高翰文将沈一石临死前述说的朝廷诸多不可告人的账目一一背给海瑞听，海瑞不禁感慨官场之贪墨皆始于内廷。海瑞再次嘱咐高翰文唯有沉默，才能出狱。次日，芸娘陪同被押解的高翰文一起进京。
嘉靖皇帝几十年不上朝，但整个大明朝的财政收支却一直掌握在其手里，除了修醮炼丹以外，最让他关注的便是计算整个国家的财政收支。嘉靖帝命太监将杨金水密送进京城的四箱账册一一查点，算出浙江官场这二十年贪墨沈一石的一百万匹丝绸怎么也有七八百万两白银!嘉靖帝立即召见了星夜兼程、秘密进京、已经筋疲力尽的胡宗宪，严厉质问新安江大堤决口之事和浙江官场贪墨之风。胡宗宪忠言进谏：国事艰难，如果兴起大狱，牵及内阁和六部九司，大明朝立时大乱，恳请嘉靖帝在适当的时候彻查。
为试探严嵩，嘉靖帝又命胡宗宪将四箱账册连夜送进严府。严嵩不看账册，又一次暗中保护了自己。
翌日，在玉熙宫精舍嘉靖帝召见了严嵩，将装有账册的木箱拿给严嵩看。铁证之下，严嵩也只有表示：凡沈一石账册所牵涉之人都应立刻拿办，所贪墨之财要严加追缴。
嘉靖帝当即调整了内阁。并调派徐阶的学生赵贞吉担任浙江巡抚，立即拿办郑泌昌、何茂才，追缴沈一石被贪墨的财产。
李时珍为海瑞夫妇诊脉，深得海母欢心，与海瑞一家结下了深厚的情意。
桑苗刚发芽，气急败坏的郑泌昌何茂才立刻派人到各县催缴生丝。海瑞当即扣押了催缴生丝的公文。
沈一石的家抄封了，作坊却不能停。郑泌昌、何茂才一面派出大量人手到各县催缴生丝，一面请来了胡宗宪的乡谊——徽州织商，准备把沈一石的二十五座作坊，三千架织机分别作价卖给他们。郑泌昌、何茂才妄想这件事一旦谈成，前方打仗急需的军饷和五十万匹卖给西洋的丝绸便都解决了，自己便可以将功抵过。
但是他们并不知道捉拿自己的新任巡抚赵贞吉和锦衣卫已在离杭州只有三十里的驿站了，几个时辰后自己便将锒铛入狱。赵贞吉奉上谕来追查沈一石的家财，得知沈一石的家产要卖给徽商，十分不解。杨金水解释为眼下胡宗宪的大营里紧缺军需，朝廷今年又要卖给西洋五十万匹丝绸，这两件才是最要紧的事，并明说此事已经向吕芳请示过了。郑泌昌、何茂才连哄带骗谈成了交易，兴冲冲地赶来给杨金水报喜，被抓个正着。二十年里沈一石可是上缴了四百万匹丝绸，杨金水当然也有贪墨，郑泌昌何茂才咬住杨金水，巴望着能救自己一命。
同时，海瑞和王用汲也被任命为审查浙江贪墨案的陪审官。
赵贞吉来到浙直总督衙门见到胡宗宪，怀疑自己被他当枪使了。胡宗宪直言浙江现在是个烂摊子，如果搞好了，赵贞吉就可能入阁拜相!嘉靖帝是在为下一届的内阁物色人选。一番话，说得赵贞吉两眼放光。胡宗宪得知自己的乡谊也被严党卷了进来，不知情的他不觉大怒。无奈之下，也只得再次拜托赵贞吉处理好浙江之事。
赵贞吉回到巡抚衙门开始履行自己对胡宗宪的承诺，立刻在二堂提审郑泌昌、何茂才，以追缴赃款，急筹军饷。郑泌昌还是负隅顽抗，以为拒不交待就可以等杨金水救自己。赵贞吉也不细问，只等陪审海瑞、王用汲一到继续审问。
海瑞一到杭州，便前往臬司衙门大牢提审郑泌昌、何茂才。王用汲知道事情非同小可，通报了赵贞吉。赵贞吉并不阻拦，只是又通告了杨金水。杨金水明白赵贞吉是使了一招“打鬼借钟馗”，便急忙赶往臬司衙门大牢。海瑞提审郑泌昌、何茂才，直逼新安江毁堤淹田和释放倭首井上十四郎两件重案。
杨金水在隔壁暗室内大惊，知道继续审问下去迟早要牵扯到宫里，让锦衣卫赶紧制止海瑞。
