决定任命苏轼为汝州团练副使。并亲手下了诏任命诏书亲。苏轼在赴任途中，苏辙劝说要韬光养晦，谨言慎行，苏轼却仍不肯随世俯仰。途经江宁，王安石不禁称赞苏轼是真君子，二人尽显惺惺相惜之情。李定又欲以谢表中字句弹劾苏轼，不想却被神宗怒斥制造乌台诗案，欺君主、害贤良。神宗驾崩，哲宗即位，年仅十岁，由太皇太后代理国政。临终前，神宗对母后尽陈对使苏轼大才遭忌的悔恨之情，并嘱托母后将皇儿托付给苏轼、司马光、吕公著等。百姓们纷纷议论司马光是“留相天子”，但司马光担心民意有违朝廷之心，来京城吊唁先帝后便与程颐火速离开。高太皇太后，命司马光速晋京见驾。下旨复苏轼为太守，知登州。王珪病重，临终前先是将自己做官保位的“忍顺躲推”四字经教给儿子们，之后又要孙儿背新学的诗词，孙儿背出的却是“明月几时有，把酒问青天……
苏轼到登州五日便又因升任为起居舍人回到京城。苏辙也从筠州盐监升为右司谏。司马光推荐吕公著为户部尚书，外贬曾布，在废除了《青苗法》后又要废除《免役法》。苏轼从维护国势争等方面历陈理由，劝说司马光不要废除《免役法》，反令司马光认定苏轼是王安石之党，二人不欢而散。政事堂内，章惇据理力争、慷慨陈词，力驳刘挚、王岩叟等，尽言《免役法》不可废之理，司马光无奈只好决定将两种议论同时上奏太皇太后。刘挚等无力反驳章惇，却责问苏轼袖手旁观，苏轼提醒他们讨论国家大事，不能把个人恩怨搅在其中。刘挚等便在背后骂苏轼忘恩负义。章惇向太后弹劾司马光为报私怨，尽废新法，不想却被太后严词斥责。章惇感觉局势不妙，找到苏轼畅谈，并将自己的两个儿子托付给苏轼，请他代尽教化之责，苏轼慨然应允。
西夏又兴战事，大兵直指边关六城。司马光判断西夏只是为了抢率财物，并无侵犯之意。决定放弃六城，断绝与西夏的贸易。苏轼得知此事，大呼不妥，立刻赶往政事堂劝阻司马光，却被司马光固执的拒绝。司马光最终促进太皇太后下旨，弃六城与西夏求和力守边境六城的将士全部弃城撤退后，西夏得寸进尺，屡屡进犯。病中的司马光这时才如梦初醒，趁人苏轼当初所言的正确，听从苏轼的建议，选派良将，训练兵马，守而不战，同时与西夏不断贸易。朝廷命苏轼起草贬放吕惠卿的圣旨，苏轼信手拈来，洋洋洒洒，顷刻书就，这道贬书，立即引起全国轰动，天下学子无不争抄，元祐党人拍手称快，而熙丰党人从此对苏东坡更加恨之入骨。司马光病逝，高太皇太后欲授苏轼中书舍人，苏轼三呈辞状，不愿就职，太后再下诏书。
太皇太后告诉苏轼其遽升乃是神宗生前的安排，还按遗命将钧瓷“寿松屏”赐给苏轼，并说明神宗深意，即把大任乃至大宋日后的江山委托给你，太后还命哲宗拜苏轼为师，一片嘱托，命撤金莲烛，送苏轼归院。苏轼兼侍读，教哲宗读书，小皇帝拿出君君臣臣的问题来请教苏轼。苏轼语重心长地告诉小皇帝齐家最先，圣上先是太后的皇孙然后才是皇帝，况且圣上年幼，需要太后帮助，教育哲宗要以德行为主。辽国的直学士耶律俨点着名要见苏轼，所提问题记刁钻又古怪，群臣都摸不到头闹，但都被苏轼在嬉笑间轻松解决。送别耶律俨时，耶律俨对苏轼无比佩服，实感大宋有人，向苏轼保证定力劝辽主以两国和睦为立国之策。”
苏轼在皇宫宣德门偶遇张璪，张璪唯恐苏轼追究乌台诗案，然而苏轼不计前嫌，并叮嘱他记住“宣德门”三字。王闰之和王朝云为苏轼制作了一顶帽子，苏轼取名为“子瞻帽”。不料被帽店老板大量模仿赶制，仍然供不应求，乃至断货。人们认为有学问的人才可以戴这高帽。苏轼对此付之一笑。西夏国索要岁币的来使已到，吕大防和范纯仁商定由苏轼来应对。面对夏使咄咄逼人的气焰，苏轼泰然自若，以星象警告西夏，批评西夏背信弃义进犯边城，并劝告西夏应以和为贵，以休心养息为上上之选。和则兴，战则亡。王岩叟、刘挚视苏轼为眼中钉肉中刺，并合谋将其逐出朝廷。苏轼深感不能直言朝政，内愧本心，于是谢绝了太皇太后和哲宗的挽留，离开朝廷，自放于杭州。并荐举翰林院学士范祖禹担任帝师。
1089年，苏轼以龙图阁大学士出任杭州太守兼浙西兵马总督。并依据灾情向朝廷索要购粮款。两浙转运使王觌后面有刘挚作阴主，私自克扣了苏轼向朝廷索要的一百万进谷粮款。苏轼令秦观携带奏札快马加鞭急到朝廷催办此事，并用计迫使首相吕大防给王觌写信。然而王觌倚仗主子刘挚之势，拒不拨款。苏轼又让各州府官员去要款，王觌不得以答应拨款。后被罚俸半年。杭州又起瘟疫，苏轼为防疫病蔓延，限制百姓进出。同时为了解决药材问题，办了一个用来收容病人和抓药治病的官办大药房，命名为“安乐坊”，是为世界上第一所公立医院。安乐坊资金有限，无力购买足够药材。苏轼派参寥到仁惠堂劝说堂主曲贵年为民降价售药。曲贵年得知安乐坊收治病人不要钱，把安乐坊视为断自己的财路。因此勃然大怒，命令伙计把参寥轰了出去。
