王怀远见家都没了，只好带着虫草打道回济南另谋生路，去济南的必经之路上，有一个小村子因为瘟疫被封锁，王怀远被当成奸细抓进了村子，守村子的也是张宗昌的部队，他们不管是死是活只要是染了瘟疫的就一律烧死，王怀远看不过，不顾生命危险诊断病人，发现自己有办法治这场瘟疫，于是劝说守军营长，开锅煮药，救下了大部分的病人。
百会和涌泉却不在这些被救治的人里，而是在要被烧死的人中，银杏拼死要护住两个孩子，王怀远起初只是以为是普通的百姓，可也坚持要救治，走近才发现是自己的家人。一家人终于得以团聚。
济南某团团长马小宝宴请满天红，满天红开口必须让王怀远也到场，但是马小宝没请到王怀远，反而被一直跟自己死对头的田德贵抢先，而且田德贵还羞辱了他，马小宝气不过，去跟田德贵斗狠，结果败阵而回。
田麦穗醒来发现是王怀远救了她，内心欢喜。王怀远也早发现田麦穗一直珍藏着那根金针。王怀远继续用针灸给田麦穗治疗，腿上恢复的即好又快，这更加让佐藤俊二好奇又迷惑，一直搞不清楚中医针灸脉络等问题。
马小宝不服气，连夜派人把虫草跟王怀远赶出旅店，赶出济南。田德贵得知是马小宝赶走了王怀远，派人暗中抓到马小宝，然后将他打死。
王怀远跟虫草还有毛驴离开济南之后，还是往章丘走。
此时，在章丘，战争依然激烈，王怀远的妻子已经死了，小姨子银杏带着他的两个儿子王百会王涌泉逃亡，但是途中，两个孩子被军队抓了壮丁。结果两个孩子不堪忍受，趁乱逃了出来，见到了银杏，三人准备离开的时候，被某营营长抓到，为了保护孩子不再被拉上战场，银杏惨遭营长强奸。银杏坚强的带着世山世海继续往济南方向走，去寻找王怀远的下落，世山世海自责内疚，他们认了银杏当娘，而不再叫小姨。
回到家的王怀远跟虫草发现家破人亡，悔不当初，返回济南一路寻找家人。来到济南旁的小镇上，他们被部队拦下，说是城里正在闹瘟疫，一旦发现感染的人就药被烧死。
部队军官得知王怀远的来历之后对他非常客气，王怀远看到感染瘟疫的人的情况之后，断定自己能治，于是配出药方之后让病人服用，果然有效。而此时，世山世海也感染了瘟疫，正在被拖去焚烧，银杏疯子一样的寻找他们，王怀远只是为了多救一个病人，却无意救下了两个孩子，待见到银杏抱住孩子们才发现原来竟是他的家人。一家人团聚之后准备回家。
为救赵化民，王怀远想在小镇行医治病以赚取费用，恰巧遇到当地钱镇长的母亲去世，王怀远混在哭丧队伍里想赚几个钱，钱镇长因为过于痛苦昏死过去，王怀远对其进行针灸医治，钱镇长转危为安，王怀远以将钱镇长起死回生和难得药方为由，开口要价二十块大洋，钱夫人救夫心切只好答应，王怀远即刻将钱补齐给侯七和大片刀，三人商议去救赵化民。
侯七跟大片刀和王怀远扮成送菜的农民，将菜运进了311团驻地，王怀远借机在汤中下了迷药，侯七借找厕所之名误闯监牢，探明了赵化民被关押的地点。三人定好当晚下半夜动手救人。
经过田麦穗的检查，赵化民必须马上手术输血，但是现场医疗条件根本没有，而且田德贵的副官刘炳才一直穷追不舍。重伤咳嗽的宋文清差点在敌人搜索时暴露了他们藏身的地方，幸好敌人被分散了注意力，赵化民带着他们紧急转移地点，他们才躲过一劫。
王怀远带着虫草一路躲避着官兵，正好逃到赵化民等人藏身的村子，却遇到同部队的二营的逃兵。但是在王怀远带着大家逃走的时候，被刘炳才抓住。田德贵得知王怀远身份之后，说出王怀远当年没有及时去给自己母亲治病，导致母亲去世的事儿，更要将他们全部枪绝。王怀远为了救毛驴跟田德贵冲突。剧情百科原文。二营的连长苦苦哀求，但是田德贵还是杀了二营的所有逃兵。就在田德贵要杀王怀远等人的时候，王怀远利用中医的"望"说出了田德贵潜在的头疼病，而且发病的症状说的非常准确，田德贵将信将疑的留下了王怀远等人，就在此时，田德贵的部队突然遭到攻击，王怀远带着虫草跟毛驴趁乱逃走。一颗子弹划过田德贵的头盔，田德贵晕倒在地。
宋文清伤势更重，处于昏迷状态，田麦穗诊断宋文清已经没有活下去的希望了，赵化民回来之后看到，坚持要带宋文清回去。此时，从田德贵手里逃出来的王怀远跟虫草又被北伐军抓做俘虏，正好遇到赵化民等人，王怀远看到担架上的宋文清，认为宋文清还有希望，于是赵化民让王怀远医治宋文清，结果王怀远不负众望，用针走穴，真的救活了宋文清，让所有人惊讶，尤其是田麦穗。
田麦穗好奇的请教王怀远如何在没诊脉也没检查的情况下就能知道宋文清的情况，王怀远告诉她自己是用中医望闻问切的"望"，所以知道宋文清其实是假死，田麦穗佩服不已，并说自己听到王怀远跟田德贵所说的一番"革命"的言论，而王怀远已经对各派战争冠冕堂皇的理由失去信心，只想当一个单纯的中医大夫。王怀远告诉田麦穗自己的家事，田麦穗却只是模糊的提到自己的身世。
此时，刘炳才已经包围了村子。毛驴敏感的察觉到了情况，王怀远迅速让大家分散，田麦穗为了掩护大家，独自引开了敌人。
然后故事到了1933年。
王怀远带着家人早就来到了济南，跟赵化民合开了一家叫金石药房的门面行医问药。
田德贵也颠沛流离之后又回到了济南担任城防旅旅长，并且活抓了虎旗军的头目梁鼎山。谷子侯七在这几年重新回到虎旗军，而且在梁鼎山被抓之后，一直留在济南伺机救出梁鼎山，然后他们盯上了田麦穗，准备绑架她以此来要挟田德贵放了梁鼎山。
某日，日本人佐藤俊二的手下秋野带着三个奇怪的病患来到金石药房挑衅王怀远，王怀远为了挣外快去给一个财主的儿子看急症不在，赵化民让虫草赶紧去找人。王怀远治疗财主儿子的方式也很奇特，先是让毛驴在患者四周转着，毛驴有反应之后才开始诊病，然后将患者倒吊，查出病因之后，用针走穴，最后奇迹的救活病人。虽然是救活了人，但是王怀远奇特的治病方式也财主夫妇揪心。临走，王怀远还不忘财主答应的十五块大洋，财主一开始给少了，他还不愿意，直到如愿以偿才肯跟着虫草离开。
秋野带来的这三个病人的症状分别是一个十八九岁的小伙子，浑身青紫、呼吸困难；第二个是一个壮年汉子，脸上呈现出一种奇怪的红色，瞳孔对光线没有反应；第三个是一个中年男子，神志昏迷、没有呼吸。，赵化民束手无策时田麦穗恰巧出外诊经过，赵化民让田麦穗帮忙治病，但是秋野却阻止。王百会跟王涌泉此时放学回来，看不惯日本人嘴脸的世海忍不住跟秋野扭打起来，王怀远正好赶来。
王怀远开始治疗患者，秋野想看清王怀远如何用针，王怀远指示毛驴，毛驴一脚踢开秋野。王怀远对症下药，很快三位患者病情都有所缓解。此时，佐藤俊二出现，道歉之后带走了秋野。
但是其实秋野正是奉了佐藤俊二的命令才带着三个劳工到金石药房故意挑战王怀远的，佐藤俊二旨在进一步了解王怀远的针灸医术，同时探听一件事，这件事就是有关一本名叫《火器医鉴》的古书，佐藤俊二怀疑这本书就在王怀远手里。
佐藤俊二还暗中跟警察通报说王怀远救得三个人是虎旗军的人，但是王怀远指出三个患者身上的特点，他们不是虎旗军，而是日本人抓去的劳工，阴谋也被王怀远化解。
田德贵得知佐藤俊二弄伤中国劳工去找王怀远的麻烦，非常气愤，但是又不能跟佐藤俊二正面冲突，他就让刘炳才派人扮成普通百姓跟学生去佐藤俊二的诊所闹事，这些人将佐藤俊二的诊所打砸一空。这让秋野异常气愤，佐藤俊二让秋野去找田德贵，让田德贵派人保护诊所，田德贵只好答应，派一小队人去驻守诊所，虽然没再有人去捣乱，但是本身因为是日本人的诊所就很少人来看病，现在又加上军人把守，就更加没人来了，佐藤俊二诊所生意更加冷清，无奈之下，佐藤俊二又请求田德贵撤兵，田德贵难为了佐藤俊二跟秋野一番之后还是撤了兵。
赵化民来找王怀远家，席间王怀远提到银杏的终身大事，让赵化民也帮忙操心。
田德贵审讯梁鼎山，是想审问出不久前梁鼎山劫持的中央拨给山东的军费藏在哪里。但是梁鼎山死都不说。
谷子侯七在田麦穗回家的路上劫持了她，但是没能勒索成功。原因是被谷子打晕的车夫很快报告了刘炳才，顿时城内严防，而且押解田麦穗时走错路，竟然走到了田德贵府邸附近，还遇到了刘炳才，田麦穗竟然掩护了谷子大片刀，跟刘炳才说他们只是护送她回来的伙计，但是刘炳才敏锐的发觉他们其实是绑匪，一路追击，谷子肩膀中弹。
