一九四九年，解放军陈兵江北，蓄势待发，为保住国民党的的半壁江山，蒋介石集团不惜任何代价对异已人物，特别是军队中的进步将领实际了法西斯式的秘杀行动，在黑暗和光明的交替中，刀与枪、血与火、灵与肉、正义与进步、邪恶与忠诚全部喋血在一份绝密的名单里。
以毛人凤为首的特务组织不断进行着暗杀，名单上的一些军官相继被杀死。高启平接到电话说一个可疑信号电台来自周立群处，蒋处长接到电话后赶到他的住处。上海中心局情报处长沈剑秋在图书馆里看到了一张图书卡。周立群在发报时听到了动静，他开枪还击后引爆了手雷。
沈剑秋开枪打死三个杀手，他回去后翻译出了：保密局出炉一秘杀名单，涉及国军众多将领，动机内容不详，委员长待从室中校林怡协助此次行动，我似乎已被察觉，切勿联络。沈剑秋看后将卡片和信纸烧毁，他出去后知道了周立群处已经出事。
前去和周立群接头的黄谷昌被他们发现，追的人问沈剑秋时，他说自己没看见什么人。严敬尧接到通报说周立群死了，党组织接到他未发完的电文后感觉情况不妙。徐志道来
到上海找到严敬尧，他提起了那份秘杀名单的事儿。沈剑秋感觉连续被杀的国军将领绝非共产党人员所为，案子落在了他的身上。
蒋处长命人展开第二轮暗杀，高启平的表现被提拔为中校副官，蒋处长命他将黑道上的事情处理好。林怡来到了上海站，她见到严敬尧，严敬尧送她一副字画，他说秘杀名单一份在自己手里，另一份在那副画中。
林怡将那副画挂在了床头，周立群牺牲后沈剑秋不知道该和谁联系，他的牺牲让剑侠成为大海里的一艘孤舟。组织上保护剑侠起动了渔夫计划，沈剑侠接到了保密局打来的电话，他打电话给了方处长，说要在老地方请他吃饭。
上海地下党的同志知道了敌人制定的秘杀计划，但不清楚是哪些名单。独眼龙麻三的手下在蹲守时被沈剑秋打死，他赶快到的时候已经晚了。麻三说他见过那个穿军装的人，蒋处长让他抓紧找到了那个人的身份。
黄谷昌被军统的人抓住，但他在监狱中面对严刑拷打什么也没说。沈剑秋问起方处长秘杀名单的事儿，他说自己只是略有耳闻，方处长提起了他的外甥女夏冰。仇贯三不小心把秘杀计划泄露，蒋处长让人立刻除去他，他想让林怡动手。林怡是林长续的女儿，她被调来肯定是执行秘密任务的。
方处长将林怡的电话号码告诉了沈剑秋，沈剑秋让他帮自己请行动处的人吃个饭，最好能有林怡参加。沈剑秋不明白那个电话是谁打来的，如果是周立群打来的，他将暴露在敌人视线之内。林怡来到仇贯三家中，她说是的特别看望他的，趁他去倒水之机林怡将毒药放入他的药中，仇贯三发现了不对劲儿，林怡还是开枪打死了他。
罗英回来后说陈大夫牺牲了，诊所被保密局的人摧毁。上海保密局长说局里的精兵强将早已被调走，这儿成了总统府的后勤处了。
