甄嬛疼痛中与皇后争执起来，皇后推倒甄嬛，一切都被胧月看在眼里，甄嬛小产。温实初赶来查明甄嬛小产系腹部遭受大力撞击以致胎气大动，孩子滑胎而死。甄嬛以皇后推倒她为由嫁祸皇后，敬贵妃在一旁相助。皇帝对皇后产生怀疑，皇后拼死辩解，胧月挺身而出保护母亲，指认甄嬛小产是皇后所为。皇帝责令皇后思过，严惩此事。
皇帝越发年老，猜疑心愈来愈重。朝中不断有人提出立太子的呼声，皇帝反感至极。三阿哥弘时听人唆使，请求皇帝厚待手足，善待罪臣，皇帝大怒，认为弘时图谋不轨，意在太子之位，有窥视其皇位之举动，即刻撤下弘时的黄带子，交于恒亲王约束养赡，与其断绝父子关系。皇后在自己宫中听闻此讯，更加绝望。
皇后失势，为除去甄嬛，姑姑剪秋暗自下毒欲毒杀甄嬛及其儿子弘曕。夜宴间，六阿哥弘曕的汤汁被果郡王侧福晋孟静娴误饮，静娴生子后毒发身亡，果郡王甚是伤感。皇帝命苏培盛即刻派人查明真相，剪秋与皇后身边大太监江福海遭到严刑拷打。
甄嬛发现孟静娴的孩子身上带有青斑，想起宫中传说先皇后纯元之子生下便夭折，身上也带有青斑，请来敬贵妃共查此事。
皇帝命人彻查皇后宫中所有宫女太监，苏培盛从一干人口中得知皇后此前蓄意谋害甄嬛等多项罪名，并迁出皇后陷害纯元皇后身亡的重大秘密。皇帝意欲废后，皇后承认自己的种种罪行，哭诉自己之所以为之，完全是因为太爱皇帝，不愿与任何女人共享皇帝的宠爱。因太后先前立有遗诏，不准废后，皇帝碍于纯元皇后的情面，下旨与皇后乌拉那拉氏宜修死生不复相见，将其禁足于景仁宫。
准葛尔可汗摩格觐见，席间认出甄嬛，想起昔日此女子曾在山上搭救自己之事，欲夺甄嬛。摩格奉上一串九连玉环欲为难大清皇帝及众臣，却被甄嬛巧施一计，教导女儿胧月以孩童无知为由，破玉解密，摩格大扫颜面。皇帝以甄嬛之计在准葛尔军队中散布时疫削弱其兵力。
血滴子夏刈向皇帝告发甄嬛与摩格私下相见，皇帝怒不可遏。
摩格为保住甄嬛性命，向皇帝提出要与甄嬛和亲，并求祛除时疫的药方。皇帝虚以委蛇，试探甄嬛态度。皇帝问责甄嬛，果郡王听闻此事大惊，欲不顾一切救回甄嬛，皇帝当即断定甄嬛与果郡王有私情。甄嬛为避嫌，自请前往准葛尔和亲。
皇帝对外散步甄嬛已经准备前往准葛尔和亲;对内圈禁甄嬛不让任何人知道其动向。送亲之日来临，果郡王不知是计，以为甄嬛已经出宫，私自带兵出关营救甄嬛。岂料，这一举动正好验证了皇帝对甄、允二人有私情的猜测。
允礼自承擅自领兵之罪，要求戍守边关受风沙之苦自惩。
一晃三年。皇帝期间命夏刈查获多封允礼与玉隐的信件，每封信件最后，都会提到甄嬛。皇帝明白了允礼的用意，下决心除去果郡王。三年后，允礼回宫。
皇帝让甄嬛以毒酒亲手杀死果郡王。甄嬛不忍爱人死去，欲喝下毒酒，却不想毒酒被果郡王调换，口吐鲜血告诉甄嬛，她才是自己一生中唯一的妻子。甄嬛悲痛万分，来不及等到允礼咽气前告诉他自己的一对双胞胎乃是他的骨肉。允礼惨死于甄嬛怀抱中。
甄嬛赐死果郡王有功，被赐予协理六宫的大权，位同副后。皇帝察觉甄嬛心中仍有允礼，与她日渐疏远。果郡王死后，皇帝为隐瞒真相，不准张扬。玉隐在果郡王葬礼上撞棺殉情而死。
甄嬛疑惑皇帝为何突然要杀果郡王，苏培盛找来允礼与玉隐的家信，信中结尾均是果郡王问及甄嬛安好的言词。甄嬛领悟到，这才是导致皇帝起了杀机的原因，十分憎恨皇帝。
