徐雅兰对文为均仍然怀有感情，她对自己欺骗了文为均的感情感到自责，她向厉峰提出想要退出此次行动，厉峰一眼就看出了徐雅兰的心思，他要徐雅兰克制自己的情感，完成任务，否则她自己的处境将不堪设想。
文为均带黄永青参观军委会密电所，黄永青看到军委会灯火通明，正是在做大战前的准备。黄永青受到感召，欣然接受了文为均的邀请，成为了密电所二处处长，少将军衔。
1936年12月，西安事变爆发，在中国共产党的积极努力下，蒋介石被迫同意停止内战，联合抗日。
西安事变七个月后，七七事变爆发，日军开始全面侵华战争，历时八年的抗日战争由此开始。
时间回到1937年11月，此时的文为均在“黑室”中与黄永青把酒浇愁。黄永青坚信自己所破译情报的价值，他认为正是军方的犹豫不决才导致了今天的败局，义愤填膺的黄永青毅然离开密电所，文为均苦留不住，只得任他离去。
江宁镇防区，林忠强正在视察阵地，毛祖和突然来访，已经是军委会机要室主任的他想为林忠强请一道委员长密令，让林忠强的部队撤到江北，一方面，为了林忠强的个人安危，一方面，也是蒋介石的授意。林忠强感谢毛祖和的好意，但作为一名军人，此时此刻更应战死沙场以明其志。
傍晚，陈克找到林忠强，代表党组织找他谈话，同样是要求他安全撤离阵地，但林忠强亦然拒绝，他告诉陈克，自己虽然是一名中共地下党员，但他更是一名中国军人，国家危难之际，誓与阵地共存亡。离别之际，林忠强将两个女儿托付给了陈克。
南京郊外，惠子和芳子又换上了中国姑娘的装束，惠子和芳子跟随特工队，混入中国难民中，提前进入南京城。小川将军邀请山本兄弟一同观看战争的“盛况”，希望以此激发出山本康夫的爱国热情，看着将要出发执行任务的女儿，山本康夫陷入了沉思。
林忠强深夜赶回家和女儿作最后的诀别，父女三人刚刚见面，远方传来了炮声，林忠强告诉女儿，到时他的朋友陈克和王浦江会来接她们，说完纵身跳上吉普车赶往前线，两姐妹含泪目送父亲的吉普车远去，姐妹二人自觉阻止不了父亲的决心，含泪目送父亲离开。
此时，日军已开始了对南京的全面进攻。
毛祖和带着委员长秘密手令来到林忠强的阵地，要他将阵地交给友邻部队，立刻率部转移，林忠强拒绝，防守南京的部队均为溃败之师，军心已乱，自己一撤，势必引发混乱，南京将立刻陷落。几乎就在此时，日军开始进攻，林忠强立刻冲上阵地，南京保卫战开始了。
陈克与王浦江赶到林忠强家，寻找林忠强的两个女儿林平和林琴。林平和王浦江这两个曾经的恋人无言对视，林平拒绝与王浦江同行。在陈克的劝说下，林平找妹妹商量，可林琴却不知所踪，林平心急之余想到了黄永青，林琴一定是去找他了，二人乘车四下寻找。在炮火声中。日军的炮弹落下，王浦江不顾危险，保护林平。
密电所紧急撤离，但飞机座位有限，文为均让徐雅兰马上出城，约定在武汉汇合。
林琴赶到密电所找黄永青，从文为均那里得知黄永青已离开，正好遇到赶去寻找黄永青的郭忠良，二人赴中央大学找人。途中，二人被毛祖和无意中发现，但林琴拒绝离开，她要寻找黄永青。
南京城外，守军正浴血奋战，但双方力量悬殊，各条防线相继告破。林忠强亲自冲上阵地，率队与日军搏杀。但大批日军已涌入城门。
林忠强终于战死在阵地上，南京城陷落了。
惠子和芳子带领先遣部队入城，开始向逃难的人群射击，正好被逃难的黄永青撞见，千钧一发之际，郭忠良和林琴赶到将他救下，三人躲进一处居民楼内。惠子命令向居民楼内开枪，林琴保为护黄永青而负伤。正在千钧一发之际，大批日军开始进城，惠子放弃了追赶，带队向城里开进。
日军全面攻陷南京，在小川将军的陪同下，山本康夫观摩了战争的“壮景”，终于，他穿上了早已为他准备好的日军军服……
寻找林琴未果，王浦江、林平二人按陈克部署的路线撤离。二人独处，林平似乎找回了恋爱时的温存，当问到王浦江为何弃她而去时，王浦江只得忍痛再次伤害了林平。林平并不知道他内心的苦衷，神情恢复了冷漠。
王浦江把林平送上事先安排好的渔船上，看到黄浦江并未随自己一同上船，林平又气又急，而王浦江的身影却渐渐消失在夜幕中。
