程慈航得知铁匣子被刘振亮藏在毛公馆内的保险箱里，便和欧阳倩一起前去寻找，不料已被严达庆抢先一步拿走，二人一路追踪，枪战中，欧阳倩为掩护程慈航被严达庆的黑枪打中毙命，悲愤的程慈航打死了严达庆。
警察厅里，莫采石等人打开铁匣子，里面却是日文版的《源氏物语》，一切都在莫采石的意料之中。
莫采石夜不能寐，打开屋内的保险柜，五九档案就在柜中。
程慈航请刘阿常帮忙打听是谁把严达庆安排到茅山监狱工作，为了防止刘阿常泄露更多秘密，莫采石派人暗杀他，刘阿常侥幸躲过一劫，来到莫采石处领罪，莫采石让他永远离开南京。
第二天，程慈航听到了刘阿常已死的噩耗。
程慈航无意中发现莫采石送给他的钟并不是父亲的遗物，底部是空的，意识到莫采石一直在欺骗他。
程慈航通过在藏经楼和中央博物院发现的漆皮推测，五九档案就在藏经楼的藏经室里。
关天平向程慈航坦诚自己是共产党员，恳请他加入自己的队伍。程慈航分析判断，幕后主使一定是莫采石。
程慈航以民族大义劝说莫采石帮自己拿到五九档案，莫采石将中正剑交给他。
灵谷寺藏经楼，程慈航穿着军装、拿着中正剑取走了五九档案。
霍蜜儿控制住父亲，也匆匆赶往藏经楼，程慈航遭到中田等人的伏击，霍蜜儿为了保护他被中田打死。
五九档案作为日本军国主义的侵略罪证，公诸天下，正义最终得到了伸张。
