商均和吉光带兵一路追来，发觉又上当了，九黎已换乘水路向夷岩驶去。商均率兵与奚仲和延汇合，众人一同赶往夷岩，禹背着圣姑正碰见赶来的商均等人。舜率众人到达夷岩附近，得知九黎抓了附近各首领的家眷和子女逼迫首领跟舜拼命。
商均请战，临行前商均跟娥皇表示了对圣姑和禹的醋意。商均请求圣姑帮助自己，他俩查看地形时圣姑一口一个禹哥哥商均极为不悦，商均对接下来的战争自认胜券在握。圣姑安慰商均只要他把这场仗打赢了，她就把他放在心里。商均布置的作战计划遭到九黎火箭的埋伏，前来助商均的秦不空身中数箭。舜和众首领为秦不空举行丧礼，并下令撤兵，商均借酒浇愁酩酊大醉，圣姑激励商均，附近部落的人前来偷袭，商均挥短剑疯狂砍杀，发泄心中怒气。
九黎等人来到舜营地，见到舜败逃喜不自禁，命防风氏带领人马去汶川和北川，消灭禹和皋陶。商均自动请缨接替禹留守。在九黎决战前夕，舜朝老共主在天之灵默祷，让商均指挥决战，禹去治水，谁成功了就把摄政君之职交给谁，在治水方面取得成功的禹在龙口被授摄政君。舜让路过涂山氏部落的禹回家看看，正在这是有人桐柏山急报，一个叫无支祈的人滥杀治水民夫，毁坏治水工程。
得知桐柏山治水工程告急，禹不顾众人劝阻，毅然返回治水工地，九黎这是故意支开舜，好对付留在日益强大的汶川和北川的商均，舜已经猜到九黎的计谋将计就计用自己儿子当作诱饵消灭九黎。伯益等人觉得让商均当诱饵有些危险，舜说让商均好好锻炼一下。
商均又一次跟圣姑表示为了她宁愿不要天下。在九黎和商均的决战中，商均被九黎激怒中计，商均、孚佑、圣姑等都被九黎活捉。舜带大军和九黎部下的家眷赶来，九黎部下倒戈，九黎得到应有的下场。桐柏山战场，力大无穷的无支祈被禹智擒。
多年后，站在望夫石的女娇母子终于盼来了治水归来的禹。禹领着圣姑回到涂山氏部落一家人团聚，禹给儿子起名为“启”。禹领着家人去祭拜爹娘，看望在荆山铸鼎的舜帝，商量长江下游的治水工程和定都禹城，伯益等老首领也要面临着退养。
当年舜帝建都妫汭连接了东夷和华夏，而禹要定都在华夏、东夷、三苗的交界处-禹城，这个提议得到舜帝批准，舜和禹率领众臣站在高处俯瞰新都禹城，舜赐姓各位老首领并宣布老首领退养，禹正帝位。
舜对商均的表现有些担忧，父子俩起了激烈的争执和碰撞，最终使商均明白了父亲的良苦用心。启走进名堂，手握玄圭，头戴平天冠，想象着自己就是将来的帝君，舜走进名堂，启吓得魂飞魄散。舜教育启坐在帝君的位子上责任重大，讲述九州的来历，教导启敢做大事，敢为天下先。
禹得知启跑去名堂戴平天冠，对启一顿暴打。神荼郁垒跑来告诉皋陶舜帝失踪的消息，舜的足迹遍布各地，走遍了当初治水的路线。
