国共两党举行重庆谈判，双方代表签订了《双十协定》，并公开发表。此时，蒋介石派韩练成率第46军登岛受降。韩练成到琼后，释放了在押的琼纵人员，与琼纵代表谈判，公开场合与私下态度判若两人。冯白驹感到不解，准备去见韩练成，而韩练成却在去石禄铁矿途中遭到琼纵袭击受伤。究竟发生了什么，直到解放后，周恩来才揭开这一谜团。
韩练成赴南京治伤，46军代理军长海竞强调集5个团围攻白沙根据地，企图消灭琼崖特委。
中共广东区党委派人传达“北撤”决定，引起部队思想波动，特委派庄田到中央汇报。随后，区党委又传来“南撤”指示。鉴于“北撤”风波的教训，冯白驹果断决定，坚持自卫战争，暂不执行“南撤”指示。
1946年9月，在毛泽东的直接关怀下，恢复了琼崖特委与延安中断五年的电讯联络。中央决定，在领导关系上，琼崖特委直属中央。在党中央的直接领导下，琼崖特委挫败广东国民党当局所派4个保安总队的“重点进攻”，开创五指山中心根据地。
1947年10月，中央军委命令，琼崖独立纵队编为“中国人民解放军琼崖纵队”。
