崇祯心情沮丧，原先的自信和自负慢慢化为乌有。他经常跑到陈圆圆房间，与她一块纺纱，期望过一种世外桃源的生活。此事遭到张嫣极力反对，恰好这时张献忠又攻破襄阳，杀了襄王。崇祯大为内疚。张嫣又带崇祯去奉先殿，要他当着列祖列宗的面，以社稷为重。张嫣还想以自杀来唤醒崇祯。
幸好崇祯及时赶到，阻止了张嫣。崇祯极度震惊，写下了《罪己诏》，把所有责任都揽在自己身上。他为表示自己的决心，从此吃素，并移居到武英殿，用惩罚自己的方式来减轻心里的负疚之感。崇祯还和陈圆圆断绝了来往。陈圆圆异常伤心，张嫣又命令陈圆圆不得见崇祯。陈圆圆个性倔强，一怒之下毁了所织的布匹。
张嫣非常生气，要将陈圆圆送出宫去。崇祯得知消息，试图留下陈圆圆。可张嫣再次以死相逼，崇祯面对张嫣的决绝，终于屈服。陈圆圆不愿离开皇宫，去见崇祯，崇祯面对心爱的女人离去，却无能为力。陈圆圆对崇祯失望至极，伤心而去。陈圆圆被送到尼姑庵带发修行，几个流氓调戏她，被吴三桂所救。吴三桂对陈圆圆一见钟情，陈圆圆在感情的失落中，也对吴三桂产生了好感。
崇祯失去陈圆圆后，心情郁闷，脾气越来越暴躁，经常向皇后和田妃等人发火，弄得后宫人人提心吊胆。田妃等人去向张嫣讨主意，张嫣也一筹莫展。不料，崇祯积劳成疾，突然晕倒，田妃等人更是担忧，再次恳请张嫣，让陈圆圆回宫。张嫣无奈，只得派人接回了陈圆圆。
崇祯见到陈圆圆，大喜过望，病情不治而愈。他决定封陈圆圆为贵妃，并为她准备了寝宫。但陈圆圆无法忘记崇祯对她的伤害，竟然拒绝了崇祯。是夜，崇祯徘徊在陈圆圆房外，痛苦不已。而陈圆圆则在房间里对着吴三桂送给她的宝剑，矛盾至极。两人的感情此时产生了错位，陈圆圆心里有了吴三桂，崇祯对陈圆圆则爱得越来越深，难以自拔。
皇太极筹划与明军的生死大战，派豪格包围锦州。崇祯下决心重振雄风，写下“灭寇雪耻”的血书，要洪承畴务必击败清兵。洪承畴决定坚守锦州，并派吴三桂回京向崇祯禀报军情。吴三桂在宫中巧遇陈圆圆，激动之下，向她表白了自己的爱恋。但此事却被张嫣得知。崇祯不知陈圆圆爱上了吴三桂，再次向她示爱，被陈圆圆拒绝。崇祯伤心中跑到张嫣那儿，痛哭一场。
福临已六岁，聪明绝顶，庄妃满怀希望。但皇太极的长子豪格深得皇太极喜爱，让庄妃不得不寻找另外的支持力量。她又主动跟她已渐渐厌恶了的多尔衮来往，要他把豪格的风头压下去。多尔衮为得到庄妃，满口答应。崇祯急于平定辽东，在兵部尚书陈新甲的怂恿下，下旨让洪承畴速战速决，并派太监曹化淳去辽东督战。
洪承畴无奈中出兵，中了皇太极调虎离山之计，被围松山。皇太极此时刚好患病，但得知洪承畴中计，他毅然带着病体御驾亲征。庄妃担心皇太极的身体，极力劝阻，皇太极置之不理，连夜奔驰，来到前线。皇太极目睹洪承畴用兵如神，忧愤交加之中口吐鲜血。多尔衮见皇太极病倒，故意向皇太极告发豪格结党营私，企图谋权篡位。
