1938年，八路军干部戚本孝奉命回到家乡桂林，刚下车便被时任国军旅长的大哥戚本忠持枪抵住脑袋。国军参谋秦天夫急忙阻拦，说戚本孝一行是按照国共协议来桂林筹备八路军办事处的，此时若发生国共冲突，将影响抗战大局。戚本忠只好暂时隐忍，但十年前戚本孝那背后一枪仍使他耿耿于怀，扬言不会让戚本孝活着离开。
国军军官刘汉太亲眼见证了戚本忠、戚本孝两兄弟你死我活的尖锐矛盾，但仍担心戚本忠受戚本孝的影响，向共产党八路军靠拢，为此刘汉太紧盯戚本忠，并展开秘密调查。
戚本忠是一名有着正义感的国军军官，而且是个大孝子。因母亲张咏菊不喜欢戏子，戚本忠与桂剧名伶苏若水真心相爱却无法走到一起，一对有情人备受煎熬。三弟戚本礼是个戏痴，对苏若水暗恋已久，当他得知大哥与苏若水的关系后，曾经亲密的兄弟俩渐生罅隙。
戚本孝广泛联系各界群众，为前线筹备战略物资的同时，积极开展抗战宣传。在国共联合抗战的大背景下，戚本忠与戚本孝暂时摒弃个人恩怨，携手合作，关系微妙而复杂。戚本孝押运一批物资途中遭到日军袭击。危急关头，戚本忠赶到，兄弟俩并肩作战，最终惊险地死里逃生。
在女学生苏若云眼中，戚本孝是个顶天立地的抗日英雄，为此毫不掩饰对他的感情。戚本孝却不敢轻易接受苏若云，因为他是军人，随时上前线流血牺牲，并且他曾发誓，抗战不胜利不娶妻。最终是苏若云的执着和理解打动了戚本孝，成就了两人短暂而美满的婚姻。
暗战危城剧照
因戚本忠与戚本孝交往过密，刘汉太越发认定戚本忠有赤化倾向，为拿到所谓的证据，不惜多次陷害戚本忠，欲置其于死地。刘汉太的倒行逆施严重影响国共合作大局，国军高层被迫将其撤职查办。戚本忠也受其拖累，城防司令一职落入他人之手。
大批难民围堵市府请愿。戚本忠奉命对赈灾贪腐案展开调查，结果竟查到了父亲戚正源的头上。戚正源坦言自己确有贪腐所为，而他所作的一切都是为了给常年患病的妻子张咏菊抓药。戚本忠最终决定放过父亲。戚正源却不思悔改，愈发变本加厉，大肆贪腐。
在父亲贪腐的问题上，戚本忠与戚本孝再起矛盾。戚本孝例数国民党的腐败政治，希望戚本忠认清形势，选择光明的道路。戚本忠误以为戚本孝想策反他，警告戚本孝注意自己的言行。
漓江上漂来一只竹排，戚本孝为十年前的“背后一枪”正式向戚本忠道歉，多年来第一次喊了他一声“大哥”。戚本孝跟戚本忠解释说，我是来寻求合作的，并不是搞统战。因为你是个极具正义感的军人，而且你对父母对兄弟的感情非常人可比，更为可贵的是，作为桂系高级将领，你没有国民党右派根深蒂固的反共思维，国共联合抗战在你这里完全能够实现。戚本忠激动地热泪盈眶。两兄弟握手言欢，相约携手抗战。
在戚本孝等共产党人的影响下，戚本忠开始怀疑国民党的抗战政策。在一次公开会议上，戚本忠据理力争，为共产党人仗义执言，为此遭到上峰严厉训斥。此后不久，戚本孝在对日作战中壮烈牺牲，戚本忠默默承担起照顾烈士遗孤的重任。
汉奸故意散布“日军即将释放毒气，桂林变鬼城”的谣言，搞得城内人心惶惶。四弟戚本义因倒卖辣椒给日本商人而被捕，被国民党当局扣上了汉奸的帽子，当众枪决。
戚本忠得知此事悲愤不已，辣椒根本不是做毒气炸弹的原料，四弟只是个替罪羊，是无辜的政治斗争牺牲品。至此，戚本忠对国民党的腐败政治彻底失望，毅然加入了光荣的中国共产党。
日军兵临城下。戚本忠指挥部队扼守奇峰山防线，面对数倍于己、装备精良的日军，他孤注一掷，与日军展开激战。战斗进行得异常惨烈，戚本忠却没有后退一步。之后，三弟戚本礼赶来增援。异常英勇的戚家兄弟死守战线，为赢得最终胜利献出了宝贵生命，可歌可泣。
