三法司会审，照例最后由刑部将结果写成罪案呈奏嘉靖帝。海瑞以儿子辱骂父亲大不敬的罪名判了绞刑，秋后处决。王用汲也因目无君父，以朋党罪判杖八十、流三千里，也在秋后发配。明制处决人犯分为两种：一为“决不待时”，朱笔一勾立刻处死，又称“斩立”、“绞立决”；一为“秋决”，便是在立秋这一天处死人犯，又称“斩监候”、“绞监候”。刑部定了海瑞死刑属秋后处决，这一天便是立秋了。
自从海瑞上疏，黄锦受到牵连赦回后，便没有再恢复司礼监首席秉笔太监的职位，专一在精舍嘉靖帝身边当差，几十年由两个大太监日夜轮值的制度一改为黄锦日夜十二个时辰陪着嘉靖，晚上也就在嘉靖的床边打地铺。因此，陈洪现在要见嘉靖一面也都难了，必须事先请奏，准了奏才能进。
海母执意带着怀孕七个月的海妻回故乡，李时珍知道劝不动海母，只担心海妻会在路上分娩。据广东巡抚奏报，海瑞的母亲和妻子是六月二十四到的雷州，准备渡海回海南琼山(州)老家。可海妻正有身孕，在雷州到了产期，是难产。官府因海瑞是罪臣，按朝廷规制不能给她派大夫（郎中），海妻在驿站三天，胎儿生不下来，母子都未能保住。徐阶打算把广东报来的海瑞妻子死在雷州的奏本和谭纶报来的那份送上十万匹棉布的奏本，同时呈给嘉靖帝。
