电视剧《孔子》讲述的是：留学美国的女学生梅燕，为完成一部研究孔子的博士论文，回到中国，由此展开本剧故事的两条线索：A、孔子的生平及其主要思想;B、在研究孔子的过程中，梅燕身边所发生的当代生活的方方面面，以及对孔子精神的思考。
孔子故事：
春秋末年，诸侯争霸，战火频仍。
山东曲阜，具有没落宋国贵族血统的孔子家境贫寒，与母亲相依为命。 喜欢演习祭祀礼仪的他有一个梦想，就是恢复周公时代的德政和礼制，实现一个人人安居乐业的大同世界。
少年时代，他因为演习礼仪而被孩子们追打嘲笑，十七岁时又因为厝棺寻父葬母和擅自参加鲁国权贵季府的大宴受愚弄甚至恶狗追赶，在普通人眼中，他似乎是个不合时宜的怪人。为生活，他放马、赶车、管理仓库，勤奋好学的他游历四方，拜各色人等为师，逐步掌握了当时贵族君子必备的“六艺”，并以正直的人格和广博的知识赢得了身边一批劳动者和贵族的赏识信赖。
与孔子的意愿相反，当时的鲁国权臣当道，掌握大权的季府与鲁君展开一次次血腥的权利之争，给鲁国带来了一次次战乱。季府管家阳虎见孔子有才识和威望，想拉拢孔子为己所用，孔子不愿同流合污，愤而辞职。
而立之年，孔子拜访了老子，后者柔弱胜刚强的思想让孔子明白了，教书育人也许是手无寸铁的自己改造这个弱肉强食的世界的最好办法。由此他开始公开讲学，向学生们传授自己心目中的仁、德、礼、义、忠等思想，教他们该怎么做一个有道德节操、有理想有尊严的君子。孔子的行为改变了自古以来学在官府的局面，也使自己成为了中国历史上第一个民办教育家……
孔子最大的理想还是直接参政，把自己的理想付诸实施。五十岁时，他终于当上了鲁国大司寇，在与国力强大的齐国的会盟中，在得知对方伏兵潜藏、屠杀一触即发之际，他临危不惧，周密布置，用孩子和平的歌声、士兵的徒手相对让齐景公放下了那只高高举起的、作为杀戮信号的杯子……
然而，孔子的堕三都计划引发了季孙、叔孙、孟孙三家贵族的联合反对和一场叛乱，懦弱的鲁君屈服于压力，沉溺于酒色，眼见自己的理想在鲁国无法实现，失望的孔子带着学生背井离乡，开始了长达十四年的周游列国……
匡地被囚，几遭杀身之祸;蒲城被扣，冒险破誓逃脱;卫国见南子，目睹腐败荒淫的卫国政治而无法干预;宋国被司马恒魋追杀而落荒逃跑;郑地被瘟疫折磨的奄奄一息几近送命;陈、蔡之间被困山岭绝粮数日，无奈中质问苍天，自己非兕非虎，为何要被逐放于荒野之中……最后，终于有励精图治的楚昭王愿意重金聘用孔子，但等他赶到，见到的却是一具楚王的灵柩……
十四年中，孔子颠沛流离，往返卫、宋、郑、陈、蔡、叶、楚诸国，经历了无数次饥饿、风霜、病痛的生死考验，见了诸多国君，口干舌燥地宣传自己的理想，却得不到重用，孔子长叹，只要君王肯用我，期月而已，三年有成，可为什么，就不能实现呢?
六十八岁那年，白发苍苍的孔子终于回到鲁国。他专心教学，潜心修订编纂我国古代著名经典《诗》、《书》、《易》、《礼》、《春秋》，并拥有弟子三千，成为中国古代文化思想的伟大传播者。然而，他仍然没有得到鲁国当权者的重用，掌握了权利的弟子冉求也因屈服于季府，违背孔子的教诲，让孔子愤怒而无奈……
晚年，独生子孔鲤的病逝，最心爱的弟子颜回、子路的意外死亡，让孔子陷入悲痛之中。他感慨，我的道路真的走不通了么?临终之际，他登上山坡，眺望远方，似乎看到了自己心中的大同世界……
现代故事:
梅燕是生于八十年代中国知识分子家庭的女学生，她家境优裕，教育良好，却又有些清高自傲。她选定孔子做研究对象的理由很简单，就是因为她的美国导师很推崇孔子，她想当然的认为，自己能在短时间内做一篇让导师满意的论文。
一回国，她就把自己关在宾馆房间里，沉浸在孔子史料当中，前往机场迎接她的记者端木是她少有的接触到的人，也是她与外界联系，观察和了解国内社会的一个媒介。然而，她发现，出国八年后，国内环境日新月异，人的观念和社会思潮也有很大变化。就说端木，一点也不像她心目中的文化人。一方面，他是个活跃的记者，成日里介入和报道各种社会新闻，对孔子和古文化颇有研究，可在另一方面，他又在私下里和三教九流各色人等打交道，出入歌厅宴会声色场所，似乎进行着不愿意让人知道的秘密交易。这，让一心只读圣贤书的梅燕感到迷惑、茫然甚至鄙夷……
日子一天天过去，随着对资料的深入查询，对孔子生平的逐步了解，梅燕意识到，孔子的一生并不像她想象的那么平淡，而是充满着坎坷、悲欢的感人故事，焕发出壮丽的理想之光;同时，她也痛切的意识到，自己无法在这么短的时间里通晓孔子的一生和他的思想，而经历两千多年的造神运动，孔子的形象被神化和严重误解，历史的真相以及孔子内心真正的痛苦和欢乐，绝望和希望，也许已掩藏在时间的深处。
电视剧孔子剧照
梅燕和端木的关系也在发生着变化。从最初的疏远、误解而引发的敌意，到逐渐了解和接近，梅燕终于解开了端木私下里从事的那个神秘买卖的谜团，原来，有这么一群年轻的城市青年，他们组成一个叫“子贡基金会”的团体，通过一次次募捐和自我捐献，通过年复一年的奔波和默默努力，他们为贫困山区的孩子们建成了一座希望小学，而貌似玩世不恭的端木，正是这样一群青年志愿者的带头人。
梅燕明白了，孔子精神在今天依然活着，孔子对信念的执着追求，孔子以民为本、仁爱、德政、孝顺等诸多思想，奠定了中华民族传统美德的基础，在今天依然值得坚守。
希望小学开学的那一天，山坡上，看着孩子们对着蓝天下的五星红旗举手敬礼，梅燕对端木说，自己的论文题目应该改为《孔子精神与当代中国》，自己也许要用一生，来研究、学习孔子……
用客观、严谨、详实的笔触描述孔子的一生，反映孔子的主要思想，深讨孔子思想在当代社会的价值，在浮躁、空虚、失落与迷茫中重新寻找中华民族的心灵家园，追求更高层次的精神超越和救赎之路，是本剧的追求和宗旨。
