12月15日,李春农指挥国民党顽固派军队兵分五路奔袭合围美合根据地,制造“美合事变”。庄田、覃威指挥二大队顽强反击。为了保存实力,特委决定迅速转移。
1941年1月,特委和总队机关到达琼文老区。日军加紧对解放区进行“扫荡”,吴道南命令奔袭共产党首脑机关。在日、顽夹击下,冯白驹决定针锋相对,打一场自卫战争。
3月,独立总队遵照毛泽东指示,取得罗蓬坡伏击战的胜利,狠狠地打击了顽军。7月又在美德村伏击日军,取得对日军作战以来最大战果。1942年初,在斗门、大水将顽军主力6个连围困五天四夜,毙伤数百人,击毙保七团团长李春农。
吴道南被调离,国民党顽固派对抗日根据地的进攻有所减弱。然而战斗中林茂松不幸中弹牺牲。
1943年8月,为反抗国民党残暴统治,五指山区的黎族、苗族两万余人在王国兴的领导下,发动白沙起义。之后,国民党顽军疯狂报复,王国兴请求冯白驹救助,特委决定联合黎族同胞共同抗日。
1944年春,白沙根据地建立。12月,起义军编为“白保乐人民解放团”。毛泽东给予王国兴高度评价。
1945年,日本投降,独立纵队在抗日战争中,对日伪作战2200余次,队伍发展到近八千人,根据地幅员扩展到全岛面积的三分之二,人口将近半数。