阿坤返回叶公馆，在众弟兄面前出示了魁爷的遗嘱，告诉他们李庭琪才是杀害魁爷的真正凶手。大家群情激愤，要杀了李庭琪为魁爷报仇。“诺亚方舟号”下水了。阿坤命“诺亚方舟号”开进吴淞口。
唐克在召开D-H会议，说出了组织隔离区里的犹太人逃往美国的最后的“诺亚方舟计划”，并决定今晚行动。李庭琪意外地发现了造船厂里的秘密，急忙向梅辛格汇报，狡猾的梅辛格冷笑着对李庭琪说，船厂的事不要他管了。
夜晚，李庭轩、周桐、阿龙、婉盈和阿坤在叶公馆集合了几十号兄弟，他们在整装待发，准备去帮助犹太难民逃离上海。阿龙来向婉盈辞别，话语中表答了他与婉盈终生相爱，生死与共的悲壮情感，然后转身离去。
婉盈知道这是生离死别，流着泪追上去抱住阿龙给了他一个深深的长吻。当晚，阿龙、阿坤、李庭轩等人带着人马悄悄地渡过杨树浦河，用绝缘的钳子剪断了高压电网，摸到约定地点，不动声色地杀死了看守的日本宪兵，隔离区里的犹太人紧张地向外疏散着。
隔离区内，琳达还在紧张地破译着那页文件。隔离区里已经没有人了，琳达还在破译着那页文件。可是，一个关键的词语琳达说什么也破译不出来，急得琳达直拍脑门。阿龙在船上找着琳达，问谁都说没看见。于是，阿龙赶紧下船，向隔离区跑去。
“诺亚方舟号”渐渐地驶出了吴淞口，消失在茫茫的夜色中。谁是“犹大”，琳达和阿龙紧张地思索着。唐克，琳达和阿龙不约而同地叫了出来。他们同时感到“诺亚方舟号”正面临着巨大的危险，纳粹德国驻中国上海总领事馆内，野村对梅辛格说：隔离区里的犹太人全都乘“诺亚方舟号”逃跑了。
梅辛格听后不但没有感到丝毫的惊讶，反而脸上露出了胜利的微笑，他洋洋得意地对野村说：他真正的计划这才刚刚开始。唐克自杀了。在唐克留下的信中交代了诺亚方舟的秘密：以去美国名义将名单上的上海犹太人精英骗上“诺亚方舟号”，并在“诺亚方舟号”上设置定时炸弹，炸弹将在开船五小时后，“诺亚方舟号”已经驶入公海的时候爆炸，“诺亚方舟号”上所有的犹太人将被炸死或淹死在茫茫的公海上。
阿龙和杨天雄惊呆了，他们不顾一切地冲出了房间。梅辛格发现了阿坤和琳达乘坐的快艇，并命李庭琪以最快的速度追上去。两艘快艇的距离越来越近了。梅辛格、野村、丁宝发开始向阿坤射击，子弹不断地打在船体上。
这时阿坤的快艇已经驶到了“诺亚方舟号”的旁边。突然阿坤来了个急转弯，并顺势将琳达推下了海，自己驾着快艇急速地向梅辛格的快艇冲去。阿坤驾着快艇一直向梅辛格冲去。
巨大的爆炸声伴随着冲天的火球出现在海面上，两艘快艇撞在一起，飞上了天空，碎片伴随着梅辛格、野村的尸体纷纷落到了海里。阿龙和琳达在紧张地排除炸弹。炸弹还有10分钟就要爆炸，他们已经没有办法让炸弹停下来了。
为救全船的犹太人阿龙献出了年轻的生命。所有的人都跳下去后，阿坤和琳达才纵身跳下了大海。“诺亚方舟号”沉没了，海面上到处漂流着落水的犹太难民。晨曦中，漂浮在海面上的那些绝望中的犹太难民惊喜地发现：一条条小船正朝他们驶来，他们得救了。
