕温实初，却发现此人一心只挂念甄嬛一人。
果郡王多次向甄嬛暗表情意，均被回绝。
宫中虽然皇后独大，但皇帝仍旧不时牵挂甄嬛，皇后为此颇为头疼。
甘露寺众尼不容甄嬛等人，被众尼姑于病中赶出寺外。果郡王允礼获悉后带阿晋冒着大雪策马赶来相救，将甄嬛送到清凉台休息，甄嬛被彻底感动。温实初牵挂甄嬛，想尽办法前来照顾，却察觉出果郡王对甄嬛有意。甄嬛病重，允礼舍身相救，自己却染了重病;甄嬛病情稳定后找到允礼，两人的情感刚有一丝靠近时，皇帝带着敬妃、女儿胧月突然来到清凉台探望允礼;甄嬛躲在屏风后看到女儿时百感交集，断然拒绝允礼的一切好意。浣碧殷勤照顾得病的果郡王，表露爱慕之意，甄嬛病好后立即离开果郡王住处。
皇帝在铲除年氏一族及其党羽后，开始着手处置年氏同党，自己的舅舅隆科多。隆科多乃是母亲皇太后昔日的旧情人，皇帝始终认为此事让自己颜面无存，决心将其铲除。
太后虽然不同意皇帝的做法，但身为母后，她必须要保护儿子的江山社稷。为了成全儿子，不忍昔日情人被自己的儿子赐死，也为保皇族声誉，亲自密访隆科多，骗其喝下毒酒，亲手毒死爱人，但事后太后因此事伤心不已。
温实初发现甄嬛与果郡王二人相恋，深受打击。太后因隆科多一事病重卧床不起，皇帝却不予探望，只有眉庄天天在太后身边悉心照顾。
陵容在宫中少了很多对手，为讨好皇帝使尽浑身解数，导致皇帝纵欲过度高烧不退，太后知晓后大怒。
果郡王入宫侍疾，发现皇帝病中呼唤甄嬛昵称，深受触动，惶恐不安。
皇后发觉陵容已不似从前那么容易掌控，竭力用祺嫔制衡陵容。
允礼、甄嬛二人携手北游，于山中撞见一遭毒蛇咬伤中毒的男子;甄嬛机智救助了该男子，通过男子的言语及手部特征等断定此人擅长拉弓射箭，应该是位准葛尔人。男子仰慕甄嬛的聪明伶俐，对其印象深刻。
皇帝病愈后对后宫旧人失去了兴致，前往圆明园百骏园闲逛时，偶遇驯马女叶澜依，即刻被其桀骜不驯的独特气质所吸引，欲将其带回后宫。
