李靖和李世民返回瓦岗寨，途中却被王世充的大将秦琼所俘。独孤城将体内的牛毛针逼出，离开地宫去找红拂。独孤城决定用生命仅剩的7天时间，带给红拂新的人生。
花夫人看出虬蚺客与红拂绝非兄妹之情。红拂告诉虬蚺客两人只有兄妹之情。王世充要杀李靖和李世民，被手下谋臣魏征劝阻。李靖和李世民建立了生死交情。红拂不告而别，却在三山下和独孤城相遇。被其虏走。李可强暴了平阳。
见妹妹受到如此的侮辱，李世民发誓定要夺得权利。红拂的离开使虬蚺客清醒了。他率兵营救李靖，杀死王世充。花夫人为救虬蚺客，死去。牢观之役损失惨重，唯一的收获是使得李靖虬蚺客李世民三人成为并肩战友。
世民邀李靖协助自己打天下，而李靖要先去找红拂。魏征和秦琼投奔世民门下。花夫人的死令虬蚺客万念俱灰，将瓦岗军中事务交给李靖处理，致使军中事务一团乱。程咬金催促虬蚺客出面给三十六路烟尘一个交代。
独孤城给红拂吃了一中药物，使其记忆回到天真无邪的童年。红拂失忆，跟随独孤城返回家乡。独孤城向红拂讲述自己的过往。天真的红拂认为独孤城是自己的爱人。李靖思念红拂，夜不能寐。
三十六路烟尘与个路好汉齐集瓦岗寨。在众人的拥护下，虬蚺客硬着头皮接受了盟主之职。虬蚺客将瓦岗军的大权交给李靖，打算带着花夫人的遗体，返回故乡安葬。
三十六路烟尘打算拥戴虬蚺客称帝，未果。李靖对义军绝望。虬蚺客也看出李靖无法在瓦岗施展抱负，让他投奔李世民。李靖点头。红拂越来越依赖独孤城。而时日不多的独孤城开始担心红拂的未来该怎么办。
虬蚺客执意退隐江湖，临走前将一张藏宝图交给李靖，并让李靖转告李世民，他会杀了杨素，助世民平定天下。李可施计重新夺权。李靖和程咬金性命危机，李靖和程咬金逃出瓦岗后，与平阳不期而遇。
