日本特工夜袭莫家，试图寻找程慈航藏在身边的部分生物武器的资料。莫太太被打伤。莫采石家的防守力量加强。欧阳倩在莫家值班时看到程慈航为婶婶熬药，忍不住帮起忙来。在程慈航的请求下，欧阳倩带他去了肖主任被杀的现场。
程慈航正在现场勘查，严达庆带人冲过来想把他撵走，反被程慈航戏弄了一番。严达庆找到了汗血宝马的下落，兴冲冲地去找马主人——胡宗南的舅舅，反被打得满脸是包。程慈航正式入驻警厅办案，欧阳倩等人被严达庆指派为他的助手。程慈航猜测那根马毛原先被用来做。小提琴上的琴弦，便和欧阳倩去紫金乐器行找破案线索。
严达庆赶来，差点将程慈航打死。果然，在小提琴厂找到了犯罪嫌疑人李大壮的衣服和财物。那根马尾是李大壮用来系衣服扣子所用。但当他们找到李大壮的住处时，李大壮已因吸食鸦片过度身亡。严达庆自以为可以结案，程慈航却发现了一些疑点。
程慈航向莫采石申请延迟结案，先查清楚李大壮的身世背景再说。莫采石对他隐隐有些担忧。
严达庆和霍然急于结案，程慈航不同意。严达庆故意挑衅程慈航，反被教训了一顿。程慈航再次勘察现场，得出结论。凶手一共有两个人，李大壮的同伙就住在附近。程慈航带着众警察来到李大壮的尸体发现处，查到了一个可疑人——皮三。
皮三和李大壮经常去西流湾的赌场。程慈航和欧阳倩到赌场查案，居然在那里找到皮三。程慈航一路追赶，就快要追上时，严达庆半路杀出，带走了皮三。程慈航抢先一步审讯皮三，得知了李大壮的死亡真相，是刘勇和皮三将李大壮的尸体抬到了井边。
因为刘勇好抽大烟，程慈航打算从可以抽大烟的处所开始查起。欧阳倩带了一张刘勇的画像，让李丽兰帮忙找刘勇。李丽兰查到了刘勇经常去的一家茶馆。程慈航和欧阳倩守候在茶馆附近，果然，刘勇出现了。严达庆也带了一群人马赶到。刘勇跑进了茶馆，劫持了一个姑娘。刘勇胡乱开了几枪，刘阿常从暗处放了冷枪，将刘勇打死。
程慈航痛恨严达庆中途干扰，致使刘勇被打死，数名警察牺牲。程慈航和严达庆彻底翻脸。欧阳倩陪同程慈航回家，程慈航发现有黑衣人试图撬窗。程慈航知道黑衣人一定是中田派来的。他和欧阳倩相互掩护打退了黑衣人，感情渐笃。
