清朝光绪初年，岭南庆州一带瘟疫流行，一时间，赤地千里，白日鬼唱，死者不计其数，朝廷赈灾的银两一拨再拨，灾情却毫不见起色。两宫太后召集剧情介绍各位大臣商议对策。户部大臣、太医出身的吴一铭主动请缨，愿为钦差，视察疫情，寻找良医，平瘟赈灾。
岭南知府孙子玉因有朝内神秘“主公”撑腰，勾结当地药霸贺天章，贪污朝廷赈灾银两，大发国难财。孙知府因被瘟疫所染，请神医老吉救治。老吉开出天价，让知府免费供药，救治病人。孙知府为保命，只好忍痛割肉。
侠女赖红姑为了让父亲十八年前蒙受的冤屈大白于天下，只身深入岭南，途中，遇到一伙蒙面杀手与押镖的镖队人马厮杀，赖红姑拔刀相助，但为时已晚，镖首一字未吐，便气绝身亡。赖红姑打开所押物品，发现草药下面，装的竟全是珍奇珠宝，而所有的麻包上都写有一个醒目的“吉”字，她不由得疑窦顿生。
赖红姑误以为老吉与押解药材的镖车有关，把老吉捉入山洞，质问其事，老吉为了通知徒弟来救自己，开了一服藏头药方，药方内容驴唇不对马嘴，孔笙看得一头雾水。
岭南药侠剧照
吴钦差一路南下，越接近岭南，拦路告状的百姓越多，逃难病死者满目皆是，吴钦差忧心渐重，决定微服私访。吴钦差查访到老吉处，看出了那张药方的奥妙，带人赶到山洞，解救了老吉。老吉与吴一铭一番长谈，甚是投机。
孙知府得知镖车被劫气急败坏，恰恰赶上钦差大人驾到，一时弄得焦头烂额。孙知府大摆排场，安排人马恭迎钦差。不料，接到的只是钦差的随从牛师爷。贺天章因开仓放药吃了亏，找茬到老吉药铺索帐，刁蛮无理，撒泼耍赖，激怒了钦差吴一铭。
