程慈航私下告诉莫采石，他已经确定凶手是马副官。他列举证据，马副官罪责难逃。莫采石痛心疾首，让程慈航必须抓到马副官。警方赶到马副官住处时，他已经撤离。程慈航认定马副官一定是知道真正内幕的人，而且他是执行者，他的身后可能还有更大的黑幕。莫采石发下通缉令，抓捕马副官。
郊外小屋，莫采石给马副官摆下酒席。原来马副官身后的指使者是莫采石。马副官告诉莫采石尧化门的真相。莫采石对马副官的忠诚表示感谢，他回忆自己和马副官当年的血战卫国。为了忠于领袖，他们都应该做出牺牲。莫采石告诉马副官当时自己对五九档案的整个布局。
真正的五九档案就在程慈航家的座钟里。莫采石给马副官敬酒，让他喝完这杯走得越远越好。莫采石和马副官拥抱诀别。马副官决定不再拖累莫采石，他选择了自杀。
程慈航勘察完马副官的自杀现场，确认的确是自杀。马副官一死，通往真相的线索完全断了。程慈航安慰莫采石不要太过悲伤。霍然宣布失窃案彻底侦破，请程慈航务必参加庆功会。霍然对严达庆的无能越来越失望，对他大加训斥。莫采石找来刘阿常，让他继续听命于自己。马副官的死，没有给刘阿常带来解脱，而是更冰冷的枷锁。
失窃案告破，程慈航故意宣布已经找到五九档案，又上了报。霍然对程慈航态度改观，愿意帮助霍蜜儿和程慈航在一起。哈金斯找到莫采石，让他提供铁匣子下落的解释。马太太让欧阳倩不惜一切代价从程慈航这里找到铁匣子的线索。霍蜜儿给程慈航送花，程慈航忙着没心思搭理她。霍蜜儿主动提供自己的关系，帮助程慈航去青铜馆进行调查。霍蜜儿想法让程慈航得到失窃当时的保安记录。程慈航劝霍蜜儿不要搅和到案子中来。
程慈航和霍蜜儿在一起，被欧阳倩撞见。欧阳倩痛苦离开。她想起当初和程慈航深情的过往，心潮难平。她决定让这段情缘就像飘散的花瓣一样，随风而逝。程慈航在宿舍外等欧阳倩，向她解释今天是她误会了。欧阳倩冷淡应对，她翻出过去和慈航的合影，痛苦万分。
霍蜜儿用自己的关系为程慈航搞到他要的记录。程慈航告诉莫采石，当天只有一个人没有留下记录，因为此人持的是侍从室的特别通行证。他怀疑这个人是马副官。莫采石感觉到程慈航正在越来越靠近真相中的自己。程慈航请莫采石帮自己查一下侍从室，莫采石拒绝。新来的孙副官报告，好几个地方都有五九档案的线索。马太太让欧阳倩利用警方的力量调查苏州一带出现的五九档案线索，好好利用程慈航。
程慈航坚持去查苏州的线索。为了拖延和干扰程慈航办案，莫采石采取很多拙略的手段。他故意在各地放出五九档案的消息，把水搅浑。从刘阿常的分析中，欧阳倩觉查到线索在芜湖的可能性很大。她和程慈航一同赶往安徽，经过江流湾的时候，程慈航感觉这里似曾相识。欧阳倩紧张，想要岔开这个话题。远方，传来熟悉的琴声。马太太感到自己来日无多，希望看到锦线后继有人。
中田让宫本不要放松对马歇尔的跟踪。莫采石叮嘱严达庆，一定要做好马歇尔访问期间的安保工作。委员长的特使来访，让莫采石继续保护好五九档案。马歇尔来访，美军举办的酒会开始。李丽兰来找哈金斯，被拦在门外。马歇尔的专车不翼而飞。车辆被盗引起轩然大波。莫采石和霍然严令严达庆必须限期破案，找到马歇尔专车。霍然大发雷霆，只给严达庆两天的时间找到专车。情急之下，霍然做出承诺：谁找到专车，谁就是首席大侦探。
霍然想到程慈航，让芜湖警方紧急叫他回来。程慈航已经在芜湖到苏州的路上，莫采石答应在路上拦截住程慈航，让他赶紧回来破专车被盗案。程慈航紧急赶回，去现场勘查。一筹莫展的严达庆打算故伎重演，盯住程慈航，抢他的功。
程慈航托霍蜜儿利用她的关系去查尚部长的线索。霍蜜儿带程慈航来到国际饭店，约见尚部长的副官。严达庆暗中盯梢，派出无赖纠缠霍蜜儿。程慈航解围，却被偷偷拍下照片。程慈航不办案却和霍小姐约会的消息上了报，舆论大哗。
程慈航得到线索，画出了盗车者的肖像，此人正是刘振亮。锦线决定清理门户，捉拿叛徒刘振亮。宫本把马歇尔的文件交给中田，虽然没有五九档案的线索，但是也有不少有价值的情报。程慈航要双线作战，他在哈金斯这里打听李丽兰的下落，并让老刘帮自己跑腿。偶然的，程慈航在欧阳倩的抽屉里发现了锦线抓捕叛徒刘振亮的江湖贴。
程慈航再次怀疑欧阳倩和锦线的关联。他内心五味杂陈。莫采石告诉刘阿常，只要能找到马歇尔的专车，程慈航的命令应该不折不扣地执行，坚决打掉同安苑的匪巢。对锦线下手要狠，不要怕跟他们结仇。欧阳倩得知警方打算对同安苑行动，通知齐掌柜带众人撤离。欧阳倩试图以孤儿的身份阻止程慈航的行动，二人产生了争执。
程慈航在同安苑外听到熟悉的琴声。和马太太的对话，使童年被锦线收养的记忆逐渐清晰。原来锦线正是当年收养自己的机构。马太太感慨世事变迁，当年被收养的孤儿如今成了要消灭自己的对手。马太太愿意就擒，请程慈航不要为难其他的人。她告诉程慈航，锦线对五九档案的争夺，目的是为了让日本的侵略罪行公布天下。同时，锦线一刻也没有放松对刘振亮的追踪，在夫子庙附近发现了他的线索。程慈航发现马太太所言和自己掌握的线索一致。程慈航劝告马太太约束弟子，尽快离开，不要再有刑事犯罪。马太太否认欧阳倩和锦线的关联。程慈航最终决定取消行动，放锦线一马。
马太太病重吐血，决定接受程慈航的建议离开南京休养一段时间。程慈航向莫采石解释，马歇尔专车被盗案与锦线无关。欧阳倩和李丽兰送走马太太，回到警局，解释江湖贴是从李丽兰身上搜到的。程慈航打消了对欧阳倩的怀疑，向欧阳倩认错。欧阳倩一时无法拒绝程慈航的真情，两人拥抱。夫子庙，程慈航布置对刘振亮的抓捕。严达庆得知这一消息，也紧随而去，想再次抢功。
程慈航打爆严达庆的车胎。废弃的妓院里，刘振亮和小飞躲藏在里面。程慈航带众人包围了青楼，刘阿常带队进入抓捕，程慈航在后窗堵截。机警的刘振亮意识到危险，他带着小飞从后窗跳出。程慈航紧随其后。严达庆赶到，开枪搅局。刘振亮趁机逃脱。小飞开出马歇尔的专车，在街上横冲直撞，直奔城外而去。程慈航设卡，及时拦住专车。小飞故意把车开到设卡处。原来小飞是程慈航争取下来的线人。刘振亮被拦下，他认出原来这个程慈航就是周亢。严达庆冲过来抢功。他开枪打死小飞。程慈航义愤填膺。
严达庆将刘振亮送上车，想回去邀功。路上，刘振亮麻痹看守，设法解开手铐。他打死刘猛等看守人员，逃离。程慈航也严达庆等人紧急停车，紧追刘振亮而去。程慈航紧追刘振亮来到河边，刘振亮要开枪被程慈航一枪击中，刘振亮坠河。随后赶到的严达庆看到程慈航的背影，恶念顿起，他故意瞄准程慈航的背影，扣动了扳机……当欧阳倩赶到扶起慈航的时候，他已经昏迷。医院里，莫采石匆匆赶来。他请院长不惜代价要救活程慈航。欧阳倩守在昏迷的程慈航身边，神思恍惚。马歇尔专车被召回，霍然召开记者会宣布消息。对霍然来说，此案已经了结，剩下的就是申请立功受奖。最大的功臣成了严达庆。
