三法司会审，照例最后由刑部将结果写成罪案呈奏嘉靖帝。海瑞以儿子辱骂父亲大不敬的罪名判了绞刑，秋后处决。王用汲也因目无君父，以朋党罪判杖八十、流三千里，也在秋后发配。明制处决人犯分为两种：一为“决不待时”，朱笔一勾立刻处死，又称“斩立”、“绞立决”;一为“秋决”，便是在立秋这一天处死人犯，又称“斩监候”、“绞监候”。刑部定了海瑞死刑属秋后处决，这一天便是立秋了。
自从海瑞上疏，黄锦受到牵连赦回后，便没有再恢复司礼监首席秉笔太监的职位，专一在精舍嘉靖帝身边当差，几十年由两个大太监日夜轮值的制度一改为黄锦日夜十二个时辰陪着嘉靖，晚上也就在嘉靖的床边打地铺。因此，陈洪现在要见嘉靖一面也都难了，必须事先请奏，准了奏才能进。
海母执意带着怀孕七个月的海妻回故乡，李时珍知道劝不动海母，只担心海妻会在路上分娩。据广东巡抚奏报，海瑞的母亲和妻子是六月二十四到的雷州，准备渡海回海南琼山(州)老家。可海妻正有身孕，在雷州到了产期，是难产。官府因海瑞是罪臣，按朝廷规制不能给她派大夫(郎中)，海妻在驿站三天，胎儿生不下来，母子都未能保住。徐阶打算把广东报来的海瑞妻子死在雷州的奏本和谭纶报来的那份送上十万匹棉布的奏本，同时呈给嘉靖帝。
广东报来的海瑞妻子死在雷州的奏本和谭纶报来的那份送上十万匹棉布的奏本，一道是报伤，一道是报喜。这样报上来显然是商量好了在这个时候用这种手段来使嘉靖帝改变主意，要嘉靖帝赦免了海瑞的死罪。徐阶、内阁和南直隶广东竟如此上下默契，人心向背昭然若见。
处决人犯选在立秋，定在午时三刻，皆与天象有关：秋风已起肃杀，日光依然蒸烁，极阳转阴之际，人命归于天谴，合于当死之义，因此日期时辰分毫都不能差错。当时海瑞在淳安就是利用了错过午时三刻时辰的手段救了齐大柱，平反了他们的冤案。嘉靖帝最后下旨勾决罪官海瑞一名，着黄锦传旨，不许骑马，不许乘坐车轿，午时正步行至诏狱。若午时三刻旨意未能送达，是天命赦免海瑞。
为了赶在冬日前将十万匹棉布送到辽东(宣府)与蒙古俺答签订和议(互市)，高翰文和李奇紧赶慢赶押着漕船终于在寒露以后霜降以前赶到了京师。在码头上，将棉布就交割了户部，便直奔裕王府，国事家事都要在这里先禀告裕王和王妃。在淞江棉产地施行的同样的苛税，“六成归田主和棉商，三成归朝廷，一成给百姓”。加之祖制官绅家的田地免税，在淞江棉产地棉税收缴又牵涉到徐阶家里，还有众多的官绅。
谭纶和高翰文已在几天前派急递告诉张居正，喜获一只神物：背刻“汉后元初年戊寅”七个隶书大字的金甲大龟。张居正立刻敏锐感到一件埋藏在心底多时的谋划有了一个最好的契机，汉文帝无为而治，史称贤君，嘉靖二十年不上朝，常常自比文帝以自慰。这时让裕王将这只祥瑞敬献上去，对裕王继位后推行大政将起到未雨绸缪的妙用。
明嘉靖四十五年十二月十四日嘉靖帝朱厚熜去世。《明史·海瑞传》载“海瑞闻讯大恸，尽呕出所饮食，陨绝于地!”临终前，嘉靖帝倾诉了自己的治国之道：黄河水浊，长江水清，但长江之水灌溉数省两岸之田地，黄河水也灌溉两岸数省之田地，不能只因水清而偏用，也不能只因水浊而偏废，自古皆然。反之，黄河一旦泛滥，便需治理，这就是自己为什么罢黜严嵩、杀严世蕃等人的道理。再反之，长江一旦泛滥，也要治理，治国用人都是这个道理。嘉靖帝称海瑞是大明朝一把神剑，唯有德者方可执之，留给儿子裕王将来对付那些贪臣墨吏，或要推行新制，并称海瑞可一往无前，所向披靡。
公元1566年，明嘉靖四十五年十二月十五日，裕王朱载垕继位，国号隆庆。奉先帝世宗皇帝遗诏，“存者召用，殁者恤录，见监者即先释放复职”。以海瑞为代表，赦免了所有谏言诸臣。从这一刻起，揭开了长达十八年隆庆大改革的序幕!
