燕王通过一只一直为他和徐妙云之间互递信息的信鸽，找到了建文帝和徐妙云出宫的地道，地道外面碰上正在追随皇上而去的内务总管王钦，王钦不肯说出皇上的去向，彼燕王杀死。
建文帝不知所终，燕王将计就计，布告天下，帝后以身殉国，普天同哀，着以天子礼厚葬。
承天门外，身披重孝的方孝儒率领文武百官前来送丧，当送殡队伍到来时，方孝儒张臂挡住灵枢，大喊：建文受冤而死，冤魂不入孝陵啊！
在方孝儒的带领下，邹瑾、魏冕等群情激愤，痛斥燕王谋逆之罪，终于激怒朱棣，下令拘捕方孝儒，强行出殡。
道衍再次劝告朱棣善待方孝儒，朱棣亲到狱中看望方孝儒，方毫不领情。
建文帝和徐妙云在逃生途中，亲眼目睹黄子澄、齐泰被燕王部下追捕，提心吊胆，历尽艰辛，终于来到紫云观安身。
