杜明海问到东方靖琪跟自己离开考虑的如何，东方靖琪顾及药厂、孤儿院和杜家还有那么多人她不能说走就走，她还要再考虑考虑。仓桥向秋田汇报运到前线的红伤药没有一点疗效，秋田勃然大怒。周山口明明掌握了红伤药所有工序，秋田顿时明白东方靖琪从中做了手脚。他到远山药厂质问东方靖琪，东方靖琪义正辞严地表示自己不可能为日本人制药。秋田突然抬手打死一个工人，他说再生产不出有效的药品他就每天打死一个工人。秋田傲慢地离开，众工人愤怒地目眦尽裂。东方靖琪终于做了当机立断的决定。
周山口继续在东方靖琪面前做出深情蜜意的样子，东方靖琪故意长吁短叹地表示自己心力交瘁，她希望周山口带自己离开。接着她又说自己现在只有他一个信任的人，她希望周山口去帮自己去取神农药典，他们拿到书就马上离开暨阳。她告诉周山口药典藏在晋安九峰山悬空寺里。周山口按捺不住心中的狂喜忙不迭地答应帮忙取书。
东方靖琪去找了阿祥，她为阿祥治过伤，阿祥对她感恩戴德。东方靖琪希望他帮忙把周山口独自去找药典的事透漏给杜明江。很快，杜明江便把此事报告给秋田。秋田恼怒地半路拦截住周山口，他命令杜明江和周山口一起去找书。走之前杜明江让何家宝留下来密切监视东方靖琪。
何家宝在跟踪东方靖琪时发现她把药厂现银全部提走，他拦截住东方靖琪质问她是不是要逃走。歪脖及时赶到打晕何家宝。东方靖琪离厂前默默地看着凝聚着杜远山和自己心血的药厂心中百感交集，因为她已经计划好离开前炸了厂房不让它落到日本人手里。
东方靖琪回到杜府，然后从杜家祠堂里取出藏在这里的神农药典。她跪在杜远山灵位前焚烧了药典，她说自己已经把书籍里的内容全部记在脑海里，书籍不能落入日本人手里。东方靖琪又劝大太太离开，大太太却固执地要和杜府共存亡。东方靖琪只好劝她保重，然后她带走了孤儿院所有孩子。
周山口从晋安回来心有不甘，他不知道为什么没有在那里找到神农药典。他要去找东方靖琪询问，杜明江不无鄙夷地告诉他，东方靖琪早就对他生疑，这次取书完全是为了支开他。周山口不信，直到找不到东方靖琪又看到她留给自己的信后，他才知道东方靖琪早在刑场他询问自己药典下落时就开始怀疑他。
此时在杜家念经的大太太早就心灰意冷，所以在蜡烛倒塌点燃佛堂帷幔时她听之任之，直到杜府燃起熊熊大火，大太太脸上露出解脱后的笑葬身火海。紧接着马致远点燃炸药，远山药厂在爆炸声中被夷为平地。秋田气急败坏。
秋田集合所有日军对东白山发动进攻。杜明海让杜明溪带着东方靖琪和孤儿院的孩子赶紧撤离，很快秋田带着日军与杜明海的部队交上火。东方靖琪让杜明溪带着孤儿院孩子离开，她坚持要回去找杜明海。半路上周山口突然拦住东方靖琪，他愤怒地指责东方靖琪欺骗自己并让她交出神农药典。他冷笑着告诉东方靖琪自己是个日本人，只有日本人才配拥有神农药典这样的书籍。就在他拿枪胁迫东方靖琪时，东方靖琪却乘其不备突然掏枪打死了他。
此时杜明海带着新四军与秋田展开激烈枪战，枪战中杜明江和何家宝双双被打死结束了他们罪恶耻辱的一生。然而在最后的肉搏战时，杜明海打死了秋田却被两个背后偷袭的日军用刺刀刺透胸膛。
战争结束后，东方靖琪被任命接管新四军被服厂、修械所和药厂。东方靖琪脸上露出坚强的表情，她要继续杜明海没有完成的抗日大计。东方靖琪带着长顺来到杜明海墓前，她在心中默默地告诉杜明海，他没有白白牺牲，所有孤儿已经安全转移，自己一定会把长顺抚养长大，因为他们就是未来的希望和力量……
