进城的日军开始了举世震惊的大屠杀。在黄永青建议去南京大学英文系教授怀特家避难，三人离开居民楼向外跑去，大批进入的日军已开始屠城，他们在撤退中被日军发现，为掩护二人撤退，林平不顾安危冲出了巷子引开了敌人的视线，黄永青谼拦住林琴，可为时已晚。在郭忠良的带领下，他们来到了怀特教授家，并在他的保护下，借英国政府之名逃出魔掌前往重庆，而林琴却生死未卜。黄永青为林琴的勇气所折服，也为她对自己的情意所感动，但此时的他却无能为力，陷入了深深的痛苦中。
芳子随父亲回国供职，惠子却接受了新的任务，参谋本部命令她化妆成中国难民悄悄潜入重庆，长期潜伏。
1940年，随着作战地区的不断扩大，日军侵华战争陷入持久作战的泥潭。同时也激化了与英美的矛盾，重要战略物资的进口受到限制，日本国内经济受到严重影响。
1940年9月，日本与德国、意大利三国同盟条约在柏林签字。
日本，山本康夫家。山本康夫将新研制成功的“紫光一号”密码交给山本五十六，并告诉他接下来的二号、三号也在酝酿当中。山本五十六对山本康夫的努力大加赞赏，并要求他在一年必需将最高级的“紫光三号”研制出来提供日本联合舰队使用。恰在此时，回到中野学校从事文职工作的芳子带恋人小野平突然来访，青田秀对这个诚实正直的小伙子很有好感，但想到身处前线的惠子和战争带来的无尽杀戮，青田秀犹豫了。
深夜，芳子来到了父亲的房间，山本康夫一眼就看出了女儿的想法，为了女儿的将来他拒绝女儿和小野平来往，他深知作为一个特工，必定会身处险境，小野平不可能像芳子一样留在后，。女儿和小野平的真爱终于打动了青田秀，她和女儿一起跪在地上说服丈夫把小野平留在后方，处于矛盾的山本康夫答应试一试。
新研制的“紫光一号”立刻为日军驻汉口的航空兵使用，而为轰炸机导航的正是潜伏在重庆，化身青山茶馆老板娘的惠子。
黄永青、郭忠良一行人等顺利抵达重庆，徐雅兰也回到了文为均身边，此时的她已经对文为均有了感情，文为均对她却只有愧疚之情丝毫没有爱慕之意，而黄永青此时满脑子想得却是生死未卜的林琴，她对林琴已悄然生情，对于郭忠良新截获的日军密码却无心破译。
日军轰炸机对重庆展开了毁灭性的轰炸，连最高军事统帅蒋介石的安全也受到了威胁。军委会张诚将军对于日军的轰炸极为震怒，他意识到密码的破译工作越来越重要，因此他以军委会的名义发出了命令，将国民政府所有的密电机构统一合并进军委会密电所，文为均任所长，黄永青任秘书长兼破译组组长，郭忠良则成为了破译组副组长。
密电所重新组建，各方势力也派出了自己的亲信，毛祖合作为委员长的亲信出任第一副所长，而调查局厉主任也派出自己的亲信，汪伪叛将韦国平进入，成为了密电所副所长，此时的文为均已经意识到，他只不过是个“空壳”，他已被毛祖和与韦国平架空。
文为均几次为徐亚兰介绍军内的少壮派军官都被拒绝，面对感情，二人再度陷入尴尬。厉峰约见徐雅兰，告诉她计划改变，要她努力让文为均爱上自己，并成为文太太。厉峰威胁徐雅兰，如果她不这么做，他就将她的身份告诉文为均。想到让文为均会因为此事终生鄙视自己，百感交集的徐雅心绪难平。
毛祖和带来了消失已久的林平，她成为了黄永青的机要秘书。黄永青对这个救命恩人早已有了好感，但此时的林琴却一反常态，对黄永青越发冷淡，对于她的反常，百思不解的黄永青陷入了痛苦，对她的感情更加执着。
