海瑞审案牵扯到了织造局、宫中，杨金水迫不及待地要求赵贞吉上疏免去海瑞陪审官的职位。赵贞吉知道海瑞、王用汲都是皇上钦点的问案官，没有偏袒钦犯徇私舞弊的行为，参奏他们，裕王都不会答应。被逼无奈的杨金水竟然一夜之间疯了。
朝廷下旨抄没沈一石的家产充归国库，郑泌昌、何茂才却将他的家产卖给了徽商，赵贞吉奉有圣旨不但不争，还在约书上签字盖印，海瑞推测赵贞吉是揣摩圣意逢迎嘉靖帝!断定郑泌昌贪财，赵贞吉贪名而已!一连几天海瑞审了钦犯，赵贞吉都搁置不办。一日早上会商，赵贞吉穿着便服在签押房故示悠闲，有意让锦衣卫的人认准是海瑞在追查织造局，他并不赞同。海瑞料定不查织造局，赵贞吉就会逼着那些徽商产更多的丝绸，然后再以半价收买桑农的生丝，讨好宫里、讨好嘉靖帝。但是国库依然空虚，百姓仍受盘剥。不查织造局，郑泌昌、何茂才还有那些贪墨的官员便无从查起，甚至连毁堤淹田、暗通倭寇陷害良民的实事也会无处可查!如此惊天大案，已经明发上谕朝野皆知，如果让赵贞吉办如未办，大明朝更是无药可救!此刻，王用汲也毅然和海瑞站到了一起。
事情果如海瑞所料，赵贞吉与锦衣卫串通，将郑泌昌、何茂才转移了看押地点。赵贞吉以筹办军需剿倭御敌最重要为自己辩解，竟反叱责海瑞不顾倭寇烧杀淫掠，岸上观船翻，以博直名，大忠似伪。
让赵贞吉想不到的是海父就是死于倭寇之手，杀父之痛，海瑞锥心难忘!赵贞吉只得以杨金水已疯、无人查证为由，案子停办，称自己已用八百里急递上奏朝廷，只等朝廷旨意下来。并命海瑞立刻把军需押运到胡宗宪大营，十天后按旨办案。
海瑞押运军需来到胡宗宪大营，胡宗宪以诗明志。海瑞见机询问：胡宗宪以贪墨修河工款以致河堤失修处斩了马宁远、常伯熙、张知良还有李玄，是否另有隐衷。胡宗宪以案卷已经提交刑部，并不正面回答。郑泌昌、何茂才以通倭的罪名将倭酋井上十四郎和淳安的百姓齐大柱等判令处斩，胡宗宪知道是冤狱，亲派总督衙门的人来帮助海瑞平反冤狱，却为什么不追查到底?胡宗宪反问海瑞不是已经在查。海瑞问得浪打空城，不过却没有白来，正赶上齐大柱迎娶了自己在战场上救下来的女子。
赵贞吉的奏疏送至司礼监，秉笔太监陈洪大呼反了，要直接上奏嘉靖帝。秉笔太监黄锦建议还是先通报吕芳。吕芳命黄锦稳住嘉靖帝，自己前往诏狱见了沈一石一案的两个证人：高翰文和芸娘，并嘱咐二人只有沉默，才能保命。而嘉靖帝已经猜到浙江必有奏折，暗示吕芳“外重内轻”，吕芳立刻拟旨，命在杭州的锦衣卫立刻把杨金水押解进京，让赵贞吉署理江南织造局的差使，命他不惜一切给胡宗宪东南前方筹措军需!
盼了十天的旨意将赵贞吉一下子推到了二十年来最大的一次政潮之中，突然逮捕杨金水进京，突然派来谭纶会同办案，又突然令自己兼领江南织造局浙江市舶司，彻查内廷管辖的织造局、市舶司，嘉靖帝是否决心倒严、宫里涉案衙门是否真要彻查，圣谕除了深表痛恨以外，并无明白交代。
赵贞吉示下谭纶领办郑泌昌、何茂才一案，郑泌昌、何茂才听到圣旨知道杨金水逃脱了罪责，自己也不会自保，索性交待自己实际就是为织造局、为宫里当差的，内阁也是为宫里当差的，都是为了嘉靖帝干的。而毁堤淹田也是严世蕃写信让自己干的，杨金水也知道，嘉靖帝自然也知道。
赵贞吉沉不住气向谭纶交底，倒严就不能牵涉嘉靖帝，牵涉嘉靖帝就倒不了严，还会牵祸裕王。就是倒严，像胡宗宪这样的人就得保，要保胡宗宪毁堤淹田也不能问，谭纶也陷入了两难。
锦衣卫要求供状中一切牵涉到宫里的内容都要删去，海瑞坚持凡是奉旨审案，务必都要将原供词一字不改呈交朝廷、呈交嘉靖帝，赵贞吉也要谭纶劝海瑞供词最好不要这样呈送朝廷。
一番劝说，海瑞执意不改一字，将郑泌昌、何茂才的供状上报朝廷。并言倘若因此获罪是自己一人之罪，与他人无干系。
郑泌昌、何茂才的供状送到司礼监，惹怒了司礼监五大秉笔太监。吕芳一面急递赵贞吉，责问他将这样的供词呈上来是诚何心!命赵贞吉、海瑞、王用汲重审，一面找严嵩、徐阶商量对策。严嵩当即表态，真如郑泌昌、何茂才所言，是严世蕃他们叫浙江毁堤淹田，还敢通倭，就应该满门抄斩!可吕芳担心牵涉了胡宗宪，影响了东南抗倭的大局。徐阶也认为两份供词是陪审官海瑞主审，陪审官王用汲记录，并无赵贞吉和谭纶的署名不正常。二人赞同吕芳的说法，供词不能呈交嘉靖帝。
嘉靖帝已察觉有异，陈洪避开黄锦借机将真相告诉了嘉靖帝。嘉靖帝深忌吕芳、严嵩、徐阶三人联手欺瞒圣听，将吕芳调去监修自己的陵寝，让陈洪暂署司礼监掌印太监。同时，嘉靖帝命陈洪派急递通报，日夜兼程，将杨金水押到京师。
三个元老，一日之间，首辅奉旨养病，次辅奉旨搬进内阁值房，司礼监掌印太监却被派去修吉壤，而嘉靖帝在这个时候又突然宣布闭关。各部衙门的例行公事虽日常办着，公文案牍一时却不知由谁票拟批红。大明朝这架巨大的机器似乎突然停止了运转!裕王不禁与李妃伤感起来，李妃知道裕王心里既要顺着嘉靖帝又要忧着百姓，劝说裕王杨金水哪天押进了宫，好坏自有徐阶、高拱、张居正禀报。裕王十分感动，叫来冯保，有个差使派他出去一趟。
