王怀远本来在后方轻松的等着好消息，刁四也看着他。但是听到战争打响之后，他突然认识到，这是虎旗军，是没受过正式军事训练的一群草莽，他用打阻击战的方式布置这帮人显然不合适，于是他亲自到战场上督战。
不出所料，那四跟冯一刀所带的队伍都受到了重创。
就在他们拼命抵抗的时候，王怀远半路带着虫草还有几个虎旗军的兄弟摸到了独立旅的后方重机枪阵地，此阵地的士兵只管重机枪，轻型武器装备几乎没有，王怀远等人轻松就解决了他们，然后开始掉转攻击独立旅的队伍，给那四和冯一刀以及时支援，并且独立旅指挥官也在战争中丧命，虎旗军跟独立旅的第一战，大获全胜。
虽然暂时赢得了战斗，但是虎旗军也伤亡惨重，加上原有的瘟疫，虎旗军里伤兵太多，冯一刀对此更加厌恶王怀远，认为是他错误的指挥才让虎旗军的兄弟无辜送命。
刁四按照佐藤俊二指示下在王怀远药方里的那味药此时也发挥出作用，让很多服过药的兄弟都出现了中毒的症状，冯一刀恨不得杀了王怀远。王怀远跟虫草对兄弟们做过紧急处理之后，展开调查，在药渣里发现自己的配方里多出一味叫"半夏"的药剂，这味药跟王怀远开的药方刚好相反，起反作用，所以兄弟们才会中毒。但是冯一刀等人并不信服，还是指责就是王怀远故意要害人。王怀远说服冯一刀给自己一个晚上的时间他就能抓到凶手，冯一刀答应。
当晚，刁四跟白蜡杆儿企图暗算王怀远，但是被王怀远料到，王怀远早就让侯七埋伏起来伺机抓他们，可惜刁四狡猾逃离。一整夜，王怀远都在治疗中毒以及患病受伤的弟兄。
第二天，大家等着看王怀远如何抓出凶手。王怀远先是想让靠近过药锅的凶手自己站出来，自然不会有人站出来，于是王怀远把药渣放在盆里制成药汁，告诉大家凡是动过药的人手上一定会有残留，只要把手伸进药汁就能看出来，然后他让侯七抓来一只老鼠放进装了附子粉的袋子，放进药汁再拿出来，老鼠已经只剩下骨头了，凶手张子贵吓得腿软，刚要承认是谁指使他干的时候，张子贵被藏起来的白蜡杆儿打死。众人循着枪声抓捕，刁四冲在最前面，假意抓捕，但是放走了白蜡杆儿，众人还是没抓到真正的凶手。而王怀远的方法其实是计策，他让后期提前在药汁里放了一个骨头样的老鼠，想骗出凶手。
田德贵得知独立旅进攻虎旗军失败，非常气愤，要亲自带兵攻山，却突然接到韩复榘的命令，刘黑七又有行动，让田德贵前去支援，田德贵无奈只好暂时放过王怀远及虎旗军。
不服气王怀远训练的大片刀跟王怀远比试枪法，王怀远提出蒙眼打枪，结果大片刀输了比赛，而王怀远利用自己多年学医记住的人体穴位赢了比赛，大片刀等乖乖服从训练。
刁四一直不满王怀远，在冯一刀面前也煽风点火挑拨离间。
于是王怀远开始执行正规的训练，但是田德贵总有反扑的一天，王怀远决定尽快带虎旗军转移。但是田德贵早就派人把山围住，王怀远花了一个月的时间观察地形，终于找到了突围的路子，然后准备带着大家撤退。
济南城里的银杏已经渐渐康复，急于出去寻找王怀远跟世家世园，但是田麦穗坚决不允许。
按照虎旗军的规矩，凡是在撤退时受伤不能动的都处死，免得落在官兵手里受罪，就在那四冯一刀等人准备杀死谷子等受伤的弟兄时，王怀远破门而入，坚决不准杀人，并且王怀远还要带着受伤的所有人安全下山，这让冯一刀等人非常气愤，最后王怀远还是说服大家，受伤的弟兄也不是真心赴死，王怀远主动背起受伤的弟兄下山，感动了所有人，赢得了大家的尊重。王怀远带着队伍从悬崖边下山。在山上留下很多稻草人吸引敌人注意力，稻草人里都藏有炸药，让田德贵的独立旅伤亡很多。
下山之后，王怀远让大家分散行动。谷子带人伪装成主力前往临淄，引开田德贵注意力，剩下的人王怀远带着大家到了蒙阴孟良崮。
刚到孟良崮，虎旗军的粮食问题再次困扰着大家，冯一刀注意到了孟良崮的大村子垛庄，还下令要血洗垛庄，王怀远坚决不准，但是冯一刀执意要做，王怀远跟冯一刀打赌，他一定能制服冯一刀。
垛庄的人也早就注意到了虎旗军，早就开始自卫防守，随时准备迎战。
王怀远带着虫草来到垛庄外的坟地祭拜已故的妻子跟岳父，被垛庄的庄丁抓走，垛庄庄主孙国栋起初当他们是土匪要活埋他们，但是王怀远表明来意和身份之后，孙国栋待之为上宾，而且让全村的人听王怀远调遣，合力击退冯一刀。
冯一刀誓师完毕之后带人杀入垛庄，但是垛庄的人不论贫富都已经撤走了，只留下一个看家的老头，冯一刀让老头带他们去见孙国栋，老头带他们来到垛庄厅堂，冯一刀等人忍不住诱惑，喝起了垛庄的好酒，却不知王怀远早就在这里下了圈套等着他们，冯一刀等人喝过酒之后都晕倒，醒来时已经被王怀远等制服。原来王怀远把麻醉用的药"醉仙散"注入蜡烛里，厅堂点着蜡烛散发出药剂来，冯一刀等人喝过酒之后让药效更快发挥，所以才晕倒。王怀远有理有据的说服冯一刀，并且展示了梁鼎山还给他的《火器医鉴》，冯一刀等人心服口服，王怀远彻底赢得了人心。
只有刁四一直暗中算计王怀远，还让白蜡杆儿连夜赶往济南去见佐藤俊二。
赵化民在济南被人追杀，在同志们的掩护下赵化民安全逃生，他嘱咐田麦穗跟银杏在四个小时内他没回来就赶紧转移，并且不能再回金石药房。
白蜡杆儿带着刁四给他的樱花徽章找到佐藤俊二，把刁四的纸条交给佐藤俊二。冯一刀询问白蜡杆儿的去向，刁四骗他说是他让白蜡杆儿去济南探听王怀远来历虚实的。白蜡杆儿离开时，佐藤俊二交给他一个盒子跟一个包裹，让他一定交给刁四。
谷子等人来了临淄就撤下虎旗，田德贵自知中了王怀远的调虎离山之计，只好迅速开拔队伍赶往孟良崮。
谷子带着人字旗顺利跟王怀远等汇合。
宋文清也回到了济南，为的是抓捕济南的共产党地下组织，得知王怀远投靠了虎旗军非常惊讶。
王怀远研究过地图之后，跟大家讨论在哪儿安营扎寨，但是四周都有主人，实在没有多余的又优秀的地段。赵化民也逃到了蒙阴，被虎旗军的人误打误撞抓住，跟王怀远见面之后，得知王怀远的困扰，告诉他连红军都有稳固的根据地，虎旗军也应该如此，王怀远更加下决心要找到一块易守难攻的地方安置虎旗军，目标最终定在了"卧龙山"。
白蜡杆儿一直在监听王怀远。虫草看到，王怀远单独找刁四谈过，警告过他，刁四让白蜡杆儿尽快进行陷害王怀远的计划。白蜡杆儿趁人不注意流进王怀远的帐篷，把小盒子里的东西放在王怀远的床下，然后又在大家喝的酒里下毒，下毒让虫草遇到，但是虫草百口莫辩，白蜡杆儿跟刁四又反咬一口是虫草下毒，大家都误会王怀远跟虫草是要毒死大伙儿，将他们抓了起来。搜查王怀远帐篷，搜出了藏起来的小盒子，里面竟然是砒霜，正是下在酒里的毒。王怀远指出下毒的是刁四，但是没有证据，自然没人信服他。谷子跟侯七也因为袒护王怀远被绑。
正当王怀远就要被烧死时，谷子侯七突然说是王怀远下毒，但是两人却同时攻击刁四，制服他之后，从他身上搜出佐藤俊二的信，刁四挣脱开要逃跑，被王怀远的"甩针"扎上了眼睛。
田德贵带着部队此时已经杀了过来。
刁四逃走，虎旗军受到重创几乎全军覆灭，那四谷子侯七等人彻底拜服王怀远为总指挥，王怀远也没有拒绝。
银杏从田麦穗处逃了出来，想坐火车去蒙阴找王怀远，但是遇到了刘炳才，刘炳才要抓银杏回去，被宋文清制止，银杏伤势没痊愈，晕倒，被宋文清带回去治疗。昏迷中，银杏说出了赵化民的名字，宋文清立即派人去金石药房抓人，没想到田麦穗在银杏失踪之后不顾危险来金石药房找人，恰巧被宋文清抓住，带回去审讯。
王怀远接下虎旗军之后，就跟兄弟们约法三章：不枪民财，不占民房，不欺民女，王怀远带着虎旗军去往卧龙山。赵化民则回去济南。
赵化民一回济南就被宋文清盯上，他在金石药房里焚烧资料时，宋文清正好赶到，赵化民被抓走。宋文清企图严刑逼供赵化民，但是赵化民坚持自己烧掉的只是偷税漏税的证据而已。
田德贵正药进攻王怀远，得知宋文清抓走了田麦穗，气急之下田德贵带着队伍回了济南。田德贵不顾一切，得罪所有人也把田麦穗从狱中救了出来，反而触犯了韩复榘。田德贵被降至去地方当官，他选的是蒙阴，然后无奈带着田麦穗去了蒙阴。
虎旗军前往卧龙山的路上经过一个叫小刘庄的村子，众人因为兄弟越大越少而烦恼，王怀远宽慰大家。大片刀却寂寞难耐，偷看小刘庄一户叫张疙瘩的女儿小芹菜洗澡，被人抓个正着，王怀远得知后非常气愤，坚决要处绝大片刀，在张疙瘩和小芹菜的恳求下，绕了大片刀，但是王怀远还是要罚大片刀，就是让虎旗军的人一人打大片刀一军棍。经过王怀远的调解，张疙瘩原谅了大片刀，但是担心女儿嫁给大片刀日子过不好。王怀远让大片刀保证会照顾好小芹菜，张疙瘩才答应这门婚事。
刁四找到佐藤俊二汇报了虎旗军的行踪近况。
王怀远跟虎旗军到了卧龙山，但是卧龙山早就被一个叫崔老黑的土匪占领，但是崔老黑吃人心吃人脑，干尽坏事，不得人心，王怀远决定除掉崔老黑。时值赶上冯一刀在之前的战斗中受伤，病情恶化，急需一味草药叫"金线草"，这味药只有崔老黑在的老鹰崮上有，王怀远带着虫草只身上山，结果被抓。
王怀远跟虫草被抓上山，在监狱里遇到一个被打伤的大夫，得知崔老黑吃活人脑祭拜的恶习，又得知崔老黑抓了一个压寨夫人，但是这个夫人一来就疾病缠身，让崔老黑束手无策，凡是治不好的大夫通通杀了。王怀远知道崔老黑会把他们当"肉果子"杀了，于是借用自己的医术说服崔老黑让他给那位夫人看病，还说自己其实更是个会法术的道士，能化解崔老黑的灾难。崔老黑信以为真，让他给"夫人"看病。
没想到崔老黑抓上山的压寨夫人竟然是满天红，王怀远很惊讶。原来崔老黑杀了红家班的所有人把她抓上山，满天红不从只好偷偷服药，加上闭气，大夫都找不准脉象，但是王怀远指出，就因为这样才会让毒性蔓延全身，而满天红早就不打算活着，王怀远保证一定救她出去，满天红才答应好好活着。
王怀远故弄玄虚，又是做法又是念咒，说满天红戾气过大，才有此状况，他"法力"有限，必须要请他的师父静虚道人，加上满天红的配合，让崔老黑信以为真。王怀远答应下山去请"师父"，崔老黑自然放行。王怀远离开之后，满天红又装死不起。
王怀远下山之后跟那四等商量计策，王怀远让那四扮成"静虚道人"上山，因为他的戏曲身段底子多少能骗骗崔老黑，侯七谷子等在虫草的带路下从外面打击崔老黑，在外面接应。然后王怀远等人择日顺利上山，那四跟王怀远在里面做法设坛拖延时间，谷子等在外面很快就占领山头，然后王怀远制服崔老黑，救下了满天红，也抢到了老鹰崮这个好地盘。满天红这才知道王怀远加入了虎旗军。
崔老黑挣脱绳子，在几个兄弟帮助下从密道逃下山去。
王怀远让谷子侯七等人穿上崔老黑队伍的衣服，打上他们的旗号，很快就制服了周围山头的土匪。那四一直照顾着满天红。
佐藤俊二的特务得知虎旗军到了老鹰崮，迅速通知了田德贵，田德贵得知后，忘记被降职的凄惨，高兴的去上任，只为了干掉王怀远跟虎旗军。
银杏醒来后要离开去找王怀远，宋文清阻止了她。
田德贵强行带田麦穗去了金水县上任。
王怀远得知后加紧训练虎旗军，但是一直被经费困扰。
