长寿半路被枪杀 小七识破周山口
肖若云中枪已奄奄一息，不过，她为临死前能再见到活着的杜明海而死而无憾。杜明海眼见肖若云死在自己怀里，也是悲恸不已。在肖若云的墓碑前，他亲手献上了曾经两人最爱的烤鸭和同山烧。
眼见杜明海带人支援，杜明江等人以长寿为人质，迅速撤离。在半路上，长寿愤怒地指责杜明江与周山口狼狈为奸，要回去向小七揭穿。杜明江于是拔枪打死了长寿，长寿倒地前，顺手将杜明江身上的玉佩攥在了手里。不远处，杜明海派的下手目睹了这一切，回去向杜明海禀告。
杜明海得知长寿被杜明江所杀，急忙找杜明溪商量，要尽快将情况告诉山下的小七。另一边，杜明江向秋田如实禀告了围剿花明泉村的结果。杜明江觉得虽没有彻底围剿成功，但好歹解决了小七派出的所有人，暂时保住了山口的身份不被泄漏。但秋田却并不认为他这是大功一件，反而言语试探他得知东白山大队长是杜明海的反应。杜明江急忙信誓旦旦称自己和杜明海势不两立来表忠心。
小七久久等不回长寿和肖若云，内心忐忑不安。周山口于是故意从杜明江那领回了长寿的尸体，谎称是费力在花明泉村村口运回的，来降低小七的戒心。小七悲痛地询问若云的下落。周山口故作伤心地称肖若云中了枪，不知所踪。小七后悔不该让肖若云趟这趟浑水，周山口在一旁假惺惺地向小七道歉，指责自己生病得不是时候。
小七怀疑事情与杜明江有关，回到杜府询问大太太杜明江最近有没有回来探望。大太太称她最近拒绝了杜明江的探望，一心只想为消失的肖若云祈福。眼下，她十分感激小七能够在这乱世独立支撑杜家。同时，她自责杜明江如此变成这样，全是她的错。小七宽慰了她几句，还答应她如果杜明江迷途知返，会帮其改邪归正。
这天，小七走在路上，突然看到了本该牺牲了的阿祥。这个阿祥本就是假的新四军，心虚之下立刻掉头就走。小七见他行踪鬼祟，便堵住了他，还发现了他身受重伤。小七大吃一惊，才得知阿祥竟是周山口买通假扮新四军的。出城后，周山口竟要杀人灭口，幸好，阿祥装死才保得一命。
小七不计前嫌，医治了阿祥之后，回到孤儿院。这时，孩子们将长寿手中握着的玉佩交给了她。小七一眼认出该玉佩是杜明江随身携带的，顿时明白了长寿的死与杜明江有关。她气冲冲地跑去给了杜明江一巴掌，并警告他如果肖若云有个三长两短，自己一定会杀了他。杜明江一时被打蒙在原地，随即若无其事地离开。
新四军办公室，杜明海邀请马致远坐下谈话。马致远一时不知他葫芦里卖的什么药，毕竟他曾经打过杜明海一枪。没想到的是，杜明海只是淡淡言及往事，告诉他大敌当前，要将往日恩怨放下共同抗敌。马致远认同了他的看法。随后，杜明海下山告知小七肖若云的死讯，并且劝她上山建药厂。小七先将他带到了杜家祠堂，祭拜逝去的父母。
小七巧施离间计 杜明海英勇牺牲
祭拜后，杜明海询问小七跟不跟自己离开。小七想到杜家这么多人一时安排不过来，需要考虑一下。不过很快，她就下定决心，要带着杜家上下上山。因为秋田发现了她做的红伤药，运到前线之后，并没有任何疗效。愤怒的秋田跑到药厂枪杀了一名工人示威。为了工人们的生命安全，小七当机立断，和杜明海相约到时炸掉药厂设备，及时在城东接应。
周山口不知小七已经识破他的真面目，此刻还受小七欺骗，兴冲冲地前去晋安九峰山悬空寺取梦寐以求的神农药典。却不知，小七另一边还去找了阿祥，让他帮忙将周山口得知药典下落的事情透露给杜明江。阿祥感激小七的救命之恩，顺利将消息传到了杜明江耳朵里。杜明江本就对周山口独自出城有所怀疑，当下立即禀告了秋田。秋田猜测周山口瞒着他要吃独食，马上带着军队半路拦截了周山口。舅甥两暂时没有撕破脸皮，秋田让杜明江以一路护送的借口，监视周山口陪他一同取药典。
何家宝在杜明江走后，被留在暨阳县继续监视小七。他发现小七提走了药厂全部的现银之后，就跑去拦截小七，质问她是不是要跑路。小七并不配合回答，何家宝拔枪相向。关键时刻，幸好歪脖带人赶到，挟持了何家宝。何家宝被小七打晕，绑了起来。夜里，药厂的东西基本安排妥当。小七心知不久药厂将被炸毁，心中满是不舍。
第二天，小七在杜家祖宗牌位前，亲手焚烧神农药典。她已将药典内容牢记于心，就不能让书落入日本人的手里。随后，她跪在牌位前立誓，有生之日，会再回暨阳，重振杜家。可撤离前，大太太却不愿跟随小七一同离去。小七见大太太心意已决，只好劝其保重，然后带着所有孩子从小巷逃离。
周山口和杜明江在寺庙中并没有找到神农药典。杜明江立即意识到这是小七的欺骗，可周山口却不信，他随后立即到孤儿院想找小七问个明白。可是，孤儿院早已人去楼空。杜明江赶紧去杜家查看情况，而周山口则去了药厂。药厂，周山口看到了小七留下的信，才知自己早在刑场小七行刑时询问神农药典就引起了小七的怀疑。
杜家，佛堂的蜡烛被猫碰翻，很快燃起了熊熊火焰。可大太太却依旧在火海中继续敲着木鱼。杜明江在外使劲带人撞门，最后却只看到大太太的尸体。同时，远山药厂在马致远的引爆下，夷为平地。秋田气急败坏地责备杜明江和周山口办事不力，下令全力追捕小七。
小七顺利地带着孩子和工人与杜明海汇合，上山而去。杜明海临时接到上级指示，要对秋田的部队合围。他放心不下小七，让杜明溪也跟着上了山。而小七担心杜明海的安危，将孩子托付给杜明溪，自己独自返回寻杜明海，却在半路遭到了周山口的挟持。周山口被小七耍得团团转，早已怒火中烧，威逼小七拿出神农药典。小七大骂他卖国，可周山口直接承认自己是日本人，交谈中小七趁机抢夺了他的枪，杀了他。
杜明海带着新四军与秋田激烈枪战。过程中，杜明江和何家宝罪有应得，双双被子弹打中身亡。马致远用刺刀砍死了仓桥。而杜明海奋力开枪打死了秋田，却遭身后日军偷袭，刺刀直接穿透了胸膛，壮烈牺牲。
战争暂歇，小七受命前往盐城新四军部队接管被服厂、修械所和药厂，这也就意味着孩子们有了新的安家之所。随后，小七带着长顺到了杜明海的墓碑前，慰藉他的在天之灵。她告诉他，自己会将长顺好好抚养长大，继续他未完成的革命事业。她相信，在不久的将来，革命终将胜利。
