黄飞鸿拼死保阿妹 清政府卖国求荣
黑旗军将士们日以继夜地修建炮台，阿妹送来了许多吃食犒劳他们，黄飞鸿提出要加入黑旗军。
黑旗军的高炮百发百中，把岛上留守的日本军队打得是落花流水。但日本的支援部队即将登岛，黑旗军兵力有限，刘永福请黄飞鸿教士兵们拳脚功夫，以备万不得已之时和日本人肉搏拼命。
阿妹带黄飞鸿去看他们部落的五色花，并给他讲了关于五色花的传说。原来五色花的由来是关于一对为爱情不顾生死的痴男怨女，阿妹说虽然他们最后双双殉情，但能和心爱的死在一起也是一种幸福，黄飞鸿不禁想到为他而死的岑慧慧。
黄麒英表面上在相亲，其实这只是他自我麻痹的一种手段，他一直想念着黄飞鸿，甚至说出以后绝不会逼他去相亲的话。这一切都被十三姨听见，她心如刀割，对着大海诉说自己的相思之情。
牙擦苏实在看不下去十三姨整天失魂落魄，他拉着十三姨离开海边，说要让十三姨看到黄飞鸿的真实面目。牙擦苏花钱雇来一个中年妇女装成是黄飞鸿曾经的情人，为他生育了儿女后惨被黄飞鸿抛弃。牙擦苏还买通赌坊的人帮他一起演戏，说黄飞鸿以十三姨的名义借了很多钱。原来黄飞鸿临出海前和牙擦苏说过，为了让十三姨对他死心，黄飞鸿故意做出一副渣男的面目。一直坚信黄飞鸿人品的十三姨当场揭穿了牙擦苏的谎话，大街人上的百姓都唾骂牙擦苏欺骗十三姨，此时的牙擦苏有苦说不出。猪肉荣见到牙擦苏一脸的惨样安慰他，结果反倒惹哭了牙擦苏。
一八九五年五月，日本海军对台湾岛大规模炮轰。五花部落的神树被炮弹击中了，刘永福正在派人补救，但神树的树身被炸了一个大洞，根本无法补救。阿妹说神树是他们部落的保护神，现在神树出了意外，代表着灾难就要降临。
因为当时阿妹信誓旦旦地保证神树的安全，部落同胞们才让黑旗军在此建炮台，现在神树被毁，部落的首领——阿妹的哥哥决定根据族规处置阿妹。黄飞鸿带人来救阿妹，却被五花部落的成员们团团围住，眼看两边就要产生恶斗。黄飞鸿只能说他愿意替阿妹去死，此时阿妹也当着族人的面表白黄飞鸿，她也愿意为了黄飞鸿放弃自己的生命。五花部落原本有个规定，相爱的男女如果愿意为对方去死，只要经受住了五花剑神的考验，身中五箭还能保存性命的话，就会饶恕他们的罪过。
黄飞鸿挺身而出，愿意接受这五箭。阿妹提出要亲手射箭，其实阿妹提前在她的箭头上涂了五色花的汁液(五色花的汁液有麻醉作用，希望能缓解黄飞鸿的疼痛)。无论是黑旗军的士兵还是五花部落的成员，大家都被黄飞鸿的真情所感动，一起为他鼓气。黄飞鸿在中了五箭后非但没有丧命，还勉力站了起来，大家欢呼。
广州府衙抓到一批日本间谍，在关进大牢前就对他们进行了搜身，但还是有不少间谍服毒自杀，十三姨怀疑他们是把毒药藏在牙齿里，她来找牙擦苏帮她把剩下的间谍的牙齿拔掉。
当他们来到关押间谍的大牢时，大牢门口聚集了不少群众正在起哄要求杀了日本间谍。而大牢里的间谍竟然全死了，这时从聚众的人群里悄悄走出一个人——樱花夫人。
樱花夫人回到周氏医馆，卸下装束露出真容，竟然是病态西医柳华生。
刘永福带着黑旗军的将士们在台湾誓死抵抗、浴血奋战。而清政府却派李鸿章和日本签下了丧国辱权的马关条约，割让了台湾、澎湖列岛。这场战争还没结束清政府就宣告投降，黑旗军全军上下士气低落，刘永福为了鼓舞大家，发誓无论朝廷是什么态度，他们黑旗军也会和日本人抵抗到底。
