参寥再次到劝说仁惠堂劝说曲贵年降低药材价格，又被家丁轰出。苏轼大怒，立即张贴告示于杭州城内各处，勒令杭州城各大药店立即降价售药，违者封店，充其药材为官家药库。苏轼与曲贵年激烈辩论。不料王觌也在这里，阻挠封店。还威胁要以损害市易、欺市扰行、与民争利之罪参劾苏轼。曲贵年公子曲钱也染上了瘟疫，呻吟不止。服药无效，不得已只好去安乐坊抓药。不料安乐坊对百姓几乎免费，唯独对曲贵年要价昂贵，且一涨再涨。曲贵年为医好儿子的病，只得忍气吞声。杨世昌查明，此次瘟疫起于饮水。这引起了苏轼治理水源的想法。安乐坊病房。参寥夙夜操劳，又在疫地饮水吃饭，不幸染疾去世。苏轼泪下如流霰。
绸绢商颜益、颜章兄弟倚仗王觌之势，给绸绢糊药，以次充好。苏轼命令全部没收，课以重罚。苏轼以摇动长吏，胁制监官之罪判颜氏兄弟刺配本州牢城，并罚王觌交出收受颜氏兄弟的贿赂用于治理西湖。刘挚企图阻挠苏轼疏浚西湖，被太皇太后否决。而刘挚提出的改开黄河方案却被范纯仁上奏劝阻，太皇太后下令停止。西湖疏浚清淤完工，苏堤建成。苏堤春晓，称为西湖十景之一。吕大防和刘挚为开脱为相不公道之名，启奏太皇太后召回一些被贬在外的熙丰党人，以为自己所用。却因苏辙反对而未果。刘挚、王岩叟利用章惇生性好斗、睚眦必报的性格，以苏辙反对召回熙丰党人的言论挑拨章惇与苏轼的关系，并派王觌操办此事。章惇果然中计，把国家政事岂能和私人交情缠在了一起，不顾多年情谊和苏轼的劝说与苏轼一刀两断。太皇太后发旨，擢升刘挚、王岩叟等人官职，以苏辙为尚书右丞，苏轼改翰林学士承旨，并令苏轼重回京师。公元1091年，苏东坡离开杭州，返回京师。
西夏大举进攻西北边境，众大臣噤若寒蝉，无人敢带兵抗敌。太皇太后宣苏轼火速晋京，任兵部尚书。并赐以尚方宝剑，号令三军。众人言战言和，各持己见，莫衷一是。苏轼决心用兵，禁止妄议边事，并与西北边将高永亨制定方略。一面命令环州太守固守城池，一面命令折可适插入敌后，拆毁路桥，填埋水井，袭其粮草，拖延时日;待西夏军撤退时再率轻骑火攻其粮草，截杀敌军。西夏攻打环州不下，偷袭庆州未果。又遭宋军多次袭扰，粮饷，水源不敷使用，已成疲兵。梁太后不得已下令撤兵。对西夏的自卫战争胜利了，巢谷却陷入重围，血染沙场，临终前嘱托将自己葬在密州。苏轼悲痛交加。延和殿。太皇太后论功行赏，着有司重赏苏轼、章粢、折可适等有功将士，巢谷已死，封义勇真人，并拒绝了苏轼外任的请求。
公元1093年九月，太皇太后高氏驾崩，哲宗亲政。哲宗对苏轼早有厌烦之心，免除苏轼面辞之礼，准其外放定州。百姓状告兵丁轮奸妇女。苏轼将罪犯正法，监禁管理校官，罚将军俸一年。苏轼颁布禁赌、禁酒等六条禁令， 孰料温大彪倚仗姐夫王光祖之势，公然违反禁令，聚众赌博，还殴打了监官。苏轼顶住王光祖的压力，将温大彪及聚赌小校一并正法。于是军队风貌整肃，操练勤奋。哲宗听信王岩叟进言，不顾苏辙、范纯仁的反对，改年号为“绍圣”，意为“绍述先圣之策”。蔡卞启奏哲宗，苏轼当年所写吕惠卿外贬的制词，是讥讽先帝之罪，理当贬黜。哲宗不顾范纯仁反对，贬苏轼为宁远军节度使，知英州。
苏轼被贬往惠州，路过汝州，看望苏辙并借盘缠，谈及未来命运，二人泰然处之。在对苏轼下了三道贬书后，章惇等又追加一道，不许他坐官船，走旱路到贬所惠州。鄱阳湖畔，夕阳斜照，苏轼对朝云心之诚、情之忠深深赞叹。苏轼抵达大庾岭，看着无数路过此岭的贬官所留的诗作，不住地慨叹。太守詹范对苏轼很是照顾，请他住在合江楼。苏轼做诗：日啖荔支三百颗，不妨长作岭南人。原来水就是先生的做人为文之道了苏过上山砍柴，遭到山住翟秀才的阻拦，得知是苏轼公子后，翟秀才前嫌尽释，忙帮苏过砍柴。又有官员来巡，苏轼只好在此搬出合江楼，前往嘉祐寺。
在瞿秀才的帮助下，苏轼建造了自己的房屋。詹范告诉程之才被任命为提刑前来，苏轼说这是章惇等人的借刀杀人之计。为筹建合江桥的资金，从不卖画的苏轼拿出多年所藏到街上去卖。蔡京等人看到苏轼的诗句，气急败坏，决定把他贬到海南。詹州黎寨内，黎族百姓病倒无数，葛贡不免为与汉族五日后可能的冲突担忧，便命令手下贩子找人买牛，杀了之后祭天，消灾免祸。阿勇的父亲李老汉得了病，苏轼诊断出是痢疾，但李老汉认为是触犯了神灵，需要杀牛。在杀牛的祭礼中，苏轼百般劝说百姓吃药治病，却被大家赶走。杀牛之后，李老汉的病没有见好，阿福认为杀一头牛不够，于是只好向苏轼借牛。此时，苏过也病重昏迷，苏轼熬制草药，苏过醒来。阿福不住的惊叹。
