民国初年，燕子门第十二代掌门人李耀被叛徒出卖，落入宛城巡防长官虞大寿之手，虞大寿为防李耀逃跑遂将其大筋挑断。
街头闹市，说书艺人铁嘴霸王正慷慨激昂地讲述大名鼎鼎的江湖好汉燕子李三的传奇故事，听众中，一个衣衫褴褛的小男孩听得格外出神。不料，书场被虞大寿带兵查封，小男孩奋起反抗却被虞大寿打翻在地。
燕子李三行刑这一天，沿途挤满了送行群众。李耀师弟李显带着众徒弟混杂在群众中伺机而动。这时，小男孩捧着馒头冲到囚车旁给老燕子李三送行。虞大寿见又是小男孩来捣乱不由大怒，鞭打小男孩，现场陷入混乱之中。李显见状趁机动手，将囚车劫走。逃亡中李耀不幸中枪，死于非命。
李显徒弟李云飞和李云馨撤退时，被小男孩紧随至客栈，小男孩儿自述对燕子李三的崇敬，向李显磕头拜师。李显因无法考察其来历，在小男孩磕头之际带着云飞云馨悄然离去。
李显得知李耀所携掌门信物燕子金镖被虞大寿高悬于城门之上，以诱捕燕子门师徒。明知是圈套，李显却仍要将掌门信物夺回。他自己引开埋伏的部队，派云飞和云馨去拿燕子金镖，不料虞大寿早有准备，云飞和云馨陷入困境。关键时刻，小男孩挺身而出，协助云飞拿到了燕子金镖。
小男孩再次拜师，向李显讲述了他的凄苦身世，原来虞大寿与他有杀亲之仇，他为报仇一心想拜在燕子门下。李显感叹小男孩的胆识，一摸骨相，发现是块练轻功的好材料，遂在客栈将其收入门下，为他取名李云龙。
为了引开虞大寿派来的追兵，李显与众江湖人士进行了一场殊死搏斗，不幸在打斗中身负重伤，危难中被日本医生五咸长满所救。李显伤愈后应允为五咸办三件事以报答其救命之恩，并留下三枚黑色燕子标志作为凭证。
一晃数年，燕子门第十三代弟子李云飞、李云馨、李云龙都已长大成人，新一代燕子三杰重出江湖。
