夫人南子与旧情人宋朝在宫中偷偷约会，同时，太子蒯聩准备派刺客伺机谋害南子夫人，子贡托雍渠在卫国某个职位，不料卫君老谋深算根本没打算让孔子参政……卫君请孔子陪同南子夫人一同出游，百姓对孔子指指点点子路看不过去与路人打起来……
子路误会孔子好德如好色，孔子发誓见南子绝无所图。
太子蒯聩得知刺杀未遂，仓皇出逃。卫灵公大受刺激，脑溢血发作，瘫倒床上。南子夫人丑闻暴露隐退在宫，闭门不出，卫国大乱。
太子蒯聩隐姓埋名，逃到晋卫交界的边境某客栈，被前来巡查的阳虎发现。他揭穿了太子蒯聩的身份，太子惊恐万分，阳虎却并向太子蒯聩许诺帮他夺回王位，太子蒯聩感激涕零。阳虎将太子蒯聩带回晋国，向大夫赵鞅说明掌握了蒯聩即可掌握卫国的未来，赵鞅被说服，重用阳虎。
孔子想挽回卫国混乱态势，进宫劝谏，被拒之门外。龌龊的现实，让孔子再次失望，不得不打点行装，离开卫国，再次踏上奔波的旅途……
孔子来到宋国的亓官庄，这正是他夫人亓氏的家乡。触景生情，孔子想到当年迎娶亓氏的情景……
留在家乡的亓氏正在准备着东西，准备托回乡探亲的冉求带给孔子……
宋国郊外的一棵大树下，孔子带领弟子正在演习祭礼，弟子司马牛仓促前来，说他的哥哥、宋国将军司马桓魋仇恨孔子批评他奢侈糜烂，带兵来杀孔子，孔子不肯走，子路等只得将孔子推上车，众弟子四散奔逃……
旷野中，孔子与弟子们失散，举目四望，黑暗中，茫然无路……
子贡在郑国门口找到了蓬头垢面的孔子，将他领回客栈，众弟子喜出望外。子贡说路人形容孔子惶惶然如丧家之犬，孔子欣然承认。司马牛为孔子遭到追杀而自责不已，郁郁而病，生命垂危，被隔离在小房间。
孔子不顾子路等劝阻，亲自看望安慰，并坐在窗外为他弹琴，终因劳顿奔波而病倒……
孔子气息奄奄，郎中们束手无策，子路悲伤地召集弟子们为老师料理后事。他按诸侯规格为孔子成立了治丧班子，请人诵经招魂，正当弟子们穿着丧服为孔子歌哭之时，孔子突然醒来，子路赶紧让弟子偷偷运走棺材，还是被孔子看见。孔子十分生气，大骂子路为自己办丧事僭越了礼制，子路又愧又急，无法争辩，拔剑自刎，子贡等急忙劝阻，师徒们哭成一团……
孔子醒后发现子路为其准备的丧礼大发雷霆，子路愧疚出走!众弟子四处寻找子路，谁知子路为给先生补身子进山去打猎!子路得知师兄弟都在找自己急忙往回跑。
卫灵公病逝，卫国新立年幼储君。太子蒯聩和阳虎在晋国大夫赵鞅的支持下，率小队刺客假装成奔丧的皇亲潜回卫国，不料被守城士兵识破，一番激战才得以逃脱。返回途中，他们路过被赵鞅围困的叛城中牟，为向赵鞅邀功请赏，阳虎哄骗守城士兵，攻入城中……晋国大夫赵鞅为笼络人心，派人送厚礼邀请孔子入晋辅政，孔子竟然心动。原来战事频仍，困顿于客栈之中，孔子和弟子们只能坐而论道打发时日，心中十分焦急。子路、子贡以各种方式劝说孔子不得前往，无奈孔子从政心切，一意孤行，子路、子贡无奈。
孔子师徒出发赴晋。途中，孔子兴致勃勃地畅谈为政的理想，意气风发。子路愿为将军横扫强敌，子贡愿为特使消弭战事，低调的颜回说自己愿得到一个英明的君王，孔子说，自己的理想是实现一个没有战争的大同世界……
风尘仆仆的他们来到中牟县城，已是夜晚。黑暗中，他们点燃火炬，却发现，车轮下碾压的尸体，到处是死尸、焦土……原来，这里曾被阳虎屠城。面对残垣断壁，满地满城的无辜百姓焦干的血迹和尸首，孔子震惊无语，幡然觉醒……
清晨，面对滚滚黄河，孔子对子贡感慨，不渡此河，看来是命啊!天下之大，难道我辈真要走投无路了吗?
孔子等在去陈国路上，遇见逃难的难民。宋国老司空感慨周道不再，孔子则说，只要坚持，一切都有希望。见孔子在乱世中仍旧坚持仁政理想，老司空十分感动，将自己的两个孙子托付给他。
